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- PDB-6zdp: Structure of telomerase from Candida Tropicalis in complexe with ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6zdp | ||||||
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Title | Structure of telomerase from Candida Tropicalis in complexe with TWJ fragment of telomeric RNA | ||||||
![]() |
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![]() | REPLICATION / Telomerase / catalytic core / RNA binding / telomere | ||||||
Function / homology | ![]() telomerase catalytic core complex / : / telomerase RNA binding / telomeric DNA binding / telomere maintenance via telomerase / RNA-directed DNA polymerase / chromosome, telomeric region / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhai, L. / Rety, S. / Chen, W.F. / Auguin, D. / Xi, X.G. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structures of N-terminally truncated telomerase reverse transcriptase from fungi‡. Authors: Zhai, L.T. / Rety, S. / Chen, W.F. / Song, Z.Y. / Auguin, D. / Sun, B. / Dou, S.X. / Xi, X.G. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 447 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 314.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 84867.031 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC MYA-3404 / T1 / Gene: CTRG_04008 Production host: ![]() ![]() References: UniProt: C5MCQ7, RNA-directed DNA polymerase | ||||
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#2: RNA chain | Mass: 22977.496 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() | ||||
#3: Chemical | ChemComp-K / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.09 Å3/Da / Density % sol: 60.16 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion / pH: 6.1 Details: 0.2M sodium citrate tribasic dihydrate 0.1M Bis-Tris propane 13% PEG 2000 MME |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 21, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97853 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.85→100.865 Å / Num. obs: 41766 / % possible obs: 93.6 % / Redundancy: 13.2 % / Biso Wilson estimate: 87.2 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.145 / Rpim(I) all: 0.059 / Rrim(I) all: 0.157 / Net I/σ(I): 13.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.85→2.952 Å / Rmerge(I) obs: 1.831 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 805 / CC1/2: 0.616 / Rpim(I) all: 0.75 / Rrim(I) all: 1.98 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 107.33 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.85→20.7 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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