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- PDB-6gbm: Solution structure of FUS-RRM bound to stem-loop RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gbm
タイトルSolution structure of FUS-RRM bound to stem-loop RNA
要素
  • RNA (5'-R(*GP*GP*CP*AP*GP*AP*UP*UP*AP*CP*AP*AP*UP*UP*CP*UP*AP*UP*UP*UP*GP*CP*C)-3')
  • RNA-binding protein FUS
キーワードRNA BINDING PROTEIN / RNA / RNA recognition motif / RRM
機能・相同性
機能・相同性情報


membraneless organelle assembly / mRNA stabilization / intracellular membraneless organelle / regulation of RNA splicing / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / postsynaptic cytosol / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / presynaptic cytosol / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing ...membraneless organelle assembly / mRNA stabilization / intracellular membraneless organelle / regulation of RNA splicing / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / postsynaptic cytosol / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / presynaptic cytosol / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / mRNA 3'-UTR binding / transcription coregulator activity / molecular condensate scaffold activity / GABA-ergic synapse / protein homooligomerization / amyloid fibril formation / transcription coactivator activity / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / regulation of DNA-templated transcription / glutamatergic synapse / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
TAF15/EWS/TLS family / Zinc finger domain / Zn-finger in Ran binding protein and others / Zinc finger RanBP2 type profile. / Zinc finger, RanBP2-type superfamily / Zinc finger RanBP2-type signature. / Zinc finger, RanBP2-type / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif ...TAF15/EWS/TLS family / Zinc finger domain / Zn-finger in Ran binding protein and others / Zinc finger RanBP2 type profile. / Zinc finger, RanBP2-type superfamily / Zinc finger RanBP2-type signature. / Zinc finger, RanBP2-type / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA-binding protein FUS
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Loughlin, F.E. / Allain, F.H.-T.
引用ジャーナル: Mol. Cell / 年: 2019
タイトル: The Solution Structure of FUS Bound to RNA Reveals a Bipartite Mode of RNA Recognition with Both Sequence and Shape Specificity.
著者: Loughlin, F.E. / Lukavsky, P.J. / Kazeeva, T. / Reber, S. / Hock, E.M. / Colombo, M. / Von Schroetter, C. / Pauli, P. / Clery, A. / Muhlemann, O. / Polymenidou, M. / Ruepp, M.D. / Allain, F.H.
履歴
登録2018年4月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: RNA-binding protein FUS
A: RNA (5'-R(*GP*GP*CP*AP*GP*AP*UP*UP*AP*CP*AP*AP*UP*UP*CP*UP*AP*UP*UP*UP*GP*CP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5762
ポリマ－18,5762
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area2240 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area9490 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 500structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 RNA-binding protein FUS / 75 kDa DNA-pairing protein / Oncogene FUS / Oncogene TLS / POMp75 / Translocated in liposarcoma protein


分子量: 11289.521 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FUS, TLS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P35637
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*GP*CP*AP*GP*AP*UP*UP*AP*CP*AP*AP*UP*UP*CP*UP*AP*UP*UP*UP*GP*CP*C)-3')


分子量: 7286.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic23D 1H-13C NOESY aromatic
121isotropic13D 1H-15N NOESY
131isotropic23D 1H-13C NOESY aliphatic
144isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
154isotropic23D 1H-13C NOESY aromatic
165isotropic12D 1H-1H NOESY
173isotropic22D 1H-15N HSQC
181isotropic12D 1H-15N HSQC
192isotropic22D 1H-13C HSQC
1104isotropic12D 1H-13C HSQC
NMR実験の詳細Text: NULL

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] FUS-RRM, 0.8 mM [U-99% 15N] RNA stem loop, 20 mM sodium phosphate, 1 mM beta-mercaptoethanol, 90% H2O/10% D2O13C15NRRM_SL_H2O90% H2O/10% D2O
solution20.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] FUS-RRM, 0.8 mM [U-99% 15N] stem-loop RNA, 20 mM sodium phosphate, 1 mM beta-mercaptoethanol, 100% D2O13C15NRRM_SL_D2O100% D2O
solution31 mM [U-99% 15N] FUS-RRM, 0.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] stem-loop RNA, 20 mM sodium phosphate, 1 mM beta-mercaptoethanol, 90% H2O/10% D2O13C15NRNA_RRM_H2O90% H2O/10% D2O
solution41.0 mM [U-99% 15N] FUS-RRM, 0.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] stem-loop RNA, 20 mM sodium phosphate, 1 mM beta-mercaptoethanol, 100% D2O13C15NRNA_RRM_D2O100% D2O
solution51.0 mM [U-99% 15N] FUS-RRM, 1.0 mM [U-99% 15N] stem-loop RNA, 20 mM sodium phosphate, 1 mM beta-mercaptoethanol, 100% D2O15NRRM_SL_D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.8 mMFUS-RRM[U-99% 13C; U-99% 15N]1
0.8 mMRNA stem loop[U-99% 15N]1
20 mMsodium phosphatenatural abundance1
1 mMbeta-mercaptoethanolnatural abundance1
0.8 mMFUS-RRM[U-99% 13C; U-99% 15N]2
0.8 mMstem-loop RNA[U-99% 15N]2
20 mMsodium phosphatenatural abundance2
1 mMbeta-mercaptoethanolnatural abundance2
1 mMFUS-RRM[U-99% 15N]3
0.8 mMstem-loop RNA[U-99% 13C; U-99% 15N]3
20 mMsodium phosphatenatural abundance3
1 mMbeta-mercaptoethanolnatural abundance3
1.0 mMFUS-RRM[U-99% 15N]4
0.8 mMstem-loop RNA[U-99% 13C; U-99% 15N]4
20 mMsodium phosphatenatural abundance4
1 mMbeta-mercaptoethanolnatural abundance4
1.0 mMFUS-RRM[U-99% 15N]5
1.0 mMstem-loop RNA[U-99% 15N]5
20 mMsodium phosphatenatural abundance5
1 mMbeta-mercaptoethanolnatural abundance5
試料状態イオン強度: 20 mM / Label: 303K / pH: 6.5 / 圧: AMBIENT Pa / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE9001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III7002

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解析

NMR software
名称開発者分類
AmberCase, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
SparkyGoddardデータ解析
CANDIDHerrmann, Guntert and Wuthrichpeak picking
TopSpinBruker Biospin解析
TopSpinBruker Biospincollection
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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