[日本語] English
万見
- PDB-6gba: A fast recovering full-length LOV protein (DsLOV) from the marine... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gba
タイトルA fast recovering full-length LOV protein (DsLOV) from the marine phototrophic bacterium Dinoroseobacter shibae (Dark state) - M49A mutant
要素Putative blue-light photoreceptor
キーワードSIGNALING PROTEIN / LIGHT-OXYGEN-VOLTAGE / LOV / PAS
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAS domain / Beta-Lactamase / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Putative blue-light photoreceptor
類似検索 - 構成要素
生物種Dinoroseobacter shibae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Granzin, J. / Batra-Safferling, R. / Roellen, K.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Mechanistic Basis of the Fast Dark Recovery of the Short LOV Protein DsLOV from Dinoroseobacter shibae.
著者: Fettweiss, T. / Rollen, K. / Granzin, J. / Reiners, O. / Endres, S. / Drepper, T. / Willbold, D. / Jaeger, K.E. / Batra-Safferling, R. / Krauss, U.
履歴
登録2018年4月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Putative blue-light photoreceptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2572
ポリマ－16,8011
非ポリマー4561
水91951
1
A: Putative blue-light photoreceptor
ヘテロ分子

A: Putative blue-light photoreceptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5144
ポリマ－33,6022
非ポリマー9132
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_554-x,y,-z-11
Buried area3550 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area11620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.880, 30.931, 49.132
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.93, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Putative blue-light photoreceptor


分子量: 16800.803 Da / 分子数: 1 / 変異: M49A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: C-terminal hexa-histidine-tagged fusion proteins (tag sequence: LEHHHHHH) in E. coli BL21(DE3)
由来: (組換発現) Dinoroseobacter shibae (strain DSM 16493 / NCIMB 14021 / DFL 12) (バクテリア)
遺伝子: Dshi_2006
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A8LP63
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.57 %
結晶化温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl, 30 % PEG 6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→45.25 Å / Num. obs: 9733 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 27.48 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rrim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.651 / Num. unique obs: 627 / CC1/2: 0.878 / Rrim(I) all: 0.746 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4KUK

4kuk


解像度: 1.9→28.974 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 27.35
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2176 481 4.95 %
Rwork0.1774 --
obs0.1796 9724 96.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.5 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→28.974 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数918 0 31 51 1000
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006977
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8331338
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.278580
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054149
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007175
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9002-2.04680.2678880.21971846X-RAY DIFFRACTION97
2.0468-2.25270.226850.19491858X-RAY DIFFRACTION98
2.2527-2.57860.24481050.21261828X-RAY DIFFRACTION97
2.5786-3.2480.2515830.19051784X-RAY DIFFRACTION93
3.248-28.97780.19121200.15041927X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.67931.7753.48354.3014-0.86675.22430.128-0.21550.8116-0.12740.14520.7196-1.2394-0.1218-0.15350.48320.00470.01870.397-0.11920.565211.891610.8176-15.4832
24.33351.85392.60463.8660.39233.96150.00270.3384-0.0303-0.28150.091-0.05560.17410.306-0.09410.2444-0.00870.04660.317-0.04060.206317.43551.0341-10.2064
32.8244-0.60760.34381.1610.04722.540.0465-0.0702-0.4730.03490.02780.02930.33780.2304-0.06180.22450.02690.01820.17010.00810.239410.3665-6.4999-1.9174
42.73750.82330.14511.08610.3411.4498-0.10690.29870.1233-0.04250.07880.0469-0.09220.07080.0910.17790.0039-0.01370.2372-0.00990.20149.34661.88-1.3832
52.7605-0.28660.77822.5001-0.19235.3179-0.09730.33880.3352-0.43630.01370.40160.0023-0.35050.15480.2176-0.0648-0.01930.40710.04110.26535.40322.4698-12.7777
63.8612.24081.9877.2268-1.26342.9294-0.08730.1267-1.0667-0.7046-0.2997-0.21631.70850.30470.35340.438-0.030.08110.2892-0.1020.39310.2783-4.3137-4.4245
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 20 through 35 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 36 through 66 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 67 through 94 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 95 through 122 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 123 through 139 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 500 through 500 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る