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万見
- PDB-6g9c: Crystal structure of immunomodulatory active chitinase from Trich... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6g9c
タイトルCrystal structure of immunomodulatory active chitinase from Trichuris suis, TsES1
要素Immunomodulatory active chitinase
キーワードHYDROLASE / TsES1 / immunomodulatory potential / chitinase / Eukaryotic protein expression / LEXSY / secretion / dimer / intramolecular disulphide bridge / Trichuris suis
機能・相同性
機能・相同性情報


chitinase activity / chitin catabolic process / chitin binding / carbohydrate metabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Chitin-binding domain type 2 / Chitin binding domain / Chitin binding Peritrophin-A domain / Chitin-binding type-2 domain profile. / Chitin binding domain superfamily / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / : / Chitinase insertion domain superfamily / Chitinase II ...Chitin-binding domain type 2 / Chitin binding domain / Chitin binding Peritrophin-A domain / Chitin-binding type-2 domain profile. / Chitin binding domain superfamily / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / : / Chitinase insertion domain superfamily / Chitinase II / Glyco_18 / Glycosyl hydrolases family 18 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Trichuris suis (豚鞭虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.74 Å
データ登録者Malecki, P.H. / Balster, K. / Hartmann, S. / Weiss, M.S. / Heinemann, U.
引用ジャーナル: J Immunol Res / 年: 2021
タイトル: A Helminth-Derived Chitinase Structurally Similar to Mammalian Chitinase Displays Immunomodulatory Properties in Inflammatory Lung Disease.
著者: Ebner, F. / Lindner, K. / Janek, K. / Niewienda, A. / Malecki, P.H. / Weiss, M.S. / Sutherland, T.E. / Heuser, A. / Kuhl, A.A. / Zentek, J. / Hofmann, A. / Hartmann, S.
履歴
登録2018年4月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Immunomodulatory active chitinase
B: Immunomodulatory active chitinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,77413
ポリマ－111,0912
非ポリマー68311
水8,953497
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3160 Å2
ΔGint26 kcal/mol
Surface area28290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)196.083, 52.613, 93.450
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.790, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Immunomodulatory active chitinase


分子量: 55545.691 Da / 分子数: 2 / 断片: TsES1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Trichuris suis (豚鞭虫) / 遺伝子: M513_10624 / 発現宿主: Leishmania tarentolae (真核生物) / 参照: UniProt: A0A085LU44
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 497 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5
詳細: 100mM Bis_Tris, 200mM Ammonium sulfate, 25% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月3日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.74→46.41 Å / Num. obs: 92411 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 30.29 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.093 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.74-1.775.42.42745060.3221.1292.68599.3
9.53-46.415.20.0246220.9980.0110.02698.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.6.2データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5hbf

5hbf


解像度: 1.74→46.115 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.69
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2049 1997 2.16 %
Rwork0.1751 --
obs0.1757 92304 99.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 103.91 Å2 / Biso mean: 40.1235 Å2 / Biso min: 20.51 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.74→46.115 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5924 0 44 517 6485
Biso mean--47.33 47.23 -
残基数----736
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.74-1.78350.3951410.38656354649599
1.7835-1.83180.32791400.3356388652899
1.8318-1.88570.3341440.291864456589100
1.8857-1.94650.28981410.2576420656199
1.9465-2.01610.25471420.240864036545100
2.0161-2.09680.27581420.21946430657299
2.0968-2.19230.2521430.18766439658299
2.1923-2.30780.2061410.176764296570100
2.3078-2.45240.22051430.17436445658899
2.4524-2.64170.19741420.17316436657899
2.6417-2.90760.20281440.16766498664299
2.9076-3.32820.1981440.170864906634100
3.3282-4.19270.16831420.14436456659898
4.1927-46.13090.17271480.14666674682299
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.0407-0.8119-1.20081.12840.39551.88910.0067-0.084-0.07640.0717-0.0017-0.0442-0.07810.0715-0.00690.1961-0.0001-0.01070.17340.00610.18168.041139.86245.8527
21.63790.13531.09011.09470.39882.8778-0.02450.0717-0.0055-0.00680.0548-0.15580.02540.3685-0.03190.24970.02870.00440.2499-0.01330.210682.653515.9254-36.8
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resseq 42:399)A42 - 399
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resseq 42:399)B42 - 399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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