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- PDB-6g83: Crystal structure of M. tuberculosis DprE1 in complex with sPBTZ1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6g83
タイトルCrystal structure of M. tuberculosis DprE1 in complex with sPBTZ169 (sulfonylPBTZ)
要素Decaprenylphosphoryl-beta-D-ribose oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / DprE1 / M. tuberculosis / inhibitor / complex / BTZ
機能・相同性
機能・相同性情報


arabinan biosynthetic process / cell wall polysaccharide biosynthetic process / decaprenylphospho-beta-D-ribofuranose 2-dehydrogenase / D-arabinono-1,4-lactone oxidase activity / capsule polysaccharide biosynthetic process / FAD binding / cell wall organization / periplasmic space / oxidoreductase activity / response to antibiotic ...arabinan biosynthetic process / cell wall polysaccharide biosynthetic process / decaprenylphospho-beta-D-ribofuranose 2-dehydrogenase / D-arabinono-1,4-lactone oxidase activity / capsule polysaccharide biosynthetic process / FAD binding / cell wall organization / periplasmic space / oxidoreductase activity / response to antibiotic / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
D-arabinono-1,4-lactone oxidase, C-terminal domain / D-arabinono-1,4-lactone oxidase / L-gulonolactone/D-arabinono-1,4-lactone oxidase / FAD linked oxidase, N-terminal / FAD binding domain / FAD-binding domain, PCMH-type / PCMH-type FAD-binding domain profile. / FAD-binding, type PCMH, subdomain 2 / FAD-binding, type PCMH-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EQ8 / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Decaprenylphosphoryl-beta-D-ribose oxidase / Decaprenylphosphoryl-beta-D-ribose oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Piton, J. / Makarov, V. / Cole, S.T.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
European Union260872 スイス
引用ジャーナル: Antimicrob. Agents Chemother. / 年: 2018
タイトル: Structure-Based Drug Design and Characterization of Sulfonyl-Piperazine Benzothiazinone Inhibitors of DprE1 from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Piton, J. / Vocat, A. / Lupien, A. / Foo, C.S. / Riabova, O. / Makarov, V. / Cole, S.T.
履歴
登録2018年4月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22023年3月8日Group: Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: database_2 / entity_src_gen ...database_2 / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Decaprenylphosphoryl-beta-D-ribose oxidase
B: Decaprenylphosphoryl-beta-D-ribose oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,3376
ポリマ－104,7832
非ポリマー2,5544
水1,946108
1
A: Decaprenylphosphoryl-beta-D-ribose oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,6683
ポリマ－52,3911
非ポリマー1,2772
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Decaprenylphosphoryl-beta-D-ribose oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,6683
ポリマ－52,3911
非ポリマー1,2772
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.164, 84.024, 81.666
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.98, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Decaprenylphosphoryl-beta-D-ribose oxidase / Decaprenylphospho-beta-D-ribofuranose 2-dehydrogenase / Decaprenylphosphoryl-beta-D-ribofuranose 2'- ...Decaprenylphospho-beta-D-ribofuranose 2-dehydrogenase / Decaprenylphosphoryl-beta-D-ribofuranose 2'-epimerase subunit DprE1 / Decaprenyl-phosphoribose 2'-epimerase subunit 1 / Decaprenylphosphoryl-beta-D-ribofuranose 2'-oxidase / Decaprenylphosphoryl-beta-D-ribose 2-epimerase flavoprotein subunit / FAD-dependent decaprenylphosphoryl-beta-D-ribofuranose 2-oxidase


分子量: 52391.332 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
遺伝子: dprE1, Rv3790 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P9WJF1, UniProt: P9WJF0*PLUS, decaprenylphospho-beta-D-ribofuranose 2-dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-EQ8 / [2-(4-cyclohexylsulfonylpiperazin-1-yl)-4-oxidanylidene-6-(trifluoromethyl)-1,3-benzothiazin-8-yl]-oxidanylidene-azanium


分子量: 491.528 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H22F3N4O4S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: containing 100 mM imidazole, pH 7.2-7.5, 18-24 % polypropyleneglycol 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→49.18 Å / Num. obs: 79124 / % possible obs: 98.81 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 47.7 Å2 / Net I/σ(I): 16.42
反射 シェル解像度: 2.4→2.486 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4NCR

4ncr


解像度: 2.4→49.179 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.55
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2257 1750 4.4 %
Rwork0.1979 --
obs0.1991 39780 98.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→49.179 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6234 0 170 108 6512
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086557
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9458954
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.7612275
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0511005
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061143
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.46490.31141350.28712864X-RAY DIFFRACTION98
2.4649-2.53740.27661370.27372902X-RAY DIFFRACTION98
2.5374-2.61930.29991270.25282879X-RAY DIFFRACTION98
2.6193-2.71290.27921420.24582906X-RAY DIFFRACTION99
2.7129-2.82150.25111260.23342917X-RAY DIFFRACTION99
2.8215-2.94990.25781370.23782894X-RAY DIFFRACTION99
2.9499-3.10540.23361350.20952928X-RAY DIFFRACTION99
3.1054-3.30.24011320.2132925X-RAY DIFFRACTION99
3.3-3.55470.241390.2072941X-RAY DIFFRACTION99
3.5547-3.91230.19221370.18292931X-RAY DIFFRACTION99
3.9123-4.47810.21241340.1672956X-RAY DIFFRACTION99
4.4781-5.64060.18451380.16642964X-RAY DIFFRACTION100
5.6406-49.18940.22221310.1893023X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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