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- PDB-7ptj: C54S mutant of choline-sulfatase from E. meliloti CECT4857 bound ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7ptj | ||||||
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Title | C54S mutant of choline-sulfatase from E. meliloti CECT4857 bound to HEPES | ||||||
![]() | Choline sulfatase | ||||||
![]() | HYDROLASE / choline / sulfatase / sulfate | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gavira, J.A. / Martinez-Rodriguez, S. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural insights into choline-O-sulfatase reveal the molecular determinants for ligand binding. Authors: Gavira, J.A. / Camara-Artigas, A. / Neira, J.L. / Torres de Pinedo, J.M. / Sanchez, P. / Ortega, E. / Martinez-Rodriguez, S. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 718.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 2.4 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 91.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 138.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6g5zC ![]() 6g60SC ![]() 7pthC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 59495.551 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: C54S Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: C54S mutant / Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 1866 molecules ![](data/chem/img/EPE.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-EPE / #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Chemical | ChemComp-GOL / #5: Chemical | ChemComp-CA / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.15 Å3/Da / Density % sol: 61 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 / Details: 0.1M hepes pH7.5, 1.5M LiSO4 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Apr 15, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9762 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.1→109.58 Å / Num. obs: 157660 / % possible obs: 95 % / Redundancy: 1.9 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rpim(I) all: 0.062 / Rrim(I) all: 0.092 / Net I/σ(I): 5.5 / Num. measured all: 306519 / Scaling rejects: 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6G60 Resolution: 2.1→75.25 Å / SU ML: 0.2634 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / Phase error: 20.8288 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 34.14 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→75.25 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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