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- PDB-6gc1: Crystal structure of Trx-like and NHL repeat containing domains o... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gc1
タイトルCrystal structure of Trx-like and NHL repeat containing domains of human NHLRC2
要素NHL repeat-containing protein 2
キーワードUNKNOWN FUNCTION / NHL repeat containing / structural domain / protein binding / thioredoxin-like
機能・相同性
機能・相同性情報


platelet alpha granule lumen / Platelet degranulation / extracellular region / cytosol
類似検索 - 分子機能
NHL2, NHL repeat domain / Thioredoxin-like / NHL repeat profile. / NHL repeat / NHL repeat / Thioredoxin-like fold / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NHL repeat-containing protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Biterova, E. / Uusimaa, J. / Hinttala, R. / Ruddock, L.W.
資金援助 フィンランド, 4件
組織認可番号国
Academy of Finland266457 フィンランド
Academy of Finland272573 フィンランド
Academy of Finland266498 フィンランド
Academy of Finland303996 フィンランド
引用ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2018
タイトル: Structural analysis of human NHLRC2, mutations of which are associated with FINCA disease.
著者: Biterova, E. / Ignatyev, A. / Uusimaa, J. / Hinttala, R. / Ruddock, L.W.
履歴
登録2018年4月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月25日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: NHL repeat-containing protein 2
B: NHL repeat-containing protein 2
C: NHL repeat-containing protein 2
D: NHL repeat-containing protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)255,2174
ポリマ－255,2174
非ポリマー00
水66737
1
A: NHL repeat-containing protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,8041
ポリマ－63,8041
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: NHL repeat-containing protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,8041
ポリマ－63,8041
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: NHL repeat-containing protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,8041
ポリマ－63,8041
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: NHL repeat-containing protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,8041
ポリマ－63,8041
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)103.284, 103.812, 114.978
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.770, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Refine code: _ / Auth seq-ID: 9 - 572 / Label seq-ID: 16 - 579

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14BB
24CC
15BB
25DD
16CC
26DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
NHL repeat-containing protein 2


分子量: 63804.199 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NHLRC2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8NBF2
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.04 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M BisTris Propane pH 6.5, 0.2 M K/Na Tartrate, 18% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→47.77 Å / Num. obs: 65063 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4.719 % / Biso Wilson estimate: 58.45 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Rrim(I) all: 0.147 / Χ2: 0.982 / Net I/σ(I): 8.99
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.7-2.774.8921.0881.2948520.511.2299.5
2.77-2.854.9360.8441.7346700.6640.94699.7
2.85-2.934.8660.7362.0345950.6960.82699.8
2.93-3.024.8320.5642.6844360.8180.63499.6
3.02-3.124.8090.4473.4143270.8690.50399.6
3.12-3.234.7510.3684.1841560.9030.41699.6
3.23-3.354.7260.2695.6640080.9490.30498.6
3.35-3.484.7220.2127.2138410.9670.23998.9
3.48-3.644.6330.1858.1636460.9720.2198.9
3.64-3.824.5390.1569.5535310.9750.17898.5
3.82-4.024.3060.11611.8332940.9830.13397.2
4.02-4.273.8490.08513.7929680.9890.192.4
4.27-4.564.6190.07217.5729800.9930.08298.2
4.56-4.934.8930.06919.1428280.9950.07899.8
4.93-5.44.930.07318.3725980.9940.081100
5.4-6.044.8970.07417.7623540.9940.08399.9
6.04-6.974.8970.07218.2620860.9930.08199.6
6.97-8.544.7830.05820.7917570.9950.065100
8.54-12.074.6750.04725.0513740.9960.05399.1
12.07-47.774.3310.04324.587620.9970.04996.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0222精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2HYX

2hyx


解像度: 2.7→47.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.912 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.877 / SU B: 22.823 / SU ML: 0.436 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.416
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2872 3254 5 %RANDOM
Rwork0.2459 ---
obs0.248 61810 98.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 174.03 Å2 / Biso mean: 62.64 Å2 / Biso min: 19.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.42 Å20 Å21.16 Å2
2--1.95 Å20 Å2
3----1.84 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→47.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17018 0 0 37 17055
Biso mean---36.08 -
残基数----2194
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01517387
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.01715839
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3751.73223598
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6521.70437116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.77252182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.03321.544544
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.045152573
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.1611556
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0540.22271
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02119351
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.023113
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A171880.08
12B171880.08
21A172260.08
22C172260.08
31A173170.07
32D173170.07
41B171470.08
42C171470.08
51B171390.08
52D171390.08
61C171590.08
62D171590.08
LS精密化 シェル解像度: 2.699→2.769 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.372 242 -
Rwork0.356 4597 -
all-4839 -
obs--99.55 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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