[日本語] English
万見
- PDB-6ggp: Structure of the ligand-free form of truncated ArgBP (residues 20... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ggp
タイトルStructure of the ligand-free form of truncated ArgBP (residues 20-233) from T. maritima
要素Amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Domain swapping / Biosensors / Argininemia diagnosis / Protein structure-stability / Calorimetry.
機能・相同性Bacterial periplasmic substrate-binding proteins / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 / Solute-binding protein family 3/N-terminal domain of MltF / ligand-gated monoatomic ion channel activity / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / membrane / Amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein
機能・相同性情報
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.03 Å
データ登録者Smaldone, G. / Berisio, R. / Balasco, N. / D'Auria, S. / Vitagliano, L. / Ruggiero, A.
引用ジャーナル: Biochim. Biophys. Acta / 年: 2018
タイトル: Domain swapping dissection in Thermotoga maritima arginine binding protein: How structural flexibility may compensate destabilization.
著者: Smaldone, G. / Berisio, R. / Balasco, N. / D'Auria, S. / Vitagliano, L. / Ruggiero, A.
履歴
登録2018年5月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4441
ポリマ－23,4441
非ポリマー00
水8,485471
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area10400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.707, 71.063, 88.386
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein


分子量: 23443.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099) (バクテリア)
遺伝子: TM_0593 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WZ62
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 471 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Crystals grew in 16-20 mg/mL protein solution and in 30 % w/v PEG 8,000, 0.1 M Sodium cacodylate trihydrate (pH 6.5) and 0.2 M Sodium Acetate trihydrate.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9464 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9464 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.03→20 Å / Num. obs: 104443 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 13.7 % / Net I/σ(I): 41.3
反射 シェル解像度: 1.03→1.05 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0110精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4PRS

4prs


解像度: 1.03→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 0.594 / SU ML: 0.014 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.024 / ESU R Free: 0.027 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.171 969 0.9 %RANDOM
Rwork0.137 ---
obs0.138 103364 95.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 8.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å20 Å20 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3----0.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.03→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1651 0 0 471 2122
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0270.0221839
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0080.021276
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1831.9862521
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.13433154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2565258
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.2524.05179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.9515351
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.4541514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1380.2303
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022080
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02382
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9621.51142
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9821.5463
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.84921887
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.413697
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.1334.5613
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.11833115
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free12.6973480
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded4.73333065
LS精密化 シェル解像度: 1.03→1.06 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.353 79 -
Rwork0.264 6602 -
obs--84.24 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る