PDB-6gj4: Tubulin-6j complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6gj4

タイトル

Tubulin-6j complex

要素

Stathmin-4
Tubulin alpha-1B chain
Tubulin beta-2B chain
Tubulin tyrosine ligase

キーワード

CELL CYCLE / TUBULIN FOLD / CYTOSKELETON / MICROTUBULE

機能・相同性

機能・相同性情報

tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / microtubule-based process / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / spindle microtubule / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / protein modification process / structural constituent of cytoskeleton ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

Gallus gallus (ニワトリ)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Brindisi, M. / Ulivieri, C. / Alfano, G. / Gemma, S. / Balaguer, F.d.A. / Khan, T. / Grillo, A. / Chemi, G. / Menchon, G. / Prota, A.E. ...

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: Eur J Med Chem / 年: 2018
タイトル: Structure-activity relationships, biological evaluation and structural studies of novel pyrrolonaphthoxazepines as antitumor agents.
著者: Brindisi, M. / Ulivieri, C. / Alfano, G. / Gemma, S. / de Asis Balaguer, F. / Khan, T. / Grillo, A. / Chemi, G. / Menchon, G. / Prota, A.E. / Olieric, N. / Lucena-Agell, D. / Barasoain, I. / ...

履歴

登録	2018年5月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年12月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6gj4.cif.gz	907.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6gj4.ent.gz	742.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6gj4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6gj4_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6gj4_full_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示
XML形式データ	6gj4_validation.xml.gz	82.1 KB	表示
CIF形式データ	6gj4_validation.cif.gz	108.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gj/6gj4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gj/6gj4	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4i4tS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6kpp-d 5xaf-d 5xhc-d 5h74-d 7jfr-d 6i5c-d 5ov7-d 6lsm-d 6brf-d 5ylj-d 5z4p-d 4zol-d 6o61-d 6y4n-d 6fjm-d 6agk-d 6s9e-d 6nng-d 4yj2-d 6qtn-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (28) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (19) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (19) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#175 - 2014年7月
微小管 (Microtubules)
類似性 (28)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (19)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (19)
#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Tubulin alpha-1B chain

B: Tubulin beta-2B chain

C: Tubulin alpha-1B chain

D: Tubulin beta-2B chain

E: Stathmin-4

F: Tubulin tyrosine ligase

ヘテロ分子

265 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.970, 157.810, 181.220
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質	Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain 分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: brain / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質	Tubulin beta-2B chain 分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: brain / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質	Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3 分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質	Tubulin tyrosine ligase 分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43

-
非ポリマー , 8種, 220分子

#5: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 化合物	ChemComp-EZW / 5-(quinolin-5-yl)naphtho[2,3-b]pyrrolo[1,2-d][1,4]oxazepin-4-yl acetate 分子量: 418.443 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₁₈N₂O₃
#10: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#11: 化合物	ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP 分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#12: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.12 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.7 詳細: 10% PEG 4K, 12.5% GLYCEROL, 30 MM MAGNESIUM CHLORIDE, 30 MM CALCIUM CHLORIDE, 0.1M MES / 0.1M IMIDAZOLE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00001 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00001 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→48.022 Å / Num. obs: 117973 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.146 / R_pim(I) all: 0.064 / R_rim(I) all: 0.158 / Net I/σ(I): 8.7
反射シェル	解像度: 2.4→2.46 Å / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 2.499 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 8642 / CC_1/2: 0.346 / R_pim(I) all: 1.105 / R_rim(I) all: 2.706 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 4i4t

4i4t

解像度: 2.4→48.022 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.74

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2406	5775	4.9 %
R_work	0.1968	-	-
obs	0.199	117973	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→48.022 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17202	0	234	205	17641

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	17823
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.628	24168
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.667	10628
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	2629
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	3123

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.4273	0.3903	191	0.3633	3718	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4273-2.4558	0.3835	202	0.3594	3681	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4558-2.4858	0.3795	195	0.3337	3667	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4858-2.5172	0.3607	181	0.3186	3700	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5172-2.5504	0.3591	181	0.3061	3745	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5504-2.5853	0.3382	189	0.2989	3676	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5853-2.6222	0.3295	192	0.2865	3735	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6222-2.6614	0.328	183	0.2815	3664	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6614-2.7029	0.3055	196	0.273	3739	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7029-2.7473	0.3262	204	0.265	3686	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7473-2.7946	0.2935	179	0.2592	3726	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7946-2.8454	0.3077	204	0.2541	3680	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8454-2.9002	0.3155	177	0.2466	3705	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9002-2.9593	0.3132	186	0.2538	3747	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9593-3.0237	0.3322	192	0.2539	3709	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0237-3.094	0.3001	194	0.2309	3733	X-RAY DIFFRACTION	100
3.094-3.1714	0.273	201	0.221	3713	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1714-3.2571	0.3004	198	0.2228	3701	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2571-3.3529	0.2864	187	0.2183	3736	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3529-3.4611	0.2513	195	0.2078	3727	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4611-3.5848	0.2361	205	0.2017	3735	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5848-3.7283	0.2341	173	0.1901	3765	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7283-3.8979	0.2295	191	0.171	3752	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8979-4.1033	0.2084	189	0.1622	3759	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1033-4.3602	0.1933	189	0.1535	3778	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3602-4.6966	0.1662	193	0.1373	3768	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6966-5.1687	0.2039	179	0.149	3794	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1687-5.9155	0.2355	209	0.1757	3821	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9155-7.4484	0.201	193	0.1827	3858	X-RAY DIFFRACTION	100
7.4484-48.032	0.1841	227	0.164	3980	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4154	-0.2984	-0.7176	4.6556	1.0071	2.73	0.09	0.1243	0.2141	-0.3834	0.2439	-0.4929	-0.5856	0.4143	-0.3404	0.5495	-0.0944	0.1117	0.5982	-0.1793	0.5632	31.6606	86.5523	53.0303
2	1.9425	0.2127	0.7177	4.0179	1.1082	3.9094	0.0085	-0.1171	0.1367	0.5428	0.1022	0.2947	-0.3511	0.0408	-0.1005	0.5605	0.011	0.1505	0.4678	-0.128	0.5346	17.7457	86.6172	71.1856
3	1.5342	-0.6879	-0.4932	4.9456	1.7854	4.3648	0.1044	-0.1119	-0.1871	0.6197	0.1857	-0.2012	0.6605	0.3878	-0.3231	0.4543	0.0693	-0.0607	0.5825	-0.1593	0.5613	29.0936	63.4967	61.0553
4	1.7596	-0.3614	-0.5047	3.1874	0.7033	2.172	0.0723	0.2021	0.254	-0.3285	0.0084	-0.1171	-0.4416	0.0592	-0.0944	0.398	0.0101	0.0165	0.495	-0.0672	0.4325	21.485	61.3666	21.0547
5	2.1272	-0.1438	-0.0807	1.9601	0.607	3.2612	0.0128	-0.0124	0.006	0.088	-0.073	0.339	-0.0796	-0.6504	0.0586	0.3784	0.0631	0.0464	0.517	-0.138	0.505	7.0919	60.2082	38.3437
6	1.9929	-0.6139	-0.5147	4.9341	4.1253	6.9146	-0.0347	-0.2146	-0.1311	0.7548	-0.0532	0.0297	0.7568	0.4588	0.0952	0.4581	0.0154	-0.0599	0.419	-0.0046	0.3824	22.5189	37.8562	31.3844
7	1.5765	-0.427	-0.1524	2.9401	0.4405	1.9115	-0.0209	0.2082	0.1157	-0.3731	0.0499	-0.1016	-0.2086	0.1074	-0.0436	0.3703	-0.0684	0.0247	0.436	-0.0432	0.362	19.6673	32.6522	-11.592
8	1.4459	-0.1882	0.4917	1.8626	1.0023	3.151	-0.0075	-0.0519	0.0464	-0.0234	-0.1527	0.3004	-0.0107	-0.4437	0.1525	0.3278	-0.049	0.0389	0.4499	-0.0586	0.4565	2.1699	31.1513	3.6426
9	2.4824	-1.3286	-1.9256	3.039	3.9206	5.3869	0.0944	0.1877	-0.0245	0.3336	0.1049	-0.1735	0.4973	0.1819	-0.1954	0.4524	0.06	-0.0331	0.3932	-0.026	0.431	22.1937	10.7553	2.2226
10	2.0473	-0.3142	0.1833	2.5857	-0.4025	2.6397	-0.2027	0.7653	-0.1689	-0.5543	0.3196	-0.2023	0.1791	0.0711	-0.1025	0.6641	-0.1503	0.0996	0.9453	-0.2329	0.536	24.0109	2.1031	-39.7775
11	1.8561	0.0119	-0.4181	2.0354	0.0343	3.1691	-0.157	0.6077	-0.2761	-0.1559	0.2597	0.213	0.353	-0.6441	-0.0852	0.5154	-0.1276	0.0097	0.7337	-0.1321	0.5032	7.4068	-1.0697	-24.9546
12	4.3605	-1.1398	-2.4977	2.4354	0.0474	3.0958	-0.2595	0.1916	-0.7043	0.0248	0.1143	-0.1681	1.1138	0.3774	0.1318	0.8574	0.0689	0.0546	0.6364	-0.2863	0.7984	27.8812	-18.1297	-24.4031
13	3.087	-1.3528	0.6748	2.0598	-1.7225	2.0549	-0.0523	-0.3815	0.1045	1.2224	0.0733	-0.0347	-0.4575	1.2111	-0.1968	1.5535	-0.1474	0.1117	0.9054	-0.1966	0.6759	25.9929	94.7726	84.8482
14	3.2565	2.9483	3.4964	2.8934	3.1305	3.6971	0.1806	-0.4029	0.3882	0.5542	0.173	-0.3585	0.5731	0.4045	-0.7067	0.53	0.0327	0.016	0.7969	-0.2477	0.8134	43.6834	55.8785	34.7434
15	0.5853	-1.071	-1.3384	2.314	1.9947	2.2425	-0.0787	-0.0899	-0.3358	0.2228	0.0987	-0.244	0.4642	0.3044	-0.2745	0.6794	0.0537	0.1004	0.8596	-0.2532	0.8866	42.2306	7.3469	-18.3927
16	4.8974	1.7545	-0.8484	5.1359	-0.2819	3.4851	-0.2941	0.6973	-0.9649	-0.0732	-0.0349	0.0185	1.75	-0.5235	0.0743	1.0857	-0.1759	0.1707	0.6932	-0.1917	0.712	6.4805	54.7015	69.9989
17	3.5834	0.2054	-1.2877	4.6323	-2.1044	6.6975	-0.0551	-0.6836	-0.5052	0.7047	-0.3165	-1.0622	0.3407	1.595	0.3748	0.9334	0.1674	-0.1173	1.0554	0.1455	0.9121	15.1358	58.0162	105.3188
18	2.724	0.8869	-1.5731	0.9891	-0.0827	2.1396	-0.3635	0.0445	-0.7346	0.2138	0.227	0.0205	1.1002	-0.3042	-0.0241	1.1025	0.0066	0.1552	0.5687	0.0728	0.7772	-1.9993	54.0568	93.0362

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 205)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 206 through 381)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 382 through 437)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 1 through 205)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 206 through 381)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 382 through 438)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 1 through 205)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 206 through 381)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 382 through 440)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 1 through 205)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 206 through 381)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 382 through 441)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'E' and (resid 6 through 28)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'E' and (resid 44 through 89)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'E' and (resid 90 through 140)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'F' and (resid 1 through 66)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'F' and (resid 67 through 198)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'F' and (resid 199 through 380)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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