[日本語] English
万見
- PDB-5ciz: E. coli RNA polymerase alpha subunit CTD in complex with CAP and ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ciz
タイトルE. coli RNA polymerase alpha subunit CTD in complex with CAP and DNA: A(5)-tract binding site for alpha CTD
要素
  • DNA (5'-D(*CP*TP*AP*GP*AP*TP*CP*AP*CP*AP*TP*TP*TP*TP*AP*GP*GP*CP*AP*AP*AP*AP*AP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*CP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*CP*CP*TP*AP*AP*AP*AP*TP*GP*TP*GP*AP*T)-3')
  • DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
  • cAMP-activated global transcriptional regulator CRP
キーワードGene regulation/DNA / protein-protein interactions / protein-DNA interactions / gene regulation-DNA complex / knock out
機能・相同性
機能・相同性情報


carbon catabolite repression of transcription / DNA binding, bending / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / regulation of DNA-templated transcription initiation / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / nitrate assimilation / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / DNA-directed RNA polymerase complex ...carbon catabolite repression of transcription / DNA binding, bending / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / regulation of DNA-templated transcription initiation / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / nitrate assimilation / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / DNA-directed RNA polymerase complex / cell motility / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / DNA-templated transcription initiation / protein-DNA complex / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity / response to heat / sequence-specific DNA binding / intracellular iron ion homeostasis / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / DNA binding / membrane / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transcription regulator HTH, Crp-type, conserved site / Crp-type HTH domain signature. / helix_turn_helix, cAMP Regulatory protein / : / Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain profile. / Crp-type HTH domain / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site ...Transcription regulator HTH, Crp-type, conserved site / Crp-type HTH domain signature. / helix_turn_helix, cAMP Regulatory protein / : / Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain profile. / Crp-type HTH domain / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / RmlC-like jelly roll fold / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / DNA-binding transcriptional dual regulator CRP
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 5.0098 Å
データ登録者Napoli, A.A. / Lawson, C.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM21589 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2020
タイトル: The RNA Polymerase alpha Subunit Recognizes the DNA Shape of the Upstream Promoter Element
著者: Lara-Gonzalez, S. / Machado, A.C.D. / Rao, S. / Napoli, A.A. / Birktoft, J. / Di Felice, R. / Rohs, R. / Lawson, C.L.
履歴
登録2015年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年11月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: cAMP-activated global transcriptional regulator CRP
B: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
D: DNA (5'-D(*CP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*CP*CP*TP*AP*AP*AP*AP*TP*GP*TP*GP*AP*T)-3')
E: DNA (5'-D(*CP*TP*AP*GP*AP*TP*CP*AP*CP*AP*TP*TP*TP*TP*AP*GP*GP*CP*AP*AP*AP*AP*AP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7355
ポリマ－46,4064
非ポリマー3291
水00
1
A: cAMP-activated global transcriptional regulator CRP
B: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
D: DNA (5'-D(*CP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*CP*CP*TP*AP*AP*AP*AP*TP*GP*TP*GP*AP*T)-3')
E: DNA (5'-D(*CP*TP*AP*GP*AP*TP*CP*AP*CP*AP*TP*TP*TP*TP*AP*GP*GP*CP*AP*AP*AP*AP*AP*G)-3')
ヘテロ分子

A: cAMP-activated global transcriptional regulator CRP
B: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
D: DNA (5'-D(*CP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*CP*CP*TP*AP*AP*AP*AP*TP*GP*TP*GP*AP*T)-3')
E: DNA (5'-D(*CP*TP*AP*GP*AP*TP*CP*AP*CP*AP*TP*TP*TP*TP*AP*GP*GP*CP*AP*AP*AP*AP*AP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,47010
ポリマ－92,8128
非ポリマー6582
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_657-x+y+1,y,-z+21
Buried area13570 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area40150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)176.312, 176.312, 158.493
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222

-
要素

#1: タンパク質 cAMP-activated global transcriptional regulator CRP / Catabolite activator protein / CAP / Catabolite gene activator / cAMP receptor protein / CRP / cAMP ...Catabolite activator protein / CAP / Catabolite gene activator / cAMP receptor protein / CRP / cAMP regulatory protein


分子量: 23541.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: crp, cap, csm, b3357, JW5702 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ACJ8
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / RNAP subunit alpha / RNA polymerase subunit alpha / Transcriptase subunit alpha


分子量: 9364.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: rpoA, pez, phs, sez, b3295, JW3257 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7Z4, DNA-directed RNA polymerase
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*CP*CP*TP*AP*AP*AP*AP*TP*GP*TP*GP*AP*T)-3')


分子量: 6113.976 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*TP*AP*GP*AP*TP*CP*AP*CP*AP*TP*TP*TP*TP*AP*GP*GP*CP*AP*AP*AP*AP*AP*G)-3')


分子量: 7385.819 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#5: 化合物 ChemComp-CMP / ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / CYCLIC AMP / CAMP


分子量: 329.206 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N5O6P

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 28% (w/v) PEG4000, 0.2 M ammonium acetate, 0.01 M sarcosine, 0.1 M sodium citrate, pH 5.6
PH範囲: 5.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 5.0098→50 Å / Num. obs: 6646 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 18.7 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 5.0098→5.18 Å / 冗長度: 19.2 % / Rmerge(I) obs: 0.733 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1LB2

1lb2


解像度: 5.0098→49.927 Å / SU ML: 0.6 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.94 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2141 663 10.02 %random
Rwork0.178 ---
obs0.1816 6615 99.41 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 5.0098→49.927 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2181 896 22 0 3099
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint function
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0133243
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.664573
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.0921286
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074526
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008425
X-RAY DIFFRACTIONphenix.refine reference_model3N4M used as reference model
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
5.0098-5.39620.31521270.23121145X-RAY DIFFRACTION99
5.3962-5.93850.24471300.21031176X-RAY DIFFRACTION100
5.9385-6.79590.24391310.17821173X-RAY DIFFRACTION100
6.7959-8.55520.18551320.17951190X-RAY DIFFRACTION100
8.5552-49.92940.19621430.1621268X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 108.1332 Å / Origin y: -53.8316 Å / Origin z: 148.3464 Å
111213212223313233
T2.3502 Å20.092 Å2-0.0495 Å2-2.0826 Å2-0.0298 Å2--2.0273 Å2
L4.29 °20.2151 °2-0.791 °2-1.9922 °2-0.1293 °2--2.7134 °2
S0.0012 Å °0.0454 Å °0.5036 Å °0.1287 Å °-0.0102 Å °-0.3672 Å °-0.0082 Å °0.4145 Å °0.0143 Å °
精密化 TLSグループSelection details: (all)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る