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- PDB-6g5z: Choline sulfatase from Ensifer (Sinorhizobium) meliloti -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6g5z
タイトルCholine sulfatase from Ensifer (Sinorhizobium) meliloti
要素Choline-sulfatase
キーワードHYDROLASE / Choline-sulfatase
機能・相同性
機能・相同性情報


choline biosynthetic process / choline-sulfatase / choline-sulfatase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Choline-sulfatase / Choline sulfatase enzyme C-terminal domain / Choline sulfatase enzyme C terminal / Sulfatases signature 2. / Sulfatases signature 1. / Sulfatase, conserved site / Sulfatase, N-terminal / Sulfatase / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Sinorhizobium meliloti CECT 4857 (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Martinez-Rodriguez, S. / Camara-Artigas, A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / : 2022
タイトル: Structural insights into choline-O-sulfatase reveal the molecular determinants for ligand binding.
著者: Gavira, J.A. / Camara-Artigas, A. / Neira, J.L. / Torres de Pinedo, J.M. / Sanchez, P. / Ortega, E. / Martinez-Rodriguez, S.
履歴
登録2018年3月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02019年4月24日Group: Data collection / Polymer sequence / カテゴリ: entity_poly / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code
改定 2.12023年3月8日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / struct_conn / struct_conn_type
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 2.22024年2月7日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Choline-sulfatase
B: Choline-sulfatase
C: Choline-sulfatase
D: Choline-sulfatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)234,03422
ポリマ-232,5924
非ポリマー1,44218
15,511861
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10070 Å2
ΔGint-239 kcal/mol
Surface area74040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.197, 206.452, 116.673
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.280, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Choline-sulfatase


分子量: 58148.066 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sinorhizobium meliloti CECT 4857 (根粒菌)
プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O69787*PLUS, choline-sulfatase
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : Mg
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 861 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.49 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1.0 M Lithium Sulfate, 0.1M Hepes

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9778 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月22日 / 詳細: Silicon (1 1 1) channel-cut
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9778 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→109.44 Å / Num. obs: 197246 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.5 % / Biso Wilson estimate: 31.92 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
1.98-2.0180.897380.8471100
10.84-109.448.70.04212340.999199.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.27データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2VQR,2W8S,3ED4, 3B5Q
解像度: 1.98→19.976 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 22.3
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2 9987 5.07 %
Rwork0.1706 --
obs0.1721 196983 99.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 216.73 Å2 / Biso mean: 45.6141 Å2 / Biso min: 14.21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.98→19.976 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16015 0 74 861 16950
Biso mean--59.34 39.93 -
残基数----2022
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00516557
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.80922596
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0452382
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052980
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.5119814
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9784-2.00090.32596800.2721231412994100
2.0009-2.02440.28586940.2553122451293999
2.0244-2.0490.27415930.24281239212985100
2.049-2.07490.2686640.23311237813042100
2.0749-2.10220.27666670.22971233012997100
2.1022-2.1310.27375730.22621248013053100
2.131-2.16140.25636710.22381229312964100
2.1614-2.19360.24126020.20591233712939100
2.1936-2.22790.24826820.20011230812990100
2.2279-2.26430.22156280.1891231412942100
2.2643-2.30330.21717130.17891235613069100
2.3033-2.34510.21966660.17841236513031100
2.3451-2.39020.22096590.17931229412953100
2.3902-2.43890.22767160.1731225612972100
2.4389-2.49180.22247300.18341229813028100
2.4918-2.54970.19036770.1661236013037100
2.5497-2.61330.19917000.16981228112981100
2.6133-2.68380.22356060.17631240713013100
2.6838-2.76260.22156770.18361237413051100
2.7626-2.85150.23276050.17351237012975100
2.8515-2.95310.22276440.18781239113035100
2.9531-3.07090.21937240.1871122171294199
3.0709-3.21020.22576390.19471238113020100
3.2102-3.37860.22296830.17921240713090100
3.3786-3.58920.18146130.16491234812961100
3.5892-3.86450.15976420.14721235913001100
3.8645-4.250.14736390.12681238813027100
4.25-4.85720.15566420.1261123341297699
4.8572-6.09070.1636720.14641235913031100
6.0907-19.97680.18296510.1724122581290999
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0467-0.0252-0.01140.0044-0.0034-0.0016-0.1175-0.0420.04220.03230.06310.0360.0722-0.07-00.26480.0183-0.02180.22920.00160.1721.00610.572660.7211
20.01210.0002-0.00250.0145-0.0052-0.0065-0.14560.0340.00180.01410.1112-0.0001-0.0171-0.0046-00.24960.0272-0.06860.25340.00890.20524.115513.286852.0855
30.0399-0.0597-0.04740.00040.01370.0221-0.18380.0055-0.0637-0.04540.1362-0.1121-0.0181-0.0643-00.3043-0.0292-0.05440.2407-0.0070.085231.1451.910748.1731
40.0324-0.072-0.00750.0265-0.00020.0094-0.0649-0.0138-0.00950.0120.0808-0.00780.03060.0142-00.27470.0152-0.05140.226-0.01810.15232.7042-4.225956.0551
50.0110.0131-0.00170.0082-0.00050.0183-0.0670.0966-0.0876-0.02850.02850.0750.0303-0.0939-00.3453-0.0905-0.07950.3873-0.04260.256711.4159-6.804836.3317
60.0095-0.0408-0.0140.00070.01740.0067-0.14880.0708-0.05240.02830.0146-0.00040.09850.0768-00.3154-0.0086-0.00450.2223-0.01770.161830.2546-10.995349.9928
70.0535-0.0142-0.02240.0969-0.02680.0181-0.13090.0138-0.02480.06330.13760.1160.070.018700.26820.02450.00460.25130.01820.167516.4832-3.410664.0925
80.03420.00350.03530.01620.00980.0259-0.0569-0.01930.06610.0015-0.00330.10740.0382-0.082-00.1927-0.08260.01150.3393-0.01250.2721-1.7156-1.875452.7234
90.00120.0054-0.00830.02340.03830.02540.01050.05990.0045-0.02310.01650.01740.01710.0272-00.23680.0302-0.05560.28950.02510.262119.943420.802448.3781
100.0016-0.0059-0.00840.0025-0.009-0.0017-0.0214-0.09260.04820.0401-0.0097-0.02320.0104-0.011200.35450.0288-0.04860.3093-0.02460.26953.99676.098570.7082
110.0079-0.0684-0.05240.043-0.02990.1409-0.0129-0.04610.0235-0.05230.08820.05250.04420.0686-00.20770.01370.00540.2156-0.0220.190736.1971-38.076990.9197
12-0.0073-0.0279-0.04370.0051-0.01980.03260.0393-0.0536-0.12360.01820.09650.05290.0759-0.0792-00.1944-0.0013-0.01730.2886-0.00520.198222.7933-35.983894.7144
130.10720.045-0.09490.00280.00650.05150.0294-0.01930.0299-0.00510.08060.0011-0.0075-0.063900.16660.0326-0.00690.250.00690.15624.145-28.703184.3157
140.0401-0.0538-0.03570.0057-0.0790.25410.0277-0.0460.0259-0.06310.0708-0.0281-0.07270.0264-00.1595-0.01450.01960.2073-0.04030.168338.495-29.294383.5406
15-0.0012-0.27560.09220.1416-0.13130.04130.04230.03990.1116-0.02840.19450.26220.10770.123300.17710.01440.06350.0511-0.02480.201434.5416-46.055689.8089
160.0397-0.076-0.05280.0590.0017-0.0474-0.01310.01710.11130.02010.04640.03810.08460.0074-00.20590.053-0.03520.22480.00170.312921.778340.861657.7331
170.0335-0.03070.01860.01720.00860-0.0299-0.00410.23080.00750.1293-0.030.1164-0.0447-00.2360.0371-0.03190.282-0.02490.28733.730743.184964.7448
180.01790.05070.0050.01160.006-0.00220.05060.02330.2112-0.0611-0.0039-0.00340.01780.0215-00.23310.019-0.01490.2768-0.0210.349232.780849.27456.7575
190.0102-0.0168-0.00050.00190.0001-0.00810.0654-0.1590.18580.06160.16590.00110.0803-0.038700.31770.12140.02590.3069-0.20620.381418.21351.634582.0487
200.01-0.00190.00380.0022-0.00980.0033-0.076-0.0440.317-0.0454-0.0860.06080.01250.049800.25950.023-0.01870.2897-0.07050.432332.235756.034163.2696
210.0197-0.0504-0.02560.059-0.0070.023-0.00220.02420.17740.00940.02690.10970.04980.0389-00.1950.0608-0.01650.23850.03120.380515.086348.320953.9131
220.0026-0.0296-0.03470.00560.0210.02840.0032-0.00870.110.08250.05270.09350.07730.0547-00.21830.08660.01950.2459-0.01380.40220.904146.77370.2352
23-0.0067-0.0058-0.03150.15880.0629-0.0462-0.0326-0.04330.1830.08030.078-0.0165-0.06280.0684-00.25630.0399-0.02390.29340.01810.289232.872229.624255.8708
240.04080.04140.07410.0236-0.00560.0512-0.0564-0.0780.0129-0.13650.02570.02060.04150.018300.37750.03680.08350.2190.01770.340233.9142-76.279889.5854
25-0.01360.008-0.03480.0076-0.0071-0.0167-0.0361-0.09960.0770.01320.02850.0019-0.040.0444-00.36470.1032-0.03430.4172-0.0160.470750.304-71.433101.7943
260.00490.03950.00220.0533-0.0454-0.0227-0.0596-0.14530.0268-0.0098-0.01990.11660.2096-0.012-00.34830.00610.08140.28850.05670.37827.862-81.3557101.6718
27-0.02460.00370.03930.1181-0.094-0.0273-0.1774-0.165-0.008-0.2371-0.0474-0.05790.4438-0.040900.36460.14130.12330.21440.0750.406243.2912-86.879494.4645
280.01770.0151-0.05770.0597-0.012-0.0226-0.2278-0.21430.034-0.2470.0983-0.06320.1639-0.0194-00.46190.00390.08890.2269-0.01430.319839.6241-77.45477.2126
290.0115-0.00190.0244-0.00560.02090.0024-0.40370.1133-0.0466-0.16170.1331-0.0173-0.03630.087500.14430.44540.6089-0.2026-0.430.13757.3501-82.893874.2653
30-0.005-0.0266-0.0230.1134-0.0143-0.0235-0.0994-0.0364-0.06020.09080.0955-0.02610.1002-0.0167-00.35220.08460.03710.3392-0.03020.312629.432-63.664899.6819
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 101 )A5 - 101
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 102 through 135 )A102 - 135
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 136 through 182 )A136 - 182
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 183 through 214 )A183 - 214
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 215 through 251 )A215 - 251
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 252 through 282 )A252 - 282
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 283 through 378 )A283 - 378
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 379 through 450 )A379 - 450
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 451 through 487 )A451 - 487
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 488 through 512 )A488 - 512
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 5 through 135 )B5 - 135
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 136 through 182 )B136 - 182
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 183 through 251 )B183 - 251
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 252 through 431 )B252 - 431
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 432 through 509 )B432 - 509
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 5 through 135 )C5 - 135
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 136 through 182 )C136 - 182
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 183 through 214 )C183 - 214
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 215 through 251 )C215 - 251
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 252 through 282 )C252 - 282
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 283 through 378 )C283 - 378
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 379 through 450 )C379 - 450
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 451 through 510 )C451 - 510
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 5 through 121 )D5 - 121
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 122 through 159 )D122 - 159
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 160 through 214 )D160 - 214
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 215 through 338 )D215 - 338
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 339 through 404 )D339 - 404
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 405 through 450 )D405 - 450
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 451 through 510 )D451 - 510

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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