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万見
- PDB-6ge2: exendin-4 based dual GLP-1/glucagon receptor agonist -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ge2
タイトルexendin-4 based dual GLP-1/glucagon receptor agonist
要素Exendin-4
キーワードHORMONE (ホルモン)
機能・相同性
機能・相同性情報


hormone activity / 血圧 / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Glucagon/GIP/secretin/VIP / ペプチドホルモン / Glucagon / GIP / secretin / VIP family signature. / Glucagon like hormones
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EVT / Exendin-4
類似検索 - 構成要素
生物種Heloderma suspectum (アメリカドクトカゲ)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Evers, A. / Kurz, M.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Dual Glucagon-like Peptide 1 (GLP-1)/Glucagon Receptor Agonists Specifically Optimized for Multidose Formulations.
著者: Evers, A. / Bossart, M. / Pfeiffer-Marek, S. / Elvert, R. / Schreuder, H. / Kurz, M. / Stengelin, S. / Lorenz, M. / Herling, A. / Konkar, A. / Lukasczyk, U. / Pfenninger, A. / Lorenz, K. / ...著者: Evers, A. / Bossart, M. / Pfeiffer-Marek, S. / Elvert, R. / Schreuder, H. / Kurz, M. / Stengelin, S. / Lorenz, M. / Herling, A. / Konkar, A. / Lukasczyk, U. / Pfenninger, A. / Lorenz, K. / Haack, T. / Kadereit, D. / Wagner, M.
履歴
登録2018年4月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Exendin-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,7962
ポリマ－4,2811
非ポリマー5151
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area120 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area3870 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 20structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Exendin-4


分子量: 4280.880 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Heloderma suspectum (アメリカドクトカゲ)
参照: UniProt: P26349
#2: 化合物 ChemComp-EVT / (2~{S})-2-[[(4~{S})-4-(hexadecanoylamino)-5-oxidanyl-5-oxidanylidene-pentanoyl]amino]pentanedioic acid


分子量: 514.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H46N2O8

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H COSY
121isotropic12D 1H-1H TOCSY
131isotropic12D 1H-1H NOESY
141isotropic22D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細タイプ: solution / 内容: 5 mg/mL Peptide 12, trifluoroethanol/water / Label: Model 1 / 溶媒系: trifluoroethanol/water
試料濃度: 5 mg/mL / 構成要素: Peptide 12 / Isotopic labeling: none
試料状態イオン強度: 35mM sodium phosphate M / Ionic strength err: 0.2 / Label: conditions_1 / pH: 5.0 / PH err: 0.05 / 圧: 1 Pa / Pressure err: 0.01 / 温度: 310 K / Temperature err: 0.2

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker 1Bruker17001AVANCE I
Bruker 2Bruker25002AVANCE II

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin3.2Bruker Biospinchemical shift assignment
SYBYL2.1.1Triposstructure calculation
CARA1.8.4.2Keller and Wuthrichchemical shift assignment
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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