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- PDB-6gd8: Cytochrome c in complex with Sulfonato-calix[8]arene, P31 form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gd8
タイトルCytochrome c in complex with Sulfonato-calix[8]arene, P31 form
要素Cytochrome c iso-1
キーワードOXIDOREDUCTASE / calixarene / scaffold / supramolecular / assembly
機能・相同性
機能・相同性情報


Release of apoptotic factors from the mitochondria / Pyroptosis / Respiratory electron transport / Detoxification of Reactive Oxygen Species / cardiolipin binding / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / : / mitochondrial intermembrane space / electron transfer activity ...Release of apoptotic factors from the mitochondria / Pyroptosis / Respiratory electron transport / Detoxification of Reactive Oxygen Species / cardiolipin binding / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / : / mitochondrial intermembrane space / electron transfer activity / heme binding / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c, class IA/ IB / Cytochrome c / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
sulfonato-calix[8]arene / HEME C / Cytochrome c isoform 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Rennie, M.L. / Fox, G.C. / Crowley, P.B.
資金援助 アイルランド, 1件
組織認可番号国
Science Foundation Ireland13/ERC/B2912 and 13/CDA/2168 アイルランド
引用ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2018
タイトル: Auto-regulated Protein Assembly on a Supramolecular Scaffold.
著者: Rennie, M.L. / Fox, G.C. / Perez, J. / Crowley, P.B.
履歴
登録2018年4月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c iso-1
B: Cytochrome c iso-1
C: Cytochrome c iso-1
D: Cytochrome c iso-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,59912
ポリマ－48,1674
非ポリマー8,4328
水73941
1
A: Cytochrome c iso-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6394
ポリマ－12,0421
非ポリマー3,5973
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cytochrome c iso-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1503
ポリマ－12,0421
非ポリマー2,1082
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Cytochrome c iso-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1503
ポリマ－12,0421
非ポリマー2,1082
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Cytochrome c iso-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,6602
ポリマ－12,0421
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.680, 66.680, 142.881
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: _ / Auth seq-ID: -5 - 103 / Label seq-ID: 1 - 108

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14BB
24CC
15BB
25DD
16CC
26DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Cytochrome c iso-1


分子量: 12041.770 Da / 分子数: 4 / 変異: C102T, T-5A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: CYC1, YJR048W, J1653 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P00044
#2: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-EVB / sulfonato-calix[8]arene / カリックス[8]アレ-ン-p-スルホン酸


分子量: 1489.481 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C56H48O32S8 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.69 % / 解説: Small pink-red rods
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 24 % PEG 3350 0.27 M NaCl 0.09 M MES pH 5.5 (2x protein solution : 1x crystallisation condition)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.169
11-K, -H, -L20.332
11-h,-k,l30.332
11K, H, -L40.167
反射解像度: 2.5→71.44 Å / Num. obs: 24569 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.1 % / CC1/2: 0.984 / Rmerge(I) obs: 0.131 / Rpim(I) all: 0.086 / Rrim(I) all: 0.158 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 3.1 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.5-2.60.3927590.6070.2590.4799.9
9.01-71.440.0565360.9920.0360.06799.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5LYC chain A

5lyc


解像度: 2.5→57.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 4.403 / SU ML: 0.105 / SU R Cruickshank DPI: 0.0675 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.068 / ESU R Free: 0.044
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1998 1090 4.4 %RANDOM
Rwork0.1761 ---
obs0.1772 23441 99.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 83.5 Å2 / Biso mean: 41.858 Å2 / Biso min: 2.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-13.98 Å20 Å20 Å2
2--13.98 Å20 Å2
3----27.96 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→57.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3384 0 497 41 3922
Biso mean--42.32 25.37 -
残基数----432
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0194015
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023476
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3752.1295522
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9033.0028076
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.045428
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.03424.595148
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.72815652
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.6131512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2511
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024342
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02810
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A66840.07
12B66840.07
21A66440.07
22C66440.07
31A66640.06
32D66640.06
41B66180.08
42C66180.08
51B66180.08
52D66180.08
61C67180.05
62D67180.05
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.261 102 -
Rwork0.227 1764 -
all-1866 -
obs--99.84 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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