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- PDB-5cyy: Structure of the C-terminal domains of DipZ from Mycobacterium tu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cyy
タイトルStructure of the C-terminal domains of DipZ from Mycobacterium tuberculosis
要素Protein DipZ
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Thioredoxin / Carbohydrate binding module / Redox / Structural Genomics / PSI-Biology / Mycobacterium Tuberculosis Structural Proteomics Project / XMTB
機能・相同性
機能・相同性情報


cytochrome complex assembly / antioxidant activity / oxidoreductase activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
DipZ, thioredoxin-like C-terminal domain / Thioredoxin like C-terminal domain / Cytochrome C biogenesis protein, transmembrane domain / Cytochrome C biogenesis protein transmembrane domain / : / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Galactose-binding domain-like / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain ...DipZ, thioredoxin-like C-terminal domain / Thioredoxin like C-terminal domain / Cytochrome C biogenesis protein, transmembrane domain / Cytochrome C biogenesis protein transmembrane domain / : / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Galactose-binding domain-like / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Goldstone, D.C. / Metcalf, P. / Baker, E.N. / Mycobacterium Tuberculosis Structural Proteomics Project (XMTB)
資金援助 ニュージーランド, 1件
組織認可番号国
HRC ニュージーランド
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2016
タイトル: Structure of the ectodomain of the electron transporter Rv2874 from Mycobacterium tuberculosis reveals a thioredoxin-like domain combined with a carbohydrate-binding module.
著者: Goldstone, D.C. / Metcalf, P. / Baker, E.N.
履歴
登録2015年7月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月18日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein DipZ
B: Protein DipZ
C: Protein DipZ
D: Protein DipZ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,1304
ポリマ－156,1304
非ポリマー00
水8,755486
1
A: Protein DipZ
B: Protein DipZ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,0652
ポリマ－78,0652
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4110 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area24720 Å2
手法PISA
2
C: Protein DipZ
D: Protein DipZ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,0652
ポリマ－78,0652
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4280 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area25240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.972, 117.525, 122.438
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Protein DipZ


分子量: 39032.441 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 361-695 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: dipZ, Rv2874, MTCY274.05 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WG63
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 486 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.11 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG4000, 0.1M Na-citrate pH 5.6 / PH範囲: 5.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2005年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→99 Å / Num. obs: 73550 / % possible obs: 90.1 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 32.37 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rpim(I) all: 0.067 / Rrim(I) all: 0.135 / Χ2: 1.327 / Net I/av σ(I): 12.602 / Net I/σ(I): 7.8 / Num. measured all: 302594
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRrim(I) all
2.2-2.282.90.6281.5772240.6110.6281.48389.7
2.28-2.3740.78973640.6880.4281.19991.50.903
2.37-2.484.20.60274490.8240.3181.24292.20.685
2.48-2.614.20.45974620.8720.241.30992.20.521
2.61-2.774.20.3574230.9170.1851.41391.90.397
2.77-2.994.30.23574230.9590.1231.35391.20.267
2.99-3.294.30.14173450.9820.0741.38390.40.16
3.29-3.764.30.09773240.990.0511.48289.50.11
3.76-4.744.30.06472470.9950.0341.30687.80.072
4.74-994.40.04372890.9970.0231.15385.20.049

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→42.393 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2371 7296 9.99 %
Rwork0.1818 65723 -
obs0.1872 73019 90.08 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 92.75 Å2 / Biso mean: 34.3823 Å2 / Biso min: 15 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→42.393 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9974 0 0 486 10460
Biso mean---33.98 -
残基数----1325
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00810246
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.08814018
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0411567
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051836
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.6943601
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2-2.2250.39672200.33312175239589
2.225-2.25120.45042180.38642095231388
2.2512-2.27860.3352400.28432165240590
2.2786-2.30750.29312600.24812182244291
2.3075-2.33780.33022530.24352201245492
2.3378-2.36990.31492360.23092214245092
2.3699-2.40370.28992680.22662207247592
2.4037-2.43960.29042210.21382242246392
2.4396-2.47770.25712520.20862205245792
2.4777-2.51830.31172450.212228247392
2.5183-2.56170.26892600.20342212247292
2.5617-2.60830.27112530.20912230248392
2.6083-2.65850.28682230.20572229245292
2.6585-2.71270.29312440.21272203244792
2.7127-2.77170.28142630.20432207247092
2.7717-2.83620.28482490.19772222247192
2.8362-2.90710.26222390.20552193243291
2.9071-2.98570.25862650.19752204246991
2.9857-3.07350.24752280.19962194242291
3.0735-3.17270.22892550.19542172242790
3.1727-3.2860.24722440.18022196244090
3.286-3.41750.22152460.18722199244590
3.4175-3.5730.26232280.18292193242189
3.573-3.76130.22772360.16922177241389
3.7613-3.99670.19822440.1572157240188
3.9967-4.30510.17912410.13962165240688
4.3051-4.73780.1742310.12022165239687
4.7378-5.42210.18932460.13142151239787
5.4221-6.82670.18912390.14412170240986
6.8267-42.40110.1752490.15222170241983

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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