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- PDB-6g4j: Structure of the protein kinase YabT from Bacillus subtilis in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6g4j
タイトルStructure of the protein kinase YabT from Bacillus subtilis in complex with an alphaREP crystallization helper
要素
  • Probable serine/threonine-protein kinase YabT
  • alphaREP bE8
キーワードTRANSFERASE / Bacterial Hanks-type protein kinase / complex with an artificial binder / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable serine/threonine-protein kinase YabT
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.599 Å
データ登録者Nessler, S. / Cavagnino, A. / Rabefiraisana, J.L.
引用ジャーナル: Front Microbiol / 年: 2018
タイトル: Structural Analysis of the Hanks-Type Protein Kinase YabT FromBacillus subtilisProvides New Insights in its DNA-Dependent Activation.
著者: Shi, L. / Cavagnino, A. / Rabefiraisana, J.L. / Lazar, N. / Li de la Sierra-Gallay, I. / Ochsenbein, F. / Valerio-Lepiniec, M. / Urvoas, A. / Minard, P. / Mijakovic, I. / Nessler, S.
履歴
登録2018年3月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable serine/threonine-protein kinase YabT
B: alphaREP bE8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,8882
ポリマ－50,8882
非ポリマー00
水4,089227
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, The bE8 alphaREP binder makes tight and specific contacts with YabT
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1710 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area18040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.690, 122.870, 50.570
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Probable serine/threonine-protein kinase YabT


分子量: 35023.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The C-terminal transmembrane helix of YabT (residues 316-338) has been deleted. The juxtamembrane region (residues 274-315) is disordered.
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: yabT, BSU00660 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Rosetta
参照: UniProt: P37562, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質 alphaREP bE8


分子量: 15864.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The N-terminal His-tag and the C-terminal linker are disordered.
由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 227 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.03 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG 8000, Hepes,

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.599→50 Å / Num. all: 203500 / Num. obs: 56285 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.6 % / Rrim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 14.11
反射 シェル解像度: 1.599→1.7 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.28 / Num. unique obs: 8958 / % possible all: 98.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation5.66 Å40.51 Å
Translation5.66 Å40.51 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
PHASER2.5.6位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.599→40.513 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2169 2814 5 %
Rwork0.1889 --
obs0.1903 56281 99.38 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 97.28 Å2 / Biso mean: 32.7074 Å2 / Biso min: 15.78 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.599→40.513 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3058 0 0 227 3285
Biso mean---36.53 -
残基数----395
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063140
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0174247
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037474
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005545
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.9161190
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5988-1.62640.31441370.28652590272797
1.6264-1.6560.30261380.283226282766100
1.656-1.68780.31400.274826542794100
1.6878-1.72230.30131380.264626222760100
1.7223-1.75970.29031400.258626632803100
1.7597-1.80070.25631390.234126472786100
1.8007-1.84570.2621400.227226502790100
1.8457-1.89560.26461390.212726502789100
1.8956-1.95140.25751390.21982646278599
1.9514-2.01440.24341410.203126772818100
2.0144-2.08630.20751390.197926402779100
2.0863-2.16990.23751410.193126702811100
2.1699-2.26860.21031380.19052653279199
2.2686-2.38820.22391410.19226692810100
2.3882-2.53780.24151420.1952703284599
2.5378-2.73370.21521420.195626882830100
2.7337-3.00880.22921420.196927032845100
3.0088-3.44390.23761420.18792709285199
3.4439-4.33820.20211440.16092726287099
4.3382-40.52570.15351520.15962879303199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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