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- PDB-6gjv: apo-structure of IMPDH from Pseudomonas aeruginosa -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gjv
タイトルapo-structure of IMPDH from Pseudomonas aeruginosa
要素Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


IMP dehydrogenase activity / IMP dehydrogenase / GMP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase / GMP reductase, conserved site / IMP dehydrogenase / GMP reductase signature. / IMP dehydrogenase/GMP reductase / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain ...Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase / GMP reductase, conserved site / IMP dehydrogenase / GMP reductase signature. / IMP dehydrogenase/GMP reductase / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.11 Å
データ登録者Labesse, G. / Haouz, A. / Alexandre, T. / Munier-Lehmann, H.
引用ジャーナル: Eur J Med Chem / 年: 2019
タイトル: First-in-class allosteric inhibitors of bacterial IMPDHs.
著者: Alexandre, T. / Lupan, A. / Helynck, O. / Vichier-Guerre, S. / Dugue, L. / Gelin, M. / Haouz, A. / Labesse, G. / Munier-Lehmann, H.
履歴
登録2018年5月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
C: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
D: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
E: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
F: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
G: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
H: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)431,5108
ポリマ－431,5108
非ポリマー00
水40,0472223
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS, equilibrium centrifugation, mass spectrometry, scanning transmission electron microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area31180 Å2
ΔGint-195 kcal/mol
Surface area123610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.304, 194.639, 122.924
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 117.750, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMPDH


分子量: 53938.699 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 / 遺伝子: guaB, PA3770 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HXM5, IMP dehydrogenase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2223 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.52 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: ithium chloride 500 mM, ammonium sulphate 50 mM and PEG8000 8%

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.91165 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91165 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.11→49.352 Å / Num. all: 274340 / Num. obs: 274340 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 33.28 Å2 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.081 / Rsym value: 0.057 / Net I/av σ(I): 10.4 / Net I/σ(I): 11.8 / Num. measured all: 941570
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
2.11-2.2230.4961.5399930.3850.6780.496100
2.22-2.363.50.3172.4378640.2360.4470.317100
2.36-2.523.50.2143.5355320.1580.2970.214100
2.52-2.723.50.1395.4331310.1030.1930.139100
2.72-2.983.50.0918.2304910.0670.1260.091100
2.98-3.343.50.05712.6276260.0420.0790.057100
3.34-3.853.50.03818.1243460.0280.0520.038100
3.85-4.723.60.02922205950.0210.0390.029100
4.72-6.673.50.02822.1159310.0210.0390.028100
6.67-49.3523.50.02514.788310.0190.0350.02599.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å49.35 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSSeptember 26, 2012データ削減
SCALA3.3.15データスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4DQW

4dqw


解像度: 2.11→44.631 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.59
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1908 13803 5.03 %
Rwork0.1595 --
obs0.161 274263 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 142.56 Å2 / Biso mean: 44.059 Å2 / Biso min: 16.83 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.11→44.631 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23450 0 0 2223 25673
Biso mean---50.5 -
残基数----3177
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.11-2.1340.29384870.250586879174
2.134-2.15910.27294650.241985999064
2.1591-2.18540.25554570.224986649121
2.1854-2.21310.25564550.21286529107
2.2131-2.24220.244490.204187219170
2.2422-2.27290.23744530.197986309083
2.2729-2.30540.23794630.198186899152
2.3054-2.33980.23344930.192485789071
2.3398-2.37630.22914780.187386749152
2.3763-2.41530.24854700.183786619131
2.4153-2.4570.21974840.175486589142
2.457-2.50160.2154160.171986979113
2.5016-2.54970.22294670.166986319098
2.5497-2.60180.18364400.149886599099
2.6018-2.65830.20714470.155987209167
2.6583-2.72020.19334520.157386729124
2.7202-2.78820.19964720.159286619133
2.7882-2.86360.19844580.164587009158
2.8636-2.94780.20784270.16886869113
2.9478-3.04290.20624800.163286649144
3.0429-3.15170.18074350.155387349169
3.1517-3.27780.19334450.157486789123
3.2778-3.42690.19044530.163687169169
3.4269-3.60750.1944440.151487229166
3.6075-3.83350.16854380.144587039141
3.8335-4.12920.16045000.13286569156
4.1292-4.54440.15085000.122586789178
4.5444-5.20110.15114480.127987159163
5.2011-6.54960.17524790.150987289207
6.5496-44.64090.17614480.174288279275
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.56130.06240.01470.99760.24311.559-0.0414-0.01-0.01060.04610.1198-0.1504-0.03890.1155-0.0810.28690.01560.05240.1749-0.03350.333638.1879.556948.5479
23.6377-0.43472.42281.110.46553.2794-0.50370.00860.27470.05340.21420.2792-0.6183-0.18440.33320.72870.0691-0.16750.81910.05450.904962.960411.425980.2493
31.22870.1383-0.38050.96430.01161.1416-0.07440.0542-0.1326-0.00770.0783-0.11950.0560.0474-0.01870.27040.00220.03430.1507-0.04380.307734.72968.66348.6683
41.25690.392-0.81460.9723-0.23841.14920.138-0.38940.16950.1091-0.0271-0.086-0.10560.3506-0.10730.18-0.0229-0.03820.3965-0.06030.261668.5502-28.92153.5847
5-0.1511-0.0537-0.13321.7091.68881.4748-0.0590.39010.0098-0.1679-0.1637-0.0489-0.4026-0.12750.17410.6836-0.27760.04990.5594-0.07190.658881.52656.850761.3883
6-0.6182-0.3047-0.07130.77630.59281.2687-0.0157-0.12430.07840.06860.0996-0.0991-0.22740.4508-0.08380.2927-0.1215-0.02420.6318-0.10880.429281.536-16.31157.3098
71.4669-0.3731-1.30871.32890.09052.18860.1193-0.13480.21340.0154-0.0314-0.0198-0.1323-0.0267-0.09880.1685-0.03-0.04910.3448-0.04670.272462.4485-27.266552.6178
81.25970.20240.52921.20710.90913.67810.18190.1790.1878-0.1557-0.023-0.0402-0.3197-0.05680.07420.22320.0150.03310.2382-0.01780.290512.66270.93230.9396
91.22580.4054-0.00650.5974-0.630.50320.1859-0.297-0.21260.106-0.20650.1330.1582-0.235-0.04640.2222-0.0941-0.03770.3927-0.00610.3175-4.4416-23.688148.3075
103.0767-0.6241.84783.40260.42122.06150.0856-0.302-0.37250.40490.01380.22660.4356-0.6238-0.0810.492-0.2467-0.05560.90690.08940.5608-18.3312-37.914173.8196
110.4273-0.1-0.81840.3234-0.41382.3268-0.0419-0.2147-0.16510.15290.01530.0664-0.021-0.31020.04730.3235-0.0901-0.06380.5571-0.0210.4262-10.7394-21.694564.8713
120.92131.0277-0.5021.3912-0.07771.34780.01080.0742-0.0864-0.1235-0.02750.10960.0308-0.21760.01060.18450.0047-0.06240.3489-0.00860.2922-4.6865-14.936828.8858
130.60850.15020.19552.1463-0.58341.9740.0945-0.1005-0.1065-0.05040.037-0.02860.13230.1681-0.12830.17290.0005-0.02690.3371-0.02910.326212.0053-14.031942.5305
145.8821.9322-1.63531.6451-1.53542.17070.2607-0.34870.03990.0406-0.28380.0752-0.2365-0.012-0.0190.2890.0482-0.02070.2992-0.05220.199313.988-5.151112.1493
151.92640.468-0.69191.5517-0.30662.6441-0.08540.2405-0.3244-0.316-0.0585-0.12730.3541-0.23520.13630.4145-0.0007-0.04070.2872-0.0290.297717.1266-26.4981-6.7201
165.63821.707-1.85953.4879-0.78613.4032-0.00310.376-0.614-0.5643-0.0158-0.05120.3463-0.39050.05690.523-0.0244-0.05150.3596-0.06050.28716.8594-27.5755-14.1384
171.96240.884-0.17281.80071.25161.28990.04990.1636-0.0015-0.2946-0.0282-0.01470.0504-0.0918-0.01570.44310.0542-0.02340.30690.04950.218323.5379-10.288-9.2802
181.07980.668-0.92061.90350.08731.01020.0875-0.043-0.0092-0.1381-0.11610.03720.0699-0.08030.00650.32070.0282-0.06560.34080.01960.253816.745-15.73632.683
196.7491-1.1739-2.08645.2813-0.51143.53110.6014-0.48240.40970.0265-0.865-1.6532-0.33771.15510.22890.5436-0.0464-0.07210.52690.25880.756831.0415-37.0358.9122
201.1261-0.6596-1.3592.88040.82951.53990.14180.0059-0.1227-0.1156-0.11260.3031-0.0676-0.3204-0.04750.24210.0084-0.06150.36950.01840.22587.7887-16.064110.0873
210.7926-0.2036-0.37070.5230.21580.79760.0055-0.17540.04180.0875-0.01190.0145-0.008-0.01060.02340.2261-0.0102-0.00560.22780.00160.204130.1064-45.148763.3611
223.222-1.58320.58682.6149-0.41023.74080.1469-0.24870.3973-0.1278-0.11350.1591-0.1125-0.4409-0.0380.3257-0.0072-0.00640.5055-0.05590.32040.6659-23.669886.9338
232.362-0.8532-0.92760.81740.50291.6976-0.0209-0.2136-0.21120.0286-0.01590.23720.1506-0.2268-0.00930.3586-0.0812-0.00920.35640.00610.277110.7366-40.263379.8769
242.63860.4972-0.80140.98060.41741.1318-0.0187-0.3203-0.040.14240.0337-0.0360.05880.2527-0.01360.24120.0302-0.03410.28940.04270.187544.6476-46.886167.9477
252.0047-0.4595-0.04151.38670.35530.787-0.12680.05140.1951-0.08720.10340.0062-0.0876-0.06530.02770.2483-0.015-0.03080.19130.02390.200530.3335-44.625152.3384
260.71430.60731.00431.97751.78663.24740.05380.02230.2032-0.1338-0.09280.1309-0.1024-0.23720.05680.3405-0.00260.03710.32530.04170.281631.61034.924110.1066
270.7797-0.3425-0.47840.47470.15090.15310.09520.03110.1256-0.11950.108-0.3387-0.13460.2466-0.21470.4041-0.09730.12720.4374-0.10610.473971.4981.76320.3982
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322.4654-1.75780.29512.02530.92491.4492-0.1106-0.1143-0.10520.41050.1437-0.11880.34910.0441-0.06380.4428-0.02170.02580.27080.02240.319253.199-7.692112.6835
333.2599-0.57740.23521.09210.65370.9675-0.00180.15920.0355-0.31690.0294-0.0939-0.0278-0.0696-0.01390.395-0.03170.06960.28870.02870.268739.0429-0.02321.0626
345.76762.7352.18582.79651.81151.72080.0981-0.1977-0.0440.1288-0.1539-0.01460.22370.03780.0540.207-0.00410.01840.24230.00390.183566.8598-47.964130.5048
350.31130.0139-0.35760.5451-0.50091.9492-0.02530.1730.0676-0.22860.0337-0.1146-0.03830.2216-0.00240.2845-0.02920.0350.3031-0.00440.244671.05-36.08931.834
362.29870.6060.32844.29661.49271.74760.00470.18360.2218-0.87080.1092-0.3767-0.24290.1139-0.10610.4932-0.08170.12370.3816-0.08370.357578.4439-18.2145-24.719
373.16122.02420.85513.76510.87374.20510.12380.00330.05420.09930.0075-0.4657-0.29010.1266-0.18610.3791-0.03190.03440.3408-0.02670.372681.7092-21.7183-14.3457
381.82490.917-0.30092.145-1.15492.1843-0.14710.3369-0.1015-0.34890.0795-0.11650.29590.15960.05770.35-0.00250.08010.3258-0.04340.233569.5573-47.7345-0.8218
391.85811.2912-0.21961.0086-0.65562.08170.0442-0.0517-0.0088-0.0151-0.0418-0.05510.11230.051-0.01060.28250.01050.04160.1724-0.01330.224765.254-52.974613.6592
401.39120.3050.34452.8779-0.75481.69630.0969-0.04390.3396-0.2037-0.09720.4546-0.1158-0.11060.02340.2510.00880.00320.2654-0.06710.343460.8023-31.087112.8274
410.87810.3660.10792.1233-0.64422.24480.0034-0.1950.07090.1393-0.0629-0.1776-0.01950.26180.06080.1834-0.00540.0140.3039-0.02030.228674.0413-38.92825.4701
421.4002-0.0464-2.44461.12160.45895.73270.0722-0.15140.0237-0.0270.076-0.1126-0.14680.4016-0.11140.2969-0.0281-0.00440.2289-0.01380.295149.7142-59.190728.5233
431.98560.3416-0.61241.1264-0.39421.9961-0.13860.39560.0365-0.3640.18980.26020.0142-0.4193-0.03480.3292-0.0706-0.08960.27760.03540.260923.7693-61.832416.301
442.5622-0.0729-0.89552.22870.01644.0064-0.12870.4637-0.1055-0.47840.15680.30720.1435-0.5797-0.01440.3365-0.1144-0.11080.41120.01780.322418.1565-67.458616.9508
451.43040.0445-0.02171.0454-0.15122.1691-0.15210.1015-0.0506-0.02930.11970.12690.1567-0.21820.04160.305-0.063-0.00620.18760.02560.29124.7031-71.543131.5379
460.8075-0.2893-0.3950.29090.83733.081-0.0255-0.0750.1907-0.384-0.08720.131-0.47250.00060.10270.343-0.0241-0.03840.23050.01570.320433.2922-57.84635.2781
471.94260.3855-0.37770.1657-0.23631.52660.02820.12440.1209-0.0696-0.04760.0869-0.0711-0.00740.02120.2824-0.0294-0.01540.1711-0.01050.233936.136-59.95923.4038
484.7478-3.308-1.80597.37652.43045.2345-0.0183-0.8040.06570.81850.56490.8743-1.2169-0.2466-0.47320.85670.12520.08060.44620.14030.574921.808-38.793516.9926
493.33210.1670.65461.2699-0.35052.0408-0.00460.1305-0.0078-0.35810.0576-0.04390.1270.1407-0.04580.3473-0.06590.02350.2013-0.00050.243545.5759-59.413616.517
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 87 )A1 - 87
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 88 through 202 )A88 - 202
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 203 through 467 )A203 - 467
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 75 )B1 - 75
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 76 through 133 )B76 - 133
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 134 through 326 )B134 - 326
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 327 through 467 )B327 - 467
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 0 through 24 )C0 - 24
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 25 through 105 )C25 - 105
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 106 through 166 )C106 - 166
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 167 through 219 )C167 - 219
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 220 through 337 )C220 - 337
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 338 through 467 )C338 - 467
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 1 through 24 )D1 - 24
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 25 through 88 )D25 - 88
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 89 through 238 )D89 - 238
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 239 through 315 )D239 - 315
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 316 through 371 )D316 - 371
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 372 through 428 )D372 - 428
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 429 through 467 )D429 - 467
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resid 1 through 98 )E1 - 98
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'E' and (resid 99 through 138 )E99 - 138
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 139 through 238 )E139 - 238
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 239 through 337 )E239 - 337
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'E' and (resid 338 through 467 )E338 - 467
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'F' and (resid 1 through 24 )F1 - 24
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'F' and (resid 25 through 127 )F25 - 127
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'F' and (resid 128 through 177 )F128 - 177
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'F' and (resid 178 through 206 )F178 - 206
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'F' and (resid 207 through 266 )F207 - 266
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'F' and (resid 267 through 337 )F267 - 337
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'F' and (resid 338 through 428 )F338 - 428
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'F' and (resid 429 through 467 )F429 - 467
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'G' and (resid 1 through 24 )G1 - 24
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'G' and (resid 25 through 98 )G25 - 98
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'G' and (resid 99 through 177 )G99 - 177
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'G' and (resid 178 through 202 )G178 - 202
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'G' and (resid 203 through 266 )G203 - 266
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'G' and (resid 267 through 337 )G267 - 337
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'G' and (resid 338 through 428 )G338 - 428
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'G' and (resid 429 through 467 )G429 - 467
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'H' and (resid 1 through 24 )H1 - 24
43X-RAY DIFFRACTION43chain 'H' and (resid 25 through 88 )H25 - 88
44X-RAY DIFFRACTION44chain 'H' and (resid 89 through 238 )H89 - 238
45X-RAY DIFFRACTION45chain 'H' and (resid 239 through 288 )H239 - 288
46X-RAY DIFFRACTION46chain 'H' and (resid 289 through 315 )H289 - 315
47X-RAY DIFFRACTION47chain 'H' and (resid 316 through 371 )H316 - 371
48X-RAY DIFFRACTION48chain 'H' and (resid 372 through 428 )H372 - 428
49X-RAY DIFFRACTION49chain 'H' and (resid 429 through 467 )H429 - 467

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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