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万見
- PDB-6g58: Structure of the alanine racemase from Staphylococcus aureus in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6g58
タイトルStructure of the alanine racemase from Staphylococcus aureus in complex with a pyridoxal 5' phosphate-derivative
要素Alanine racemase 1
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / pyridoxal 5 phosphate dependent / D-alanine biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


alanine racemase / D-alanine biosynthetic process / alanine racemase activity / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
Alanine racemase, pyridoxal-phosphate attachment site / Alanine racemase pyridoxal-phosphate attachment site. / Alanine racemase / Alanine racemase, C-terminal / Alanine racemase, C-terminal domain / Alanine racemase, C-terminal domain / Alanine racemase, N-terminal / Alanine racemase, N-terminal domain / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 ...Alanine racemase, pyridoxal-phosphate attachment site / Alanine racemase pyridoxal-phosphate attachment site. / Alanine racemase / Alanine racemase, C-terminal / Alanine racemase, C-terminal domain / Alanine racemase, C-terminal domain / Alanine racemase, N-terminal / Alanine racemase, N-terminal domain / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 / Alanine racemase / Alanine racemase/group IV decarboxylase, C-terminal / PLP-binding barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-EOW / Alanine racemase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Hoegl, A. / Sieber, S.A. / Schneider, S.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
European Research Council725085 ドイツ
German Research FoundationEXC 114 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Chem / 年: 2018
タイトル: Mining the cellular inventory of pyridoxal phosphate-dependent enzymes with functionalized cofactor mimics.
著者: Hoegl, A. / Nodwell, M.B. / Kirsch, V.C. / Bach, N.C. / Pfanzelt, M. / Stahl, M. / Schneider, S. / Sieber, S.A.
履歴
登録2018年3月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22018年12月5日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alanine racemase 1
B: Alanine racemase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,79727
ポリマ－90,5722
非ポリマー2,22625
水8,683482
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11560 Å2
ΔGint-183 kcal/mol
Surface area27170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.543, 106.767, 130.835
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PHE / Beg label comp-ID: PHE / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 382 / Label seq-ID: 23 - 404

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Alanine racemase 1


分子量: 45285.801 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal strep-tag
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: Mu50 / ATCC 700699 / 遺伝子: alr1, alr, SAV2070 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63479, alanine racemase

-
非ポリマー , 8種, 507分子

#2: 化合物 ChemComp-EOW / (6-but-3-ynyl-4-methyl-5-oxidanyl-pyridin-3-yl)methyl dihydrogen phosphate


分子量: 271.206 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H14NO5P
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 482 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.71 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1 M Sodium acetate pH 4, 10 %(v/v) MPD

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→49.4 Å / Num. obs: 95389 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 28.7 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 1.9→1.96 Å / 冗長度: 6.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 8791 / CC1/2: 0.45 / % possible all: 92

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4A3Q

4a3q


解像度: 1.9→49.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU B: 5.279 / SU ML: 0.074 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.095 / ESU R Free: 0.089 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16971 4787 5 %RANDOM
Rwork0.15133 ---
obs0.15224 90599 99.11 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å
原子変位パラメータBiso mean: 34.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.23 Å20 Å20 Å2
2--0.27 Å2-0 Å2
3----0.5 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.9→49.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6020 0 145 482 6647
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0196368
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025993
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5191.9738656
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.933313901
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.945794
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.31524.7283
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.828151109
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.481531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2993
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.027025
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021224
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7321.8083110
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6521.8013103
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4512.693892
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.4542.6913893
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2342.2653258
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.2322.2643258
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.9063.2484755
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.80823.1387105
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.80923.1377105
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 24958 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.06 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.891→1.941 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 333 -
Rwork0.344 5966 -
obs--89.42 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.23690.93861.42941.22161.5453.7782-0.11140.17610.1465-0.31030.00640.1311-0.38970.12570.10490.15380.0557-0.02810.0971-0.00310.03369.73716.00531.302
22.45440.82370.21312.57360.29922.81650.00910.02190.0693-0.0013-0.14660.3379-0.1376-0.29150.13750.09560.0677-0.05250.0989-0.06770.0853-5.55810.1333.77
33.7627-0.5574-0.53782.45811.04072.6313-0.0423-0.0806-0.17980.1142-0.10790.3170.3013-0.22560.15020.17190.0019-0.04930.114-0.06520.0975-7.162-6.05627.012
41.90430.90091.26591.58481.37322.3910.01250.367-0.0937-0.2020.1258-0.107-0.03570.4396-0.13830.1290.05190.00550.1576-0.02830.0115.046.70727.143
51.835-0.1590.69172.22330.02783.2974-0.03520.08420.14270.04740.1096-0.4444-0.11710.7598-0.07440.04870.0109-0.00470.2367-0.05170.105731.65814.5450.409
65.09544.90770.19937.2171-1.7794.6399-0.20660.1923-0.344-0.46620.1933-0.53360.38130.53290.01340.11750.04740.02880.2727-0.12870.117125.595.32638.13
71.1613-0.05690.38083.19091.38824.225-0.1220.17620.1944-0.21930.03640.2126-0.4303-0.07320.08560.09370.0008-0.04210.12770.02440.081112.25119.28441.814
82.7031.17153.53730.95292.1158.8272-0.0418-0.2949-0.0082-0.0019-0.08770.1742-0.1348-0.64320.12950.0909-0.00280.02340.09080.01010.08671.3458.0362.908
91.80670.13080.1041.37310.08231.52570.0516-0.08950.05330.0661-0.06150.08910.0053-0.13060.00990.01690.014-00.0605-0.02570.01749.29320.70163.722
106.8033-0.2470.38373.2197-0.96523.5119-0.12680.05910.7637-0.1301-0.00850.0172-0.40760.01650.13530.10110.0094-0.04110.0373-0.01210.100319.1636.08160.757
111.51440.37370.20092.8403-0.44011.25240.0095-0.14940.04790.157-0.0716-0.1060.04070.10460.06210.04380.0123-0.0170.0976-0.01490.014926.5222.24672.585
121.4358-0.13310.70931.10890.32022.91450.20280.0306-0.36440.0081-0.11350.18790.7148-0.2037-0.08930.233-0.0267-0.04810.0454-0.0140.14697.18-7.71151.299
135.69434.0996-0.59456.29970.63464.48810.2282-0.2812-0.53320.1173-0.2057-0.14380.52580.3175-0.02250.18550.0444-0.08730.06430.0160.121115.137-5.18557.583
144.9335-1.59211.37021.02510.21892.63920.0131-0.0885-0.05590.0138-0.09220.1513-0.0284-0.26470.07920.1126-0.01120.01020.0768-0.03640.09821.7168.40154.116
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 52
2X-RAY DIFFRACTION2A53 - 102
3X-RAY DIFFRACTION3A103 - 195
4X-RAY DIFFRACTION4A196 - 255
5X-RAY DIFFRACTION5A256 - 336
6X-RAY DIFFRACTION6A337 - 353
7X-RAY DIFFRACTION7A354 - 382
8X-RAY DIFFRACTION8B1 - 30
9X-RAY DIFFRACTION9B31 - 90
10X-RAY DIFFRACTION10B91 - 127
11X-RAY DIFFRACTION11B128 - 220
12X-RAY DIFFRACTION12B221 - 336
13X-RAY DIFFRACTION13B337 - 352
14X-RAY DIFFRACTION14B353 - 382

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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