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- PDB-6g7x: Crystal structure of H. pylori purine nucleoside phosphorylase so... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6g7x
タイトルCrystal structure of H. pylori purine nucleoside phosphorylase soaked in PO4
要素Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
キーワードTRANSFERASE / Purine nucleoside phosphorylase / H. pylori
機能・相同性
機能・相同性情報


purine-nucleoside phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity / purine nucleoside catabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type / Nucleoside phosphorylase, conserved site / Purine and other phosphorylases family 1 signature. / Nucleoside phosphorylase domain / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / PHOSPHATE ION / Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.762 Å
データ登録者Stefanic, Z.
資金援助 クロアチア, 1件
組織認可番号国
7423 クロアチア
引用ジャーナル: Croatica Chemica Acta / 年: 2018
タイトル: The Role of Phosphate Binding in Purine Nucleoside Phosphorylase of Helicobacter pylori
著者: Bosnjakovic, M. / Lescic Asler, I. / Stefanic, Z.
履歴
登録2018年4月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
B: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
C: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
D: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
E: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
F: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,06735
ポリマ－154,9096
非ポリマー2,15929
水18,5011027
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area29070 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area43130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.320, 91.490, 93.410
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 119.900, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type / PNP


分子量: 25818.105 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Helicobacter pylori (strain ATCC 700392 / 26695) (ピロリ菌)
遺伝子: deoD, HP_1178 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P56463, purine-nucleoside phosphorylase
#2: 化合物...
ChemComp-IMD / IMIDAZOLE


分子量: 69.085 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1027 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.88 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2 mol L-1 imidazole, 40% (w/v) polypropylene glycol (PPG) 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→60.64 Å / Num. obs: 133830 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.2 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 1.76→1.86 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.348 / Num. unique obs: 19209 / CC1/2: 0.936 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
MOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6F52

6f52


解像度: 1.762→46.753 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.38
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1929 1986 1.48 %
Rwork0.1589 --
obs0.1594 133830 99.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 72.07 Å2 / Biso mean: 18.9557 Å2 / Biso min: 5.6 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.762→46.753 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10812 0 145 1027 11984
Biso mean--30.86 27.16 -
残基数----1398
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00611225
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8115096
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0521721
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051902
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.4296779
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7618-1.80590.28661270.21079056918396
1.8059-1.85470.22621360.185894109546100
1.8547-1.90930.24641380.176194509588100
1.9093-1.97090.20921400.16893739513100
1.9709-2.04140.24221400.168595129652100
2.0414-2.12310.231430.169393999542100
2.1231-2.21970.22561430.167893989541100
2.2197-2.33680.17561430.163894809623100
2.3368-2.48320.17391420.165393219463100
2.4832-2.67490.17741480.161894789626100
2.6749-2.9440.2341420.165994289570100
2.944-3.36990.18171500.151994799629100
3.3699-4.24530.1651380.138994929630100
4.2453-46.76950.15691560.140795689724100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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