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- PDB-6g1d: Corynebacterium glutamicum OxyR C206 mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6g1d
タイトルCorynebacterium glutamicum OxyR C206 mutant
要素Hydrogen peroxide-inducible genes activator
キーワードTRANSCRIPTION / Hydrogen peroxide / redox / transcription factor / LysR
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-DNA complex / DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能
LysR, substrate-binding / LysR substrate binding domain / LysR-type HTH domain profile. / Transcription regulator HTH, LysR / Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / FORMYL GROUP / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / : / Probable hydrogen peroxide-inducible genes activator
類似検索 - 構成要素
生物種Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.992 Å
データ登録者Young, D.R. / Pedre, B.P. / Messens, J.M.
資金援助 ベルギー, スペイン, 7件
組織認可番号国
VIB ベルギー
IWT ベルギー
HerculesHERC16 ベルギー
FWOG.0D79.14N ベルギー
VUB Strategic Research ProgrammeSRP34 ベルギー
Junta de Castilla y LeonLE326U14 スペイン
University of LeonUXXI2016/00127 スペイン
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Structural snapshots of OxyR reveal the peroxidatic mechanism of H2O2sensing.
著者: Pedre, B. / Young, D. / Charlier, D. / Mourenza, A. / Rosado, L.A. / Marcos-Pascual, L. / Wahni, K. / Martens, E. / G de la Rubia, A. / Belousov, V.V. / Mateos, L.M. / Messens, J.
履歴
登録2018年3月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Hydrogen peroxide-inducible genes activator
D: Hydrogen peroxide-inducible genes activator
B: Hydrogen peroxide-inducible genes activator
A: Hydrogen peroxide-inducible genes activator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,35920
ポリマ－141,2014
非ポリマー1,15816
水12,034668
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14360 Å2
ΔGint-142 kcal/mol
Surface area53640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.409, 63.481, 157.414
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.790, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 CDBA

#1: タンパク質
Hydrogen peroxide-inducible genes activator


分子量: 35300.230 Da / 分子数: 4 / 変異: C206S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
遺伝子: C0I99_13405 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2H5I9R9, UniProt: Q8NP91*PLUS

-
非ポリマー , 7種, 684分子

#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 変異: C206S / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C2H6O2
由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 変異: C206S / 由来タイプ: 組換発現 / 式: CH2O2
由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 変異: C206S / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Na
由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#7: 化合物 ChemComp-FOR / FORMYL GROUP / ホルムアルデヒド


分子量: 30.026 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 668 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.14 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: PEG 4000, 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid (MES), lithium sulfate, TCEP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98015 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98015 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→49.23 Å / Num. obs: 98727 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 40.57 Å2 / CC1/2: 0.958 / Rmerge(I) obs: 0.34 / Rpim(I) all: 0.138 / Rrim(I) all: 0.367 / Net I/σ(I): 2.8 / Num. measured all: 692313 / Scaling rejects: 532
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.99-2.036.11.88241320.30.7892.04685.1
10.91-49.236.70.2016580.9440.0820.21799.1

-
解析

ソフトウェア
名称分類
PHENIX精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4x6g

4x6g


解像度: 1.992→44.864 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.45
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2212 4916 4.98 %
Rwork0.1998 --
obs0.2009 98622 98.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 183.21 Å2 / Biso mean: 50.2316 Å2 / Biso min: 18.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.992→44.864 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9430 0 116 668 10214
Biso mean--41.39 55.33 -
残基数----1253
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0149922
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.66413554
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1051655
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011754
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6586122
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.992-2.01460.36891290.37052348247776
2.0146-2.03830.35841690.34333119328899
2.0383-2.06320.33471650.33013120328599
2.0632-2.08930.30651590.31373070322999
2.0893-2.11680.29451650.30663158332399
2.1168-2.14580.3061420.29253091323399
2.1458-2.17640.34011670.28813178334599
2.1764-2.20890.31111490.2833075322499
2.2089-2.24340.31431840.27343106329099
2.2434-2.28020.25961650.25523142330799
2.2802-2.31950.2581710.24913127329899
2.3195-2.36170.28611620.23043100326299
2.3617-2.40710.22451650.21913143330899
2.4071-2.45620.24811540.21863174332899
2.4562-2.50960.23621610.222731053266100
2.5096-2.5680.24921620.22483179334199
2.568-2.63220.2581690.222131233292100
2.6322-2.70340.26171700.213231033273100
2.7034-2.78290.24811720.216631633335100
2.7829-2.87270.25511840.210831543338100
2.8727-2.97540.26231550.215531773332100
2.9754-3.09450.25131800.203331163296100
3.0945-3.23530.23761490.203331793328100
3.2353-3.40580.24241670.192231673334100
3.4058-3.61910.22971700.189231583328100
3.6191-3.89840.19461760.176131823358100
3.8984-4.29040.16761590.159731983357100
4.2904-4.91060.1611760.151732163392100
4.9106-6.18430.18561510.17232253376100
6.1843-44.87510.16221690.176633103479100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7082-0.294-0.56663.13820.77310.7363-0.06720.4053-0.11280.7310.513-0.57450.45740.6024-0.39660.47980.1398-0.15520.5874-0.11370.504614.82047.193871.4694
20.7564-0.2886-0.93420.270.02861.7340.0632-0.10750.1897-0.01150.03970.00560.06610.2433-0.16030.3479-0.0511-0.00340.4617-0.04310.388-13.172829.2128107.1736
32.6198-0.2374-1.23110.76060.41822.94650.14610.11380.3439-0.0487-0.0068-0.014-0.12270.0923-0.18890.3157-0.03440.01070.2866-0.01630.375-21.44436.479106.1339
43.6541-0.4977-0.05063.13970.74593.8240.1822-0.03550.50960.11680.2264-0.17670.07060.5565-0.31040.34790.0020.04350.5072-0.04860.37799.863529.877480.6659
51.8344-0.1928-0.02121.32110.56743.15730.0669-0.0341-0.1427-0.0336-0.03570.10120.1316-0.2588-0.03620.3386-0.0387-0.00140.36310.02140.423122.95314.0611117.9594
64.49771.76490.53563.6259-0.47533.50190.1881-0.1521-0.46140.2892-0.0927-0.47460.37520.6302-0.08320.51010.0797-0.09250.6768-0.01030.4542-1.62112.0776154.4923
70.54040.8450.02336.79331.26483.1994-0.12280.25480.0622-0.20920.4384-0.4424-0.51550.3688-0.3150.46120.02310.00050.5587-0.06020.3478-2.193225.4341146.8805
82.43070.0799-0.92611.9352-0.76491.92830.228-0.4428-0.15360.2809-0.2034-0.034-0.0203-0.1296-0.01330.4373-0.11360.00620.5237-0.04550.42413.750325.2051132.6271
91.84030.1877-0.8310.59990.29242.20240.01480.1360.2184-0.0491-0.00250.14840.0453-0.2362-0.00320.3298-0.02460.01960.3709-0.00590.440920.037829.8063111.9443
102.44590.2164-0.29641.22310.6931.55560.1603-0.45720.61180.2265-0.21580.0969-0.0924-0.1907-0.07130.3679-0.0480.07190.446-0.10380.493717.623736.0206128.0724
113.2462-0.4401-0.98391.7219-0.07242.45130.06340.05540.2366-0.36170.0764-0.1203-0.31620.1148-0.11160.5059-0.035-0.00590.5225-0.05940.3979-8.355638.9198161.5635
121.24191.3161-0.04256.23921.08690.92070.2414-0.01510.2102-0.4231-0.23860.3305-0.311-0.0333-0.02490.64480.0087-0.00910.5311-0.04670.4174-10.715930.1828149.5733
131.12610.01530.70250.97570.50962.8704-0.06330.0065-0.08460.02160.013-0.07220.01150.1650.02010.3314-0.0159-0.00360.3909-0.01030.4065-14.89389.1533118.4742
144.20920.1786-1.59130.2097-0.80813.592-0.25090.0455-0.0549-0.2595-0.0356-0.62760.63710.33550.25770.51390.04510.05830.5598-0.0440.4379-7.35897.2418103.2534
151.1582-0.04950.27410.7013-0.15632.1597-0.04650.088-0.01270.00520.0448-0.07370.06460.0162-0.0390.2916-0.01270.0130.3493-0.020.3326-18.30718.4409110.6121
162.3997-0.71380.73981.25780.00522.93010.0455-0.2606-0.0890.0754-0.13050.03140.5379-0.2888-0.01590.3823-0.05170.00620.3480.02980.3955-23.80432.8165122.158
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'C' and (resid 4 through 65 )C4 - 65
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'C' and (resid 66 through 259 )C66 - 259
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 260 through 322 )C260 - 322
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resid -1 through 92 )D-1 - 92
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'D' and (resid 93 through 323 )D93 - 323
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 4 through 65 )B4 - 65
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 66 through 94 )B66 - 94
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 95 through 145 )B95 - 145
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 146 through 276 )B146 - 276
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 277 through 326 )B277 - 326
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 5 through 65 )A5 - 65
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 66 through 91 )A66 - 91
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 92 through 205 )A92 - 205
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and (resid 206 through 234 )A206 - 234
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid 235 through 290 )A235 - 290
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'A' and (resid 291 through 322 )A291 - 322

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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