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- PDB-6gje: Structure of the Amnionless(20-357)-Cubilin(36-135) complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gje
タイトルStructure of the Amnionless(20-357)-Cubilin(36-135) complex
要素
  • Cubilin
  • Protein amnionless
キーワードPROTEIN TRANSPORT / receptor / vitamin B12 / cubilin / amnionless / AMN / CUBN / kidney / reabsorption / proximal tubule
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective AMN causes MGA1 / Defective CUBN causes MGA1 / cobalamin metabolic process / Uptake of dietary cobalamins into enterocytes / HDL clearance / extrinsic component of external side of plasma membrane / renal protein absorption / cobalamin transport / Vitamin D (calciferol) metabolism / tissue homeostasis ...Defective AMN causes MGA1 / Defective CUBN causes MGA1 / cobalamin metabolic process / Uptake of dietary cobalamins into enterocytes / HDL clearance / extrinsic component of external side of plasma membrane / renal protein absorption / cobalamin transport / Vitamin D (calciferol) metabolism / tissue homeostasis / cobalamin binding / Golgi to plasma membrane protein transport / cargo receptor activity / lipoprotein transport / microvillus membrane / endocytic vesicle / cholesterol metabolic process / clathrin-coated pit / lysosomal lumen / receptor-mediated endocytosis / response to bacterium / establishment of localization in cell / brush border membrane / intracellular protein localization / signaling receptor activity / endosome membrane / receptor complex / endosome / apical plasma membrane / signaling receptor binding / lysosomal membrane / calcium ion binding / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Amnionless / Amnionless / EGF domain / EGF domain / CUB domain / Domain first found in C1r, C1s, uEGF, and bone morphogenetic protein. / CUB domain / CUB domain profile. / Spermadhesin, CUB domain superfamily / : ...Amnionless / Amnionless / EGF domain / EGF domain / CUB domain / Domain first found in C1r, C1s, uEGF, and bone morphogenetic protein. / CUB domain / CUB domain profile. / Spermadhesin, CUB domain superfamily / : / Calcium-binding EGF domain / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Cubilin / Protein amnionless
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Larsen, C. / Etzerodt, A. / Madsen, M. / Skjoedt, K. / Moestrup, S.K. / Andersen, C.B.F.
資金援助 デンマーク, 1件
組織認可番号国
Danish Council for Independent Research デンマーク
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Structural assembly of the megadalton-sized receptor for intestinal vitamin B12uptake and kidney protein reabsorption.
著者: Larsen, C. / Etzerodt, A. / Madsen, M. / Skjodt, K. / Moestrup, S.K. / Andersen, C.B.F.
履歴
登録2018年5月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 2.02019年2月27日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_torsion / struct_conf / struct_ref_seq / struct_sheet_range
Item: _atom_site.auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id ..._atom_site.auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id
改定 3.02019年6月12日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / exptl_crystal / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conf / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_sheet_range
Item: _atom_site.label_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id ..._atom_site.label_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id / _entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _exptl_crystal.density_Matthews / _exptl_crystal.density_percent_sol / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id
改定 3.12024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein amnionless
B: Cubilin
C: Cubilin
D: Cubilin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,3244
ポリマ－73,3244
非ポリマー00
水1,76598
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12200 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area29200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.280, 158.840, 237.160
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-3706-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Protein amnionless


分子量: 35796.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AMN, UNQ513/PRO1028 / プラスミド: pACYCDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / Variant (発現宿主): ShuffleT7 / 参照: UniProt: Q9BXJ7
#2: タンパク質 Cubilin / 460 kDa receptor / Intestinal intrinsic factor receptor / Intrinsic factor-cobalamin receptor / ...460 kDa receptor / Intestinal intrinsic factor receptor / Intrinsic factor-cobalamin receptor / Intrinsic factor-vitamin B12 receptor


分子量: 12509.234 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CUBN, IFCR / プラスミド: pACYCDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / Variant (発現宿主): ShuffleT7 / 参照: UniProt: O60494
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.75 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 1.5 M magnesium sulphate 0.1 M MES pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 59436 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.31 % / Net I/σ(I): 19.53
反射 シェル解像度: 2.3→2.4 Å

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解析

ソフトウェア
名称分類
PHENIX精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→47.511 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.46
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2304 2562 4.31 %Random selection
Rwork0.2111 ---
obs0.2119 59436 99.64 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→47.511 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4445 0 0 98 4543
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044536
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7266143
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.8971706
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071684
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006823
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2967-2.34090.3511330.3042947X-RAY DIFFRACTION94
2.3409-2.38870.31721390.29343089X-RAY DIFFRACTION100
2.3887-2.44060.31421420.28443158X-RAY DIFFRACTION100
2.4406-2.49740.31261410.28713144X-RAY DIFFRACTION100
2.4974-2.55980.29511410.28163119X-RAY DIFFRACTION100
2.5598-2.62910.31031410.28963139X-RAY DIFFRACTION100
2.6291-2.70640.29671420.27453144X-RAY DIFFRACTION100
2.7064-2.79380.24261410.25043145X-RAY DIFFRACTION100
2.7938-2.89360.24251420.24923147X-RAY DIFFRACTION100
2.8936-3.00940.28761420.24533160X-RAY DIFFRACTION100
3.0094-3.14640.25971420.24423145X-RAY DIFFRACTION100
3.1464-3.31220.25821420.23223167X-RAY DIFFRACTION100
3.3122-3.51970.21631440.2053180X-RAY DIFFRACTION100
3.5197-3.79130.2121420.19433176X-RAY DIFFRACTION100
3.7913-4.17270.18241440.18043191X-RAY DIFFRACTION100
4.1727-4.7760.17381460.15813200X-RAY DIFFRACTION100
4.776-6.01530.24991450.19563244X-RAY DIFFRACTION100
6.0153-47.5210.22441530.20923379X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.89760.92470.61810.30440.45390.28410.01330.3592-0.28540.15340.11210.08350.16990.3235-00.5735-0.0179-0.01570.5935-0.12930.518551.4143-19.648481.5409
2-0.66390.04191.18751.1430.41011.13090.07010.44010.00060.2107-0.00230.3687-0.1490.07890.39850.2908-0.06350.05080.393-0.15670.330238.027-19.780472.8107
30.97180.70830.94692.48281.01851.415-0.00790.21160.03-0.33330.02160.2608-0.33570.1136-0.01120.37110.0218-0.01380.56-0.14270.550228.5635-26.008459.8895
41.40960.47-0.44120.4921-0.11950.7110.18640.3374-0.3743-0.13480.00610.360.17190.08960.08160.43780.0371-0.14030.6693-0.24880.760221.8223-39.280954.1438
50.0782-0.03220.06720.01280.06770.146-0.12770.4426-0.1936-0.0813-0.17410.6265-0.6155-0.4901-0.02050.6149-0.00730.11180.6399-0.08720.551746.3416-9.390288.2888
60.1039-0.1651-0.14390.49910.80610.31430.09330.10580.07580.1714-0.14760.0712-0.0392-0.082400.5411-0.05750.02160.5217-0.04550.489448.8174-6.594194.9698
73.33910.8076-0.0130.574-0.59090.6571-0.28830.32510.28721.10260.5058-0.6089-0.43630.34750.19510.73760.0502-0.10830.459-0.15480.527363.8307-5.9172103.3951
80.4985-0.01860.39920.0146-0.0040.14940.0213-0.0709-0.06510.43350.040.09650.50530.080800.71180.00880.02520.3815-0.02050.401259.3368.0847116.4534
9-0.09850.00180.05920.02720.00750.0574-0.59050.15960.1138-0.252-0.06070.2754-0.39350.1201.30340.1516-0.00010.7916-0.02920.91657.21434.3992126.9012
10-0.0027-0.0180.00290.0067-0.0001-0.01150.21070.1530.27370.0665-0.06990.42450.01950.871-02.1024-0.37690.42051.1278-0.41141.441564.983148.9834127.112
110.33910.63270.44460.4743-0.04781.3798-0.00660.07720.16860.33730.1414-0.05010.16390.097500.620.0179-0.03790.4746-0.08760.481157.7531-12.682998.4645
120.35490.4668-0.32770.0477-0.08390.2813-0.32650.18940.1668-0.30560.13580.2419-0.66670.12-0.00060.6498-0.0021-0.03080.4474-0.04920.482360.588511.9118106.5503
13-0.0805-0.02440.3651-0.00570.03870.1812-0.55960.2010.51650.5867-0.58880.18090.2840.2248-0.0221.41830.0428-0.32640.5963-0.18770.787465.519836.7999136.0598
140.22010.10230.18190.29140.16040.0372-0.03790.23010.0314-0.01460.1313-0.41640.29650.196200.4723-0.0225-0.04930.6739-0.13050.575163.8924-9.92888.2437
150.0183-0.0648-0.0222-0.0569-0.0222-0.0118-0.3520.4538-0.1990.0621-0.2416-0.0816-0.6265-0.1317-00.576-0.1009-0.06950.6516-0.04310.464455.839-0.234189.1989
160.0921-0.0524-0.13590.06940.05370.2580.12960.3323-0.57871.12460.20840.6852-0.6863-0.08820.01110.7539-0.00690.0540.4152-0.01780.597447.1268-4.339105.15
170.3475-0.23730.10190.08080.08040.07060.0770.01750.1227-0.2563-0.24190.1188-0.2633-0.6011-00.6727-0.0024-0.05520.52440.00580.634352.918813.3953111.1394
180.0704-0.09990.10740.1831-0.20550.1949-0.2259-0.33410.5647-0.0661-0.46940.3708-1.092-0.2798-0.1521.25440.0418-0.25390.5122-0.25620.865763.319729.0441118.9358
190.0519-0.042-0.00020.02310.0256-0.0623-0.5876-0.4836-0.5888-0.2448-0.28620.4796-0.19510.9969-0.00011.7852-0.33020.23171.29810.24791.291871.709537.9992127.121
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 20 through 87 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 88 through 184 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 185 through 276 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 277 through 357 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 39 through 46 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 47 through 63 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 64 through 76 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 77 through 98 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 99 through 111 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 112 through 120 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 37 through 68 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 69 through 100 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 101 through 119 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 37 through 53 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 54 through 63 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 64 through 76 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 77 through 96 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 97 through 104 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 105 through 118 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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