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万見
- PDB-6g2p: Crystal structure of L-tryptophan oxidase VioA from Chromobacteri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6g2p
タイトルCrystal structure of L-tryptophan oxidase VioA from Chromobacterium violaceum in complex with L-tryptophan
要素Flavin-dependent L-tryptophan oxidase VioA
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Violacein biosynthesis / L-tryptophan oxidase
機能・相同性
機能・相同性情報


7-chloro-L-tryptophan oxidase / antibiotic biosynthetic process / oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / TRYPTOPHAN / Flavin-dependent L-tryptophan oxidase VioA
類似検索 - 構成要素
生物種Chromobacterium violaceum ATCC 12472 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Lai, H.E. / Morgan, M. / Moore, S. / Freemont, P.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Imperial College LondonPresident's PhD Scholarship 英国
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2018
タイトル: A semi-synthetic strategy for derivatization of the violacein natural product scaffold
著者: Lai, H.E. / Chee, S.M. / Morgan, M. / Moore, S.J. / Polizzi, K.M. / Freemont, P.S.
履歴
登録2018年3月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2018年5月16日ID: 6ESE
改定 1.02018年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Flavin-dependent L-tryptophan oxidase VioA
A: Flavin-dependent L-tryptophan oxidase VioA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,51410
ポリマ－93,3622
非ポリマー2,1528
水4,378243
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, SEC-MALS revealed that VioA is homodimeric in buffered solution.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5020 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area34140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)152.092, 175.338, 94.436
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-733-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 BA

#1: タンパク質 Flavin-dependent L-tryptophan oxidase VioA


分子量: 46680.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chromobacterium violaceum ATCC 12472 (バクテリア)
遺伝子: vioA, CV_3274 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: Q9S3V1, 7-chloro-L-tryptophan oxidase

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非ポリマー , 5種, 251分子

#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-TRP / TRYPTOPHAN / トリプトファン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 204.225 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12N2O2
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM HEPES pH 7.5, 9% PEG 8000 and 9% ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.928 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.928 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→76.046 Å / Num. obs: 38572 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 4.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.04712 / Rrim(I) all: 0.05349 / Net I/σ(I): 10.09
反射 シェル解像度: 2.6→2.693 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6ESD

6esd


解像度: 2.6→76.046 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2247 1851 4.8 %
Rwork0.1779 --
obs0.1801 38555 98.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→76.046 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6318 0 146 243 6707
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0096775
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0219220
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0263944
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054971
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071178
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6001-2.67040.29121430.21862704X-RAY DIFFRACTION95
2.6704-2.74890.23231190.19712740X-RAY DIFFRACTION96
2.7489-2.83770.26771460.19582736X-RAY DIFFRACTION96
2.8377-2.93910.25621440.20122823X-RAY DIFFRACTION100
2.9391-3.05680.28081520.20832839X-RAY DIFFRACTION99
3.0568-3.19590.29731610.20232794X-RAY DIFFRACTION100
3.1959-3.36440.21181300.19052849X-RAY DIFFRACTION99
3.3644-3.57520.2321600.19062788X-RAY DIFFRACTION98
3.5752-3.85120.24141300.17652857X-RAY DIFFRACTION100
3.8512-4.23880.18781540.14682862X-RAY DIFFRACTION100
4.2388-4.8520.16611330.14172846X-RAY DIFFRACTION98
4.852-6.11260.22651270.1682914X-RAY DIFFRACTION99
6.1126-76.07850.2211520.19292952X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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