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- PDB-6gg3: Crystal structure of M2 PYK in complex with Alanine. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gg3
タイトルCrystal structure of M2 PYK in complex with Alanine.
要素Pyruvate kinase PKM
キーワードTRANSFERASE / Glycolysis / Pyruvate Kinase Activity
機能・相同性
機能・相同性情報


pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / Pyruvate metabolism / positive regulation of cytoplasmic translation / histone H3T11 kinase activity / programmed cell death / canonical glycolysis / Glycolysis / positive regulation of sprouting angiogenesis / potassium ion binding ...pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / Pyruvate metabolism / positive regulation of cytoplasmic translation / histone H3T11 kinase activity / programmed cell death / canonical glycolysis / Glycolysis / positive regulation of sprouting angiogenesis / potassium ion binding / rough endoplasmic reticulum / Regulation of pyruvate metabolism / glycolytic process / non-specific protein-tyrosine kinase / cilium / cellular response to insulin stimulus / extracellular vesicle / MHC class II protein complex binding / protein tyrosine kinase activity / collagen-containing extracellular matrix / secretory granule lumen / vesicle / ficolin-1-rich granule lumen / transcription coactivator activity / non-specific serine/threonine protein kinase / cadherin binding / mRNA binding / Neutrophil degranulation / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pyruvate kinase, C-terminal domain / Pyruvate Kinase; Chain: A, domain 1 / Pyruvate kinase, active site / Pyruvate kinase active site signature. / Pyruvate kinase / Pyruvate kinase, barrel / Pyruvate kinase, insert domain superfamily / Pyruvate kinase, barrel domain / Pyruvate kinase, C-terminal / Pyruvate kinase, C-terminal domain superfamily ...Pyruvate kinase, C-terminal domain / Pyruvate Kinase; Chain: A, domain 1 / Pyruvate kinase, active site / Pyruvate kinase active site signature. / Pyruvate kinase / Pyruvate kinase, barrel / Pyruvate kinase, insert domain superfamily / Pyruvate kinase, barrel domain / Pyruvate kinase, C-terminal / Pyruvate kinase, C-terminal domain superfamily / Pyruvate kinase, alpha/beta domain / Pyruvate kinase-like, insert domain superfamily / Phosphoenolpyruvate-binding domains / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ALANINE / PHOSPHATE ION / Pyruvate kinase PKM
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.72 Å
データ登録者McNae, I.W. / Yuan, M. / Walkinshaw, M.D.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2018
タイトル: An allostatic mechanism for M2 pyruvate kinase as an amino-acid sensor.
著者: Yuan, M. / McNae, I.W. / Chen, Y. / Blackburn, E.A. / Wear, M.A. / Michels, P.A.M. / Fothergill-Gilmore, L.A. / Hupp, T. / Walkinshaw, M.D.
履歴
登録2018年5月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Pyruvate kinase PKM
B: Pyruvate kinase PKM
C: Pyruvate kinase PKM
D: Pyruvate kinase PKM
E: Pyruvate kinase PKM
F: Pyruvate kinase PKM
G: Pyruvate kinase PKM
H: Pyruvate kinase PKM
I: Pyruvate kinase PKM
J: Pyruvate kinase PKM
K: Pyruvate kinase PKM
L: Pyruvate kinase PKM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)724,37935
ポリマ－722,25912
非ポリマー2,12023
水00
1
A: Pyruvate kinase PKM
B: Pyruvate kinase PKM
C: Pyruvate kinase PKM
D: Pyruvate kinase PKM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)241,40011
ポリマ－240,7534
非ポリマー6477
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15870 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area72740 Å2
手法PISA
2
E: Pyruvate kinase PKM
F: Pyruvate kinase PKM
G: Pyruvate kinase PKM
H: Pyruvate kinase PKM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)241,48912
ポリマ－240,7534
非ポリマー7368
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15610 Å2
ΔGint-106 kcal/mol
Surface area72590 Å2
手法PISA
3
I: Pyruvate kinase PKM
J: Pyruvate kinase PKM
K: Pyruvate kinase PKM
L: Pyruvate kinase PKM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)241,48912
ポリマ－240,7534
非ポリマー7368
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15230 Å2
ΔGint-107 kcal/mol
Surface area65390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)160.722, 199.364, 243.234
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24E
15A
25F
16A
26G
17A
27H
18A
28I
19A
29J
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210K
111A
211L
112B
212C
113B
213D
114B
214E
115B
215F
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216G
117B
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225G
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227I
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NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ILEILEVALVALAA13 - 53033 - 550
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250ALAALAPROPROKK8 - 53128 - 551
151ALAALAPROPROFF8 - 53128 - 551
251ALAALAPROPROLL8 - 53128 - 551
152ALAALAPROPROGG8 - 53128 - 551
252ALAALAPROPROHH8 - 53128 - 551
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NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
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5
6
7
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14
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48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64

-
要素

#1: タンパク質
Pyruvate kinase PKM / Cytosolic thyroid hormone-binding protein / CTHBP / Opa-interacting protein 3 / OIP-3 / Pyruvate ...Cytosolic thyroid hormone-binding protein / CTHBP / Opa-interacting protein 3 / OIP-3 / Pyruvate kinase 2/3 / Pyruvate kinase muscle isozyme / Thyroid hormone-binding protein 1 / THBP1 / Tumor M2-PK / p58


分子量: 60188.250 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PKM, OIP3, PK2, PK3, PKM2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P14618, pyruvate kinase
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物
ChemComp-ALA / ALANINE / アラニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 89.093 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.41 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 10-16% PEG 3350, 100 mM sodium Cacodylate, 50 mM MgCl2, 100 mM KCl
PH範囲: 7.2-7.8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97624 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97624 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.72→199.3 Å / Num. obs: 82644 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 4.2 % / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 3.72→3.82 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4fxj

4fxj


解像度: 3.72→154.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU ML: 0.571 / 交差検証法: THROUGHOUT / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24879 3932 5 %RANDOM
Rwork0.2196 ---
obs0.22105 74293 94.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.47 Å20 Å20 Å2
2--6.3 Å2-0 Å2
3----3.84 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.72→154.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数45961 0 126 0 46087
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
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X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0245322
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X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9223104970
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X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.1218.80824019
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.39413.21129969
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.39313.21129970
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7419.08822794
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.7419.08822794
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.92813.52533274
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.23749269
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.23749270
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
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312E295720.03
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322F316320.04
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342H316280.03
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601H321220.04
602L321220.04
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612J262140.03
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631J255100.04
632L255100.04
641K316860.04
642L316860.04
LS精密化 シェル解像度: 3.72→3.817 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.362 315 -
Rwork0.338 5457 -
obs--95.45 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.42060.25650.59340.75160.19591.23590.1061-0.18320.0225-0.01940.0446-0.0910.2993-0.3247-0.15070.725-0.19750.0090.2414-0.00850.535834.7365395.688771.7042
20.18780.1432-0.38930.6272-0.29661.7346-0.0266-0.00880.07320.03430.1665-0.2151-0.2051-0.7921-0.13990.48550.1622-0.03890.7903-0.0620.501111.5398422.969564.2081
30.5428-0.1675-0.32480.87940.42890.34250.15450.2550.0548-0.0649-0.06840.0021-0.0295-0.1156-0.0860.59490.0609-0.01980.3978-0.00850.582729.3001411.43165.8343
40.9417-0.7420.48640.7641-0.50760.83290.48580.3009-0.2329-0.1334-0.37070.32110.3230.1965-0.1150.90220.0062-0.1920.2048-0.28280.830621.214376.780914.8261
50.2810.1422-0.38970.4452-0.26671.05630.0792-0.17990.06320.0835-0.12690.0097-0.14930.16590.04770.6449-0.112-0.01110.2246-0.06540.649178.9229410.648552.4253
60.6456-0.2439-0.25570.2699-0.01560.84370.1491-0.04780.1627-0.0058-0.0923-0.157-0.0998-0.0626-0.05680.620.01790.07930.11150.04130.770373.0483420.881717.1255
70.4047-0.4144-0.05350.9187-0.21890.2975-0.03760.0535-0.0006-0.0559-0.06910.03350.1789-0.04530.10670.82630.05830.05510.0386-0.0220.672591.2149362.33047.8796
80.81440.36780.20860.38540.42840.8326-0.0953-0.0061-0.08650.1297-0.0266-0.00230.4001-0.02310.12190.9742-0.05690.16640.0069-0.02190.661165.7526355.321733.8529
90.61450.1470.07380.31680.19760.91910.1104-0.308-0.2763-0.0629-0.172-0.3270.148-0.06310.06160.54250.0279-0.06280.21440.33751.1305130.8678375.473228.2148
100.39280.3816-0.05650.76350.25470.52460.3383-0.4504-0.26360.0888-0.5387-0.1884-0.1070.10820.20040.5153-0.2986-0.14930.66840.31620.727130.4979406.144654.4306
111.03630.22260.00740.26030.0281.1451-0.0278-0.05160.0643-0.1161-0.06470.1428-0.15770.09210.09260.5902-0.0483-0.04590.11270.11630.7519143.7272436.87248.1561
120.62070.12630.05180.4376-0.12550.4113-0.0780.0177-0.0591-0.21590.11830.02370.08150.0294-0.04030.5939-0.0696-0.06460.10260.10210.8388119.514416.0703-9.8741
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A13 - 602
2X-RAY DIFFRACTION2B8 - 602
3X-RAY DIFFRACTION3C8 - 602
4X-RAY DIFFRACTION4D6 - 602
5X-RAY DIFFRACTION5E7 - 602
6X-RAY DIFFRACTION6F8 - 602
7X-RAY DIFFRACTION7G8 - 602
8X-RAY DIFFRACTION8H8 - 602
9X-RAY DIFFRACTION9I13 - 602
10X-RAY DIFFRACTION10J13 - 602
11X-RAY DIFFRACTION11K8 - 602
12X-RAY DIFFRACTION12L8 - 602

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る