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- PDB-2hyx: Structure of the C-terminal domain of DipZ from Mycobacterium tub... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hyx
タイトルStructure of the C-terminal domain of DipZ from Mycobacterium tuberculosis
要素Protein dipZ
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Thioredoxin fold / Jelly-roll / Structural Genomics / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC / PSI-2 / Protein Structure Initiative
機能・相同性
機能・相同性情報


cytochrome complex assembly / antioxidant activity / membrane => GO:0016020 / oxidoreductase activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
DipZ, thioredoxin-like C-terminal domain / Thioredoxin like C-terminal domain / Cytochrome C biogenesis protein, transmembrane domain / Cytochrome C biogenesis protein transmembrane domain / : / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Galactose-binding domain-like / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain ...DipZ, thioredoxin-like C-terminal domain / Thioredoxin like C-terminal domain / Cytochrome C biogenesis protein, transmembrane domain / Cytochrome C biogenesis protein transmembrane domain / : / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Galactose-binding domain-like / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Galactose-binding-like domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein DipZ / Protein DipZ
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Goldstone, D. / Baker, E.N. / Metcalf, P. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of the C-terminal domain of DipZ from Mycobacterium tuberculosis
著者: Goldstone, D. / Baker, E.N. / Metcalf, P.
履歴
登録2006年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_sheet
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_sheet.number_strands

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein dipZ
B: Protein dipZ
C: Protein dipZ
D: Protein dipZ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,0704
ポリマ－152,0704
非ポリマー00
水16,195899
1
A: Protein dipZ
B: Protein dipZ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,0352
ポリマ－76,0352
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4260 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area24750 Å2
手法PISA
2
C: Protein dipZ
D: Protein dipZ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,0352
ポリマ－76,0352
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4310 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area25080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.070, 117.915, 123.030
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Protein dipZ


分子量: 38017.434 Da / 分子数: 4 / 断片: C-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: dipZ / プラスミド: pProEx-Hta / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pRIL / 参照: UniProt: Q10801, UniProt: P9WG63*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 899 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.12 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 20% PEG4000, 0.1M Na-Citrate pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9797 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月22日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
ReflectionAv σ(I) over netI: 10.7 / 数: 468976 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Χ2: 1.12 / D res high: 2.4 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 63483 / % possible obs: 99.9
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squared
5.175099.210.0521.167
4.15.1799.910.0531.017
3.584.199.910.0711.061
3.263.5810010.11.051
3.023.2610010.1441.08
2.853.0210010.231.181
2.72.8510010.3341.168
2.592.710010.4521.18
2.492.5910010.5461.123
2.42.4999.910.6441.125
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. all: 126251 / Num. obs: 126251 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Χ2: 1.107 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.9-1.970.35124890.97199.9
1.97-2.050.234124940.9591100
2.05-2.140.188124881.1351100
2.14-2.250.147125431.1671100
2.25-2.390.112125481.1141100
2.39-2.580.09126011.1411100
2.58-2.840.074126051.0631100
2.84-3.250.059126451.111199.9
3.25-4.090.054127141.407199.7
4.09-300.033131240.989199.8

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing dmFOM : 0.64 / FOM acentric: 0.64 / FOM centric: 0.62 / 反射: 63370 / Reflection acentric: 57914 / Reflection centric: 5456
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
6.9-50.0910.920.940.8528822273609
4.3-6.90.90.920.79860675591047
3.4-4.30.870.880.77106699691978
3-3.40.750.760.67106999866833
2.6-30.490.490.4318952176701282
2.4-2.60.290.290.261156210855707

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE2.06位相決定
RESOLVE2.05位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
Blu-Iceデータ収集
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→30 Å / FOM work R set: 0.862 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.219 12262 9.7 %RANDOM
Rwork0.195 ---
all-126251 --
obs-123232 97.6 %-
溶媒の処理Bsol: 45.036 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 24.686 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.023 Å20 Å20 Å2
2--3.279 Å20 Å2
3---0.744 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9919 0 0 899 10818
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.354
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.1461.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.7862
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.6082
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5612.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 50

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs
1.9-1.910.3211870.30617861973
1.91-1.930.2772330.26420292262
1.93-1.940.2922320.26620562288
1.94-1.950.2932430.25621212364
1.95-1.970.2632120.24321782390
1.97-1.980.2372210.22521332354
1.98-20.2372190.21221882407
2-2.010.2642310.21822022433
2.01-2.030.2482460.21421662412
2.03-2.050.2472260.21621882414
2.05-2.060.2552180.22721382356
2.06-2.080.2492440.21121782422
2.08-2.10.2352570.20421692426
2.1-2.120.2582130.20522652478
2.12-2.140.2512700.21321522422
2.14-2.160.2382120.21522332445
2.16-2.180.2692560.21421982454
2.18-2.20.2322410.19722092450
2.2-2.230.2322520.19922142466
2.23-2.250.2342240.21821662390
2.25-2.280.2342610.20121412402
2.28-2.30.2412390.20322572496
2.3-2.330.2382480.21322172465
2.33-2.360.2372710.21122002471
2.36-2.390.2682570.20922252482
2.39-2.430.2362470.2122162463
2.43-2.460.2382420.20922732515
2.46-2.50.2342630.20622212484
2.5-2.540.2252570.19722182475
2.54-2.580.2482660.20322312497
2.58-2.620.262600.21722522512
2.62-2.670.2472280.21222522480
2.67-2.720.232500.20722092459
2.72-2.780.2592290.21722992528
2.78-2.840.2222750.20722602535
2.84-2.90.2542460.20522722518
2.9-2.980.192460.20622652511
2.98-3.060.2522810.21722532534
3.06-3.150.2272540.20422542508
3.15-3.250.2142460.19722922538
3.25-3.360.2322470.19322752522
3.36-3.50.2352450.19322852530
3.5-3.660.192510.17922832534
3.66-3.850.1942640.17422722536
3.85-4.090.1662530.15923042557
4.09-4.410.1592490.15223112560
4.41-4.850.1672360.14623382574
4.85-5.540.1762630.17423302593
5.54-6.970.2072670.19723492616
6.97-300.1832840.17524472731
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.paramCNS_TOPPAR:protein.top
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.paramCNS_TOPPAR:dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.paramCNS_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION4cis_peptide.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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