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- PDB-6gf1: The structure of the ubiquitin-like modifier FAT10 reveals a nove... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gf1
タイトルThe structure of the ubiquitin-like modifier FAT10 reveals a novel targeting mechanism for degradation by the 26S proteasome
要素Ubiquitin D
キーワードSIGNALING PROTEIN / Ubiquitin-like / degradation
機能・相同性
機能・相同性情報


protein modification by small protein conjugation / myeloid dendritic cell differentiation / aggresome assembly / aggresome / regulation of mitotic cell cycle phase transition / proteasome binding / response to tumor necrosis factor / response to type II interferon / fibrillar center / Neddylation ...protein modification by small protein conjugation / myeloid dendritic cell differentiation / aggresome assembly / aggresome / regulation of mitotic cell cycle phase transition / proteasome binding / response to tumor necrosis factor / response to type II interferon / fibrillar center / Neddylation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / protein ubiquitination / positive regulation of apoptotic process / proteolysis / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin D / Ubiquitin domain / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.925 Å
データ登録者Aichem, A. / Anders, S. / Catone, N. / Roessler, P. / Stotz, S. / Berg, A. / Schwab, R. / Scheuermann, S. / Bialas, J. / Schmidtke, G. ...Aichem, A. / Anders, S. / Catone, N. / Roessler, P. / Stotz, S. / Berg, A. / Schwab, R. / Scheuermann, S. / Bialas, J. / Schmidtke, G. / Peter, C. / Groettrup, M. / Wiesner, S.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: The structure of the ubiquitin-like modifier FAT10 reveals an alternative targeting mechanism for proteasomal degradation.
著者: Aichem, A. / Anders, S. / Catone, N. / Stotz, S. / Berg, A. / Schwab, R. / Scheuermann, S. / Bialas, J. / Schutz-Stoffregen, M.C. / Schmidtke, G. / Peter, C. / Groettrup, M. / Wiesner, S.
履歴
登録2018年4月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin D
B: Ubiquitin D
C: Ubiquitin D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8819
ポリマ－28,3053
非ポリマー5766
水2,288127
1
A: Ubiquitin D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,5312
ポリマ－9,4351
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ubiquitin D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7234
ポリマ－9,4351
非ポリマー2883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Ubiquitin D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,6273
ポリマ－9,4351
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)116.172, 116.172, 84.720
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-258-

HOH

21B-259-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Ubiquitin D / Diubiquitin / Ubiquitin-like protein FAT10


分子量: 9434.912 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N Domain / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBD, FAT10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O15205
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.36 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 3.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Citric acid

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→43.254 Å / Num. obs: 64119 / % possible obs: 99.31 % / 冗長度: 10 % / Net I/σ(I): 21.38
反射 シェル解像度: 1.925→1.994 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.925→43.254 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.44 / 位相誤差: 24.97
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2331 3204 5 %
Rwork0.2098 --
obs0.211 64119 99.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.925→43.254 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1785 0 30 127 1942
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071840
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.812499
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.0021126
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057306
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005299
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.925-1.95370.40441270.44922397X-RAY DIFFRACTION88
1.9537-1.98420.40621320.3882502X-RAY DIFFRACTION95
1.9842-2.01680.46511380.33882672X-RAY DIFFRACTION99
2.0168-2.05150.27791400.27992650X-RAY DIFFRACTION100
2.0515-2.08880.31491400.26542661X-RAY DIFFRACTION100
2.0888-2.1290.27581380.24632618X-RAY DIFFRACTION100
2.129-2.17250.26241420.23352678X-RAY DIFFRACTION100
2.1725-2.21970.25391400.23382681X-RAY DIFFRACTION100
2.2197-2.27130.2721420.22612706X-RAY DIFFRACTION100
2.2713-2.32810.24661380.21872624X-RAY DIFFRACTION100
2.3281-2.39110.23061420.22192680X-RAY DIFFRACTION100
2.3911-2.46140.29491400.22662654X-RAY DIFFRACTION100
2.4614-2.54090.25481410.2152692X-RAY DIFFRACTION100
2.5409-2.63170.27921400.21482677X-RAY DIFFRACTION100
2.6317-2.7370.23191420.2232692X-RAY DIFFRACTION100
2.737-2.86160.27211380.23032634X-RAY DIFFRACTION100
2.8616-3.01240.2371420.23572683X-RAY DIFFRACTION100
3.0124-3.20110.26751400.21722664X-RAY DIFFRACTION100
3.2011-3.44810.20251420.19952682X-RAY DIFFRACTION100
3.4481-3.7950.21051400.18032656X-RAY DIFFRACTION100
3.795-4.34360.19311400.17072667X-RAY DIFFRACTION100
4.3436-5.47080.22231400.17412678X-RAY DIFFRACTION100
5.4708-43.26470.1781400.20552667X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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