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- PDB-6gbo: Crystal Structure of the oligomerization domain of Vp35 from Ebol... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gbo
タイトルCrystal Structure of the oligomerization domain of Vp35 from Ebola virus
要素Polymerase cofactor VP35
キーワードVIRAL PROTEIN / coiled-coil
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host defenses / symbiont-mediated suppression of host RNAi-mediated antiviral immune response / negative regulation of miRNA-mediated gene silencing / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IKBKE activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF7 activity / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / positive regulation of protein sumoylation / viral transcription / molecular sequestering activity / viral genome replication ...symbiont-mediated suppression of host defenses / symbiont-mediated suppression of host RNAi-mediated antiviral immune response / negative regulation of miRNA-mediated gene silencing / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IKBKE activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF7 activity / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / positive regulation of protein sumoylation / viral transcription / molecular sequestering activity / viral genome replication / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / viral nucleocapsid / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of gene expression / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain, beta-sheet subdomain / Filoviridae VP35 protein / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain, helical subdomain / Filoviridae VP35 / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Polymerase cofactor VP35
類似検索 - 構成要素
生物種Ebola virus (エボラウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Zinzula, L. / Nagy, I. / Orsini, M. / Weyher-Stingl, E. / Baumeister, W. / Bracher, A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2019
タイトル: Structures of Ebola and Reston Virus VP35 Oligomerization Domains and Comparative Biophysical Characterization in All Ebolavirus Species.
著者: Zinzula, L. / Nagy, I. / Orsini, M. / Weyher-Stingl, E. / Bracher, A. / Baumeister, W.
履歴
登録2018年4月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月12日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / entity
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _entity.formula_weight
改定 1.22019年1月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polymerase cofactor VP35
B: Polymerase cofactor VP35
C: Polymerase cofactor VP35
D: Polymerase cofactor VP35
E: Polymerase cofactor VP35
F: Polymerase cofactor VP35
G: Polymerase cofactor VP35
H: Polymerase cofactor VP35
I: Polymerase cofactor VP35
J: Polymerase cofactor VP35
K: Polymerase cofactor VP35
L: Polymerase cofactor VP35


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,23312
ポリマ－99,23312
非ポリマー00
水3,117173
1
A: Polymerase cofactor VP35
B: Polymerase cofactor VP35
C: Polymerase cofactor VP35
D: Polymerase cofactor VP35
E: Polymerase cofactor VP35
F: Polymerase cofactor VP35


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6166
ポリマ－49,6166
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19730 Å2
ΔGint-207 kcal/mol
Surface area21450 Å2
手法PISA
2
G: Polymerase cofactor VP35
H: Polymerase cofactor VP35
I: Polymerase cofactor VP35
J: Polymerase cofactor VP35
K: Polymerase cofactor VP35
L: Polymerase cofactor VP35


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6166
ポリマ－49,6166
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19240 Å2
ΔGint-201 kcal/mol
Surface area21590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.782, 98.907, 185.069
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Polymerase cofactor VP35


分子量: 8269.400 Da / 分子数: 12 / 断片: oligomerization domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ebola virus (エボラウイルス) / 遺伝子: VP35 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q05127
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.18 % / Mosaicity: 0.08 °
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 50 mM HEPES-NaOH pH 7.5, 2.5 M Na-acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.008 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.008 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→49.45 Å / Num. obs: 69399 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 35 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.112 / Net I/σ(I): 16 / Num. measured all: 902583
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 98.9

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all
2.1-2.1512.41.63343580.5580.4771.703
10.06-49.4510.90.0327350.9990.010.034

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.573
最高解像度最低解像度
Rotation47.78 Å3 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSVERSION Oct 15, 2015データ削減
Aimless0.1.27データスケーリング
MOLREP11.2.08位相決定
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6GBP

6gbp


解像度: 2.1→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 10.357 / SU ML: 0.132 / SU R Cruickshank DPI: 0.1899 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.19 / ESU R Free: 0.167
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2424 3501 5.1 %RANDOM
Rwork0.2107 ---
obs0.2123 65799 99.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 150 Å2 / Biso mean: 56.177 Å2 / Biso min: 25.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.79 Å2-0 Å20 Å2
2---0.55 Å2-0 Å2
3----1.24 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6669 0 0 173 6842
Biso mean---46 -
残基数----852
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0196758
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026555
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0771.9549158
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.737315072
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.2435840
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.14425.418299
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.386151241
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.1191524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0580.21128
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.027546
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021456
LS精密化 シェル解像度: 2.098→2.152 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 276 -
Rwork0.294 4713 -
all-4989 -
obs--98.75 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1389-1.0572-2.12392.26142.95255.3549-0.1420.2056-0.14190.0446-0.16470.18470.5408-0.09270.30670.23840.06560.0070.2350.00340.245551.201116.1283-21.0985
20.7878-0.7163-0.74374.40353.99015.2593-0.01350.1979-0.1162-0.2848-0.0328-0.05430.23120.03550.04640.21320.04210.06550.1958-0.01360.289854.205916.3054-22.378
30.4779-0.0034-0.12112.84834.70459.8703-0.0010.1513-0.0336-0.37250.0607-0.0821-0.35510.0989-0.05970.20310.08120.01320.226-0.01380.317658.679115.581-25.0807
41.18641.95691.42069.70075.9134.8855-0.0072-0.07570.11510.2181-0.25530.40860.0613-0.2130.26250.0284-0.00050.0630.12480.01080.201238.542349.81277.3449
51.6448-2.4013-1.6366.14393.80054.0723-0.0951-0.16820.13950.47650.15580.00760.15190.1357-0.06070.077-0.05110.02250.1409-0.00990.240843.90444.16959.5273
60.95590.07610.10765.25634.82696.6482-0.0079-0.07470.02240.3041-0.07610.0978-0.0114-0.13720.0840.06510.01790.04470.07970.04530.20442.336546.64598.3988
71.44451.24632.21673.00932.92396.2063-0.0678-0.24750.14350.2294-0.08750.0507-0.31240.12450.15520.1141-0.0290.03280.18680.00250.203758.563480.082719.3925
80.88330.39580.42825.48355.24097.27740.0151-0.2080.04290.36480.161-0.2182-0.13940.2871-0.17610.131-0.0283-0.03760.14630.05450.218460.239878.534922.373
90.7809-0.7049-1.45073.98745.802310.56790.0238-0.1740.03930.5030.1507-0.16970.29470.2008-0.17450.184-0.0133-0.02270.18750.03570.261764.093677.400826.58
100.76120.01350.01098.39494.76783.72060.0450.101-0.0773-0.3419-0.17390.1083-0.0168-0.19990.12890.05130.0043-0.01420.15360.0180.151543.021953.1518-12.4016
111.97752.51.97865.17444.06444.6584-0.11420.2059-0.162-0.36630.1759-0.03940.01380.103-0.06170.10090.0170.00450.11480.03340.226750.594155.5098-11.5884
120.97790.21170.18175.77164.91266.0411-0.09650.2076-0.0865-0.41220.07680.0196-0.06110.02450.01970.0857-0.04410.00380.10610.02980.176647.602254.0694-11.3779
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A81 - 153
2X-RAY DIFFRACTION2B81 - 153
3X-RAY DIFFRACTION3C81 - 147
4X-RAY DIFFRACTION4D81 - 149
5X-RAY DIFFRACTION5E81 - 153
6X-RAY DIFFRACTION6F81 - 153
7X-RAY DIFFRACTION7G82 - 153
8X-RAY DIFFRACTION8H82 - 153
9X-RAY DIFFRACTION9I82 - 147
10X-RAY DIFFRACTION10J81 - 150
11X-RAY DIFFRACTION11K82 - 153
12X-RAY DIFFRACTION12L82 - 153

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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