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万見
- PDB-6gb1: Crystal structure of the GLP1 receptor ECD with Peptide 11 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gb1
タイトルCrystal structure of the GLP1 receptor ECD with Peptide 11
要素
  • Glucagon-like peptide 1 receptor
  • Peptide 11
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / Glucagon-like Peptide 1 Protein-Peptide complex Incretins Diabetes drug discovery
機能・相同性
機能・相同性情報


glucagon-like peptide 1 receptor activity / glucagon receptor activity / positive regulation of blood pressure / hormone secretion / post-translational protein targeting to membrane, translocation / response to psychosocial stress / regulation of heart contraction / peptide hormone binding / activation of adenylate cyclase activity / negative regulation of blood pressure ...glucagon-like peptide 1 receptor activity / glucagon receptor activity / positive regulation of blood pressure / hormone secretion / post-translational protein targeting to membrane, translocation / response to psychosocial stress / regulation of heart contraction / peptide hormone binding / activation of adenylate cyclase activity / negative regulation of blood pressure / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Glucagon-type ligand receptors / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / transmembrane signaling receptor activity / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (s) signalling events / learning or memory / cell surface receptor signaling pathway / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / Hormone receptor fold / GPCR, family 2, glucagon-like peptide-1 receptor / : / GPCR, family 2, glucagon-like peptide-1/glucagon receptor / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / : / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors ...GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / Hormone receptor fold / GPCR, family 2, glucagon-like peptide-1 receptor / : / GPCR, family 2, glucagon-like peptide-1/glucagon receptor / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / : / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / Hormone receptor domain / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. / GPCR, family 2, secretin-like, conserved site / GPCR, family 2, secretin-like / 7 transmembrane receptor (Secretin family) / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
HEXANE-1,6-DIOL / Glucagon-like peptide 1 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.73 Å
データ登録者Schreuder, H.A. / Liesum, A.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Dual Glucagon-like Peptide 1 (GLP-1)/Glucagon Receptor Agonists Specifically Optimized for Multidose Formulations.
著者: Evers, A. / Bossart, M. / Pfeiffer-Marek, S. / Elvert, R. / Schreuder, H. / Kurz, M. / Stengelin, S. / Lorenz, M. / Herling, A. / Konkar, A. / Lukasczyk, U. / Pfenninger, A. / Lorenz, K. / ...著者: Evers, A. / Bossart, M. / Pfeiffer-Marek, S. / Elvert, R. / Schreuder, H. / Kurz, M. / Stengelin, S. / Lorenz, M. / Herling, A. / Konkar, A. / Lukasczyk, U. / Pfenninger, A. / Lorenz, K. / Haack, T. / Kadereit, D. / Wagner, M.
履歴
登録2018年4月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucagon-like peptide 1 receptor
B: Peptide 11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5066
ポリマ－18,0772
非ポリマー4284
水75742
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2500 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area8540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.550, 55.550, 138.830
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-331-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Glucagon-like peptide 1 receptor / GLP-1R


分子量: 14833.366 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GLP1R / プラスミド: pD14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P43220
#2: タンパク質・ペプチド Peptide 11


分子量: 3243.687 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: N-terminally truncated Dual Glucagon-like Peptide 1 (GLP-1)/Glucagon Receptor Agonist
由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-HEZ / HEXANE-1,6-DIOL / 1,6-ヘキサンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.02 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: A 6-fold excess of peptide 11 was dissolved in a solution of 12 mg/ml GLP1R-ECD in 10 mM Tris buffer pH 7.5, 100 mM NaSulfate and 2% glycerol. 100 nl of this protein solution plus 100 nl ...詳細: A 6-fold excess of peptide 11 was dissolved in a solution of 12 mg/ml GLP1R-ECD in 10 mM Tris buffer pH 7.5, 100 mM NaSulfate and 2% glycerol. 100 nl of this protein solution plus 100 nl reservoir solution were equilibrated against reservoir solution consisting of 10 mM CoCl2, 9.4 % (v/v) 1,6-hexanediol and 100 mM NaAcetate, pH 4.8. Crystals appeared after about one week.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99992 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99992 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.73→51.57 Å / Num. obs: 6336 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12 % / Biso Wilson estimate: 95.53 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 22
反射 シェル解像度: 2.73→2.87 Å / 冗長度: 12.8 % / Rmerge(I) obs: 1.096 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Rsym value: 1.096 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
XDS(VERSION November 3データ削減
autoPROC(Version 1.1.6)データスケーリング
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3c59

3c59


解像度: 2.73→51.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU R Cruickshank DPI: 0.478 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.615 / SU Rfree Blow DPI: 0.32 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.308
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 308 4.91 %RANDOM
Rwork0.205 ---
obs0.208 6273 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 83.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.7569 Å20 Å20 Å2
2--9.7569 Å20 Å2
3----19.5139 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.35 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.73→51.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1075 0 33 42 1150
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011167HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.181597HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d374SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes28HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes166HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1167HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.36
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion22.38
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion137SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies2HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1275SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.73→3.05 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3134 -5.49 %
Rwork0.2439 1636 -
all0.2477 1731 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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