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Yorodumi- PDB-6zdq: Structure of telomerase from Candida albicans in complexe with TW... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6zdq | ||||||
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Title | Structure of telomerase from Candida albicans in complexe with TWJ fragment of telomeric RNA | ||||||
Components |
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Keywords | REPLICATION / Telomerase / catalytic core / RNA binding / telomere | ||||||
Function / homology | Function and homology information telomerase catalytic core complex / : / telomere capping / telomerase holoenzyme complex / telomerase RNA binding / telomeric DNA binding / telomere maintenance via telomerase / RNA-directed DNA polymerase / chromosome, telomeric region / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Candida albicans SC5314 (yeast) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.98 Å | ||||||
Authors | Zhai, L. / Rety, S. / Chen, W.F. / Auguin, D. / Xi, X.G. | ||||||
Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2021 Title: Crystal structures of N-terminally truncated telomerase reverse transcriptase from fungi‡. Authors: Zhai, L.T. / Rety, S. / Chen, W.F. / Song, Z.Y. / Auguin, D. / Sun, B. / Dou, S.X. / Xi, X.G. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6zdq.cif.gz | 441 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6zdq.ent.gz | 301.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6zdq.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6zdq_validation.pdf.gz | 458.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6zdq_full_validation.pdf.gz | 472.8 KB | Display | |
Data in XML | 6zdq_validation.xml.gz | 26.5 KB | Display | |
Data in CIF | 6zdq_validation.cif.gz | 36 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zd/6zdq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zd/6zdq | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 81526.539 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Candida albicans SC5314 (yeast) / Gene: TERT, orf19.5089, CAALFM_C108130CA Production host: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (bacteria) References: UniProt: A0A1D8PEA0, RNA-directed DNA polymerase |
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#2: RNA chain | Mass: 21025.496 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Candida albicans SC5314 (yeast) |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.03 Å3/Da / Density % sol: 59.35 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion / pH: 7.5 Details: 0.2 M sodium citrate tribasic dihydrate 0.1 M Bis-Tris propane (pH 7.5) 17% PEG2000-MME |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL19U1 / Wavelength: 0.97852 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 9, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97852 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.98→31.45 Å / Num. obs: 25498 / % possible obs: 93.64 % / Redundancy: 12.6 % / Biso Wilson estimate: 98.81 Å2 / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.0687 / Rpim(I) all: 0.0206 / Rrim(I) all: 0.07182 / Net I/σ(I): 26.31 |
Reflection shell | Resolution: 2.984→3.091 Å / Redundancy: 12.4 % / Rmerge(I) obs: 1.03 / Mean I/σ(I) obs: 2.68 / Num. unique obs: 2662 / CC1/2: 0.937 / CC star: 0.984 / Rpim(I) all: 0.3029 / Rrim(I) all: 1.074 / % possible all: 99.44 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.98→31.45 Å / SU ML: 0.522 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 36.2195 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 129.14 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.98→31.45 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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