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- PDB-6g7w: Crystal structure of NHL repeat containing domain of human NHLRC2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6g7w
タイトルCrystal structure of NHL repeat containing domain of human NHLRC2
要素NHL repeat-containing protein 2
キーワードUNKNOWN FUNCTION / NHL repeat containing / structural domain / protein binding
機能・相同性
機能・相同性情報


platelet alpha granule lumen / Platelet degranulation / extracellular region / cytosol
類似検索 - 分子機能
NHL2, NHL repeat domain / Thioredoxin-like / NHL repeat profile. / NHL repeat / NHL repeat / Thioredoxin-like fold / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NHL repeat-containing protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.746 Å
データ登録者Biterova, E. / Uusimaa, J. / Hinttala, R. / Ruddock, L.W.
資金援助 フィンランド, 4件
組織認可番号国
Academy of Finland266457 フィンランド
Academy of Finland272573 フィンランド
Academy of Finland266498 フィンランド
Academy of Finland303996 フィンランド
引用ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2018
タイトル: Structural analysis of human NHLRC2, mutations of which are associated with FINCA disease.
著者: Biterova, E. / Ignatyev, A. / Uusimaa, J. / Hinttala, R. / Ruddock, L.W.
履歴
登録2018年4月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NHL repeat-containing protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1111
ポリマ－39,1111
非ポリマー00
水5,765320
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area13560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.631, 46.491, 70.302
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.900, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 NHL repeat-containing protein 2


分子量: 39110.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NHLRC2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8NBF2
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 320 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.62 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M Li2SO4, 0.1 M BisTris pH 5.5, 25% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.42→46.331 Å / Num. obs: 42106 / % possible obs: 67.5 % / 冗長度: 2.917 % / Biso Wilson estimate: 17.23 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rrim(I) all: 0.058 / Χ2: 1.036 / Net I/σ(I): 12.73
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.42-1.461.5581.0250.452600.3261.4395.7
1.46-1.51.8450.8140.677010.3321.12615.7
1.5-1.541.9080.6030.9210950.5090.83225.3
1.54-1.592.0540.4921.215570.6640.66436.6
1.59-1.642.2130.431.5618480.7370.56845.1
1.64-1.72.460.3442.1222050.8090.44155.9
1.7-1.772.6450.2762.8526400.8970.34669
1.77-1.842.9060.2094.0732480.9440.25688.5
1.84-1.923.1580.1565.9534630.9690.18898.1
1.92-2.013.0950.1197.7433500.980.14498
2.01-2.1230.0999.5830580.9860.12195.8
2.12-2.253.180.08311.8130030.9910.09998.5
2.25-2.413.1550.06914.0628240.9930.08398.4
2.41-2.63.110.06115.7926090.9940.07497.1
2.6-2.853.2830.0519.5924270.9960.0699.1
2.85-3.183.2210.03825.5822100.9980.04598.8
3.18-3.673.1960.02933.1719350.9980.03597.2
3.67-4.53.2080.02438.6116700.9990.02998.9
4.5-6.363.1540.02339.2212820.9990.02797.3
6.36-46.3312.9990.02240.457210.9990.02695.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.746→46.331 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.37
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1892 1630 5 %
Rwork0.1548 --
obs0.1565 32600 96.08 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 82.88 Å2 / Biso mean: 21.8647 Å2 / Biso min: 8.52 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.746→46.331 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2651 0 0 320 2971
Biso mean---30.45 -
残基数----349
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7459-1.79720.27321100.22442081219178
1.7972-1.85520.22831340.20262546268095
1.8552-1.92160.23561370.16172599273699
1.9216-1.99850.22731380.15992630276898
1.9985-2.08940.19331360.15672578271497
2.0894-2.19960.21691370.16282616275397
2.1996-2.33740.22251380.16232619275798
2.3374-2.51790.22791390.16382641278098
2.5179-2.77120.22971390.17322629276898
2.7712-3.17210.20391400.1642662280299
3.1721-3.99620.15511390.14112654279398
3.9962-46.34690.12531430.12392715285897
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0346-0.8137-0.69692.12030.43133.86210.0320.1366-0.0587-0.10540.0131-0.0070.0520.0934-0.03240.0838-0.0067-0.00570.09670.0060.116824.848628.3134.6399
22.53990.3376-0.61531.4587-0.77372.40680.00090.15750.0656-0.05440.05870.06050.0208-0.1817-0.05170.08570.0039-0.01730.104-0.00220.09718.60727.13029.095
32.8322-0.24640.2380.8355-0.25682.54390.0221-0.1099-0.28240.010.02420.06710.1581-0.171-0.04750.1343-0.02270.01230.11930.00840.14679.023914.700822.2819
41.98150.3499-0.83040.7959-0.4221.24870.0164-0.2314-0.08790.0657-0.075-0.08730.0240.15170.06390.1229-0.0009-0.0260.12360.01280.117329.4621.335222.2983
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 220 through 262 )A220 - 262
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 263 through 370 )A263 - 370
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 371 through 451 )A371 - 451
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 452 through 572 )A452 - 572

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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