PDB-6g1b: Corynebacterium glutamicum OxyR, oxidized form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6g1b

タイトル

Corynebacterium glutamicum OxyR, oxidized form

要素

(Hydrogen peroxide-inducible genes ...) x 2

キーワード

TRANSCRIPTION / Hydrogen peroxide / redox / transcription factor / LysR

機能・相同性

機能・相同性情報

protein-DNA complex / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Corynebacterium glutamicum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.28 Å

データ登録者

Young, D.R. / Pedre, B.P. / Messens, J.M.

資金援助

ベルギー,

スペイン, 7件

組織	認可番号	国
VIB		ベルギー
IWT		ベルギー
Hercules	HERC16	ベルギー
FWO	G.0D79.14N	ベルギー
VUB Strategic Research Programme	SRP34	ベルギー
Junta de Castilla y Leon	LE326U14	スペイン
University of Leon	UXXI2016/00127	スペイン

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Structural snapshots of OxyR reveal the peroxidatic mechanism of H2O2sensing.
著者: Pedre, B. / Young, D. / Charlier, D. / Mourenza, A. / Rosado, L.A. / Marcos-Pascual, L. / Wahni, K. / Martens, E. / G de la Rubia, A. / Belousov, V.V. / Mateos, L.M. / Messens, J.

履歴

登録	2018年3月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年12月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年12月19日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.2	2025年4月9日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6g1b.cif.gz	266.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6g1b.ent.gz	209.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6g1b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6g1b_validation.pdf.gz	467 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6g1b_full_validation.pdf.gz	469.3 KB	表示
XML形式データ	6g1b_validation.xml.gz	31.2 KB	表示
CIF形式データ	6g1b_validation.cif.gz	42.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g1/6g1b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g1/6g1b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6g1dC 6g4rC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6e63-d 3p5r-d 4np4-d 4ckl-d 1lk3-d 5fug-d 5t6l-d 3iot-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

J: Hydrogen peroxide-inducible genes activator

B: Hydrogen peroxide-inducible genes activator

ヘテロ分子

70.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

J: Hydrogen peroxide-inducible genes activator

B: Hydrogen peroxide-inducible genes activator

ヘテロ分子

J: Hydrogen peroxide-inducible genes activator

B: Hydrogen peroxide-inducible genes activator

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, tetrameric with subpopulation of octomer
141 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	161.307, 46.186, 116.692
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 121.920, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	J
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: _ / Label seq-ID: 7 - 326

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID
1	J	A	4 - 318
2	B	B	4 - 323

-
Hydrogen peroxide-inducible genes ... , 2種, 2分子 JB

#1: タンパク質	Hydrogen peroxide-inducible genes activator 分子量: 35090.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (バクテリア) 遺伝子: C0I99_13405 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2H5I9R9, UniProt: Q8NP91*PLUS
#2: タンパク質	Hydrogen peroxide-inducible genes activator 分子量: 35002.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (バクテリア) 遺伝子: C0I99_13405 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2H5I9R9, UniProt: Q8NP91*PLUS

-
非ポリマー , 6種, 297分子

#3: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#5: 化合物	ChemComp-1PS / 3-PYRIDINIUM-1-YLPROPANE-1-SULFONATE / 1-(3-SULFOPROPYL) PYRIDINIUM / PPS 分子量: 201.243 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₁NO₃S
#6: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物	ChemComp-PEO / HYDROGEN PEROXIDE 分子量: 34.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₂O₂
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 288 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.34 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG 4000, sodium cacodylate, magnesium acetate, nicotinamide adenine dinucelotide hydrate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID30B / 波長: 0.95372 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月24日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.95372 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.28→46.07 Å / Num. obs: 32352 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 5.1 % / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.12 / R_pim(I) all: 0.059 / R_rim(I) all: 0.134 / Net I/σ(I): 8.1 / Num. measured all: 165386 / Scaling rejects: 1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.28-2.36	5.1	0.955	15489	3025	0.69	0.459	1.062	1.5	93.3
8.85-46.07	4.7	0.069	2699	579	0.987	0.036	0.079	24.6	91.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
Aimless	0.5.29	データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 2.28→99.05 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / WR_factor R_free: 0.2195 / WR_factor R_work: 0.1874 / FOM work R set: 0.8118 / SU B: 14.112 / SU ML: 0.174 / SU R Cruickshank DPI: 0.3322 / SU R_free: 0.2224 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.332 / ESU R Free: 0.222 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2302	1589	4.9 %	RANDOM
R_work	0.1962	-	-	-
obs	0.1979	30760	96.15 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 131.62 Å² / B_iso mean: 47.326 Å² / B_iso min: 10.81 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.5 Å²	-0 Å²	-0.4 Å²
2-	-	0.85 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.48 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.28→99.05 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4752	0	30	288	5070
B_iso mean	-	-	59.53	42.93	-
残基数	-	-	-	-	634

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	4990
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	4755
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.471	1.989	6820
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.959	3	11047
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.826	5	668
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.731	24.588	194
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.313	15	830
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.095	15	29
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	836
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	5566
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	923

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 17642 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.11 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	J
2	B

LS精密化シェル

解像度: 2.284→2.343 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.318	110	-
R_work	0.312	2135	-
all	-	2245	-
obs	-	-	91.3 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.8898	-2.8916	6.7684	2.1124	-3.9253	9.4043	0.6018	0.0469	-0.6628	-0.2468	0.4267	0.2677	0.8901	0.1432	-1.0286	0.467	0.0786	-0.1224	0.5872	-0.1081	0.3931	123.6579	46.4857	17.4109
2	5.8208	-1.2925	4.8673	3.9892	-4.1022	6.5442	0.2488	-0.3202	-0.1304	0.1865	-0.1249	0.084	0.0381	-0.1518	-0.1239	0.3645	-0.0049	0.0833	0.5306	-0.0017	0.2528	109.0299	55.0131	21.4717
3	5.6053	1.9667	-4.9613	1.7675	-0.1212	7.3688	0.1329	0.4309	0.2417	0.2202	0.3457	0.11	0.0697	-0.3923	-0.4786	0.3302	0.0647	-0.0107	0.4496	0.0329	0.3184	104.618	63.1725	11.0811
4	3.1867	-2.3296	-0.5542	4.3247	1.09	1.1641	0.0283	-0.2578	-0.0179	-0.0381	0.0163	0.1635	-0.0406	0.0091	-0.0446	0.3292	0.0005	0.0736	0.4383	-0.0441	0.3032	112.6584	60.9112	17.6545
5	0.7205	0.3789	-1.0906	4.3481	1.6912	2.8974	-0.0294	0.1427	-0.0663	-0.3628	0.0364	-0.1245	-0.1752	-0.2432	-0.007	0.312	0.0003	0.0631	0.5137	-0.024	0.3254	110.6958	57.3115	6.2174
6	0.6067	-0.7894	-1.1981	1.2454	0.2868	9.8291	0.0108	0.0338	-0.0766	-0.0181	-0.0673	0.1076	0.0063	-0.0655	0.0566	0.3177	-0.0361	0.0042	0.4254	0.0153	0.3852	103.3158	49.0254	18.0207
7	11.9576	-4.0868	-5.0149	6.7923	6.0836	5.6432	-0.1232	-0.2463	-0.1055	-0.2716	0.1965	-0.0856	-0.2129	0.1914	-0.0733	0.256	-0.046	0.1402	0.5174	0.0532	0.2378	95.9173	53.6957	35.2824
8	0.6894	-0.0475	0.2909	0.0921	-0.1853	0.4322	-0.0149	-0.2088	0.0409	-0.0235	0.0063	-0.0086	0.0507	-0.0867	0.0086	0.4317	0.0055	0.0549	0.4799	-0.0314	0.2676	75.8687	52.6631	31.0703
9	0.8407	-2.0613	-2.7177	5.3488	6.9799	9.1339	-0.006	0.0532	-0.095	0.3853	-0.3324	0.2185	0.4118	-0.4009	0.3384	0.493	-0.1527	-0.0197	0.534	0.0493	0.2976	74.8727	46.498	36.246
10	1.4128	-3.004	1.105	6.5647	-2.4618	0.9354	0.1332	0.0005	0.2122	-0.0449	-0.2206	-0.328	-0.0475	0.1368	0.0874	0.5912	-0.1667	0.0111	0.6386	-0.1117	0.2887	77.9072	53.3652	42.3348
11	1.2958	0.8933	0.2089	3.1813	-0.0123	0.1519	0.0082	0.0307	0.2128	-0.1735	-0.0371	0.0615	0.0272	-0.1233	0.0288	0.4053	0.0049	0.0479	0.4035	0.0005	0.2829	72.8706	57.5511	22.5393
12	0.1258	0.5518	-0.0279	3.5286	0.4485	0.355	0.0122	-0.0029	-0.0605	-0.1967	0.0084	-0.1676	-0.0684	0.0338	-0.0206	0.3736	0.0133	0.0742	0.3856	0.0212	0.3382	79.9417	46.6154	18.9335
13	2.245	-1.5698	0.0675	2.8715	-0.6946	0.7255	-0.0452	0.1039	-0.0667	-0.4783	0.0228	-0.2022	0.1586	-0.047	0.0224	0.4833	0.0222	0.0824	0.3749	-0.0275	0.2305	75.8439	27.4559	7.9305
14	0.1414	-0.0242	-0.18	2.1982	0.0154	0.2409	-0.0649	-0.0653	0.0164	-0.4113	0.0494	0.0069	0.0618	0.0628	0.0155	0.4764	0.0119	0.1045	0.4446	0.0072	0.2609	78.5105	39.9301	8.1224
15	6.1512	4.1333	0.5687	11.1312	3.8341	1.4873	0.2859	-0.4774	0.0677	-0.712	-0.2869	-0.0576	-0.3161	-0.0849	0.0009	0.5728	-0.0008	0.2214	0.4793	-0.0108	0.2356	76.5811	46.1746	3.3846
16	1.2544	1.3136	0.4158	1.9022	2.4518	7.8837	-0.0047	0.0897	0.2403	0.0056	0.0435	0.2195	0.0194	-0.057	-0.0388	0.3329	0.0322	0.0445	0.4765	0.0137	0.3498	63.1319	41.207	10.8595
17	0.7682	0.2149	1.0469	1.1073	0.6272	1.7265	0.0452	-0.0431	-0.2035	-0.0372	0.0063	0.0252	0.0329	0.0281	-0.0515	0.3857	0.0098	0.0675	0.4563	0.0177	0.3072	68.0505	34.4739	18.2994
18	0.2968	-0.125	0.3823	0.8467	-0.1498	0.5524	0.0426	-0.0578	-0.0138	-0.0164	-0.0948	-0.1859	0.0014	0.0183	0.0521	0.3732	-0.006	0.0988	0.4429	0.0147	0.3133	78.5752	43.7094	20.6267
19	0.8097	0.0559	0.3521	6.9335	0.74	0.6505	-0.0177	-0.092	-0.148	0.2264	0.203	-0.2929	0.0254	-0.0517	-0.1853	0.4059	-0.025	-0.0484	0.4672	0.0022	0.2945	84.7298	53.2446	33.1742
20	0.6155	-0.4648	0.2057	1.1368	-0.175	1.7332	-0.0214	-0.1056	-0.0596	0.1569	-0.0451	-0.3133	-0.0577	0.0323	0.0665	0.3901	-0.0021	0.0417	0.4428	0.0574	0.3087	81.5223	33.6614	26.1201
21	0.2903	1.0435	0.0084	10.0288	3.6712	2.8563	-0.1089	0.222	-0.056	-0.2323	-0.0745	-0.1469	-0.1606	-0.0991	0.1833	0.3186	-0.0964	0.0265	0.6163	0.0401	0.1031	53.8177	50.3161	-36.2906
22	10.902	-1.6706	-7.2001	0.5647	0.0158	10.1344	-0.9269	0.4549	-1.7788	0.1035	0.2346	0.3845	0.5218	-0.4845	0.6922	0.4605	-0.1944	0.0095	0.836	-0.0378	0.4399	48.4624	39.5825	-45.6861
23	1.2558	1.0575	-2.4675	10.1085	1.6084	6.35	-0.088	0.1347	-0.1801	-0.0863	-0.2058	-0.1976	0.0991	-0.3349	0.2938	0.2486	-0.1012	0.005	0.4989	-0.0705	0.2998	42.1855	44.6923	-40.5182
24	5.429	-0.7603	-4.2387	6.4024	0.0614	3.3553	0.4281	0.9073	0.5812	-0.8716	0.0069	-0.2624	-0.2703	-0.6961	-0.4349	0.3446	-0.0459	0.0643	0.8267	0.1353	0.07	54.3285	52.0427	-44.2993
25	13.6976	10.6227	-0.8145	8.2405	-0.6315	0.0506	-0.2849	0.3841	0.1424	-0.1937	0.2801	0.1181	0.0217	-0.0277	0.0048	0.3649	-0.0576	0.0768	0.6657	-0.1389	0.1088	54.1862	41.3499	-51.654
26	1.0717	-0.2748	-2.842	2.1042	0.9866	10.0507	-0.3536	0.3356	-0.3083	-0.1497	0.0787	-0.2622	0.3884	-0.3124	0.2749	0.3716	-0.1028	0.2306	0.5621	-0.1852	0.2758	62.2427	44.5047	-38.0893
27	1.853	0.1817	-2.7196	0.8392	-2.6103	10.6816	-0.2759	0.0734	-0.2694	-0.0119	0.1	0.049	0.3668	-0.3303	0.1759	0.4081	-0.0119	0.1216	0.3718	-0.085	0.2721	52.6164	43.7399	-24.1075
28	5.7375	2.5685	3.7184	2.862	-0.4115	4.9374	-0.4233	-0.1768	-0.1257	-0.678	0.1734	-0.3537	0.3669	-0.4387	0.2499	0.4581	-0.0708	0.0095	0.4517	-0.039	0.3142	46.6941	41.5786	-14.7857
29	0.9439	0.0667	1.042	1.0962	-0.2151	1.3218	-0.1743	0.0492	0.059	-0.0546	0.0695	0.0548	-0.035	-0.0846	0.1048	0.3541	-0.0225	0.0531	0.5034	-0.0144	0.2626	52.3826	40.6853	9.8193
30	2.8029	2.3926	1.647	2.5911	0.7271	2.1052	-0.1284	0.3033	0.0172	-0.1737	0.2126	-0.0997	0.086	0.1845	-0.0842	0.3888	0.0068	0.0321	0.4606	-0.0387	0.2474	52.5179	37.891	4.9086
31	2.3618	-0.3783	4.2765	0.5401	-0.0243	9.3931	-0.2657	0.0079	0.033	0.0349	0.0075	-0.1687	-0.3829	0.0115	0.2582	0.3743	-0.01	-0.0041	0.425	0.009	0.3124	55.643	55.1634	8.3467
32	0.5955	0.8571	-0.6405	2.0153	-2.5738	4.3281	-0.0867	-0.0554	0.1448	0.0565	0.0727	0.1845	-0.1108	-0.1606	0.014	0.3558	0.042	0.063	0.4527	-0.0116	0.3117	45.035	51.3655	14.1062
33	0.0464	0.2223	0.2162	1.3777	1.3661	1.3581	0.1058	-0.0445	0.0338	0.3029	-0.1369	0.0499	0.2728	-0.1548	0.0311	0.4355	0.0117	0.1485	0.687	0.034	0.1137	50.1774	42.5918	40.7028
34	2.0121	-0.1443	2.1665	0.5631	-0.2192	3.0432	-0.3752	-0.3142	-0.0019	0.083	0.0896	-0.0475	-0.0411	-0.0668	0.2856	0.3889	0.0918	0.1016	0.523	-0.0158	0.2485	51.872	51.0431	34.14
35	8.48	2.0587	-1.1606	0.575	-0.3494	0.3394	-0.121	-0.6026	1.2282	-0.0644	0.0225	0.1803	-0.0718	0.0633	0.0984	0.4073	0.0309	-0.0204	0.6195	-0.1147	0.5693	53.0823	55.0359	32.9231
36	3.5499	-4.6956	1.085	6.3888	-1.5265	0.3808	0.0129	0.0448	-0.059	-0.2062	-0.058	-0.0057	0.0889	-0.005	0.0451	0.3926	0.0035	0.0273	0.4297	-0.034	0.3714	62.9455	43.5406	29.6315
37	0.8192	1.0724	-0.6971	1.7471	-0.9283	0.6561	0.0781	-0.0857	-0.1119	0.1317	-0.1615	-0.1619	0.0093	-0.0913	0.0833	0.3794	-0.0449	0.0403	0.5882	0.0332	0.2282	56.2583	39.5785	33.0672
38	0.1103	0.1226	-0.344	0.5836	-1.9121	6.5498	-0.1535	-0.0755	0.0958	-0.0184	-0.0303	0.0118	0.1068	-0.1864	0.1837	0.3736	0.054	-0.0122	0.5002	-0.0607	0.3369	44.2731	49.8119	15.1336
39	0.9095	0.6258	2.002	4.0984	-1.2808	6.4682	-0.1383	-0.005	0.0347	-0.2458	0.1591	0.1164	0.0284	-0.1733	-0.0208	0.4166	-0.0039	-0.0236	0.4068	0.0065	0.3502	41.4335	46.2359	1.9676
40	0.721	0.1564	1.014	0.602	0.0221	3.0215	0.0618	-0.0852	-0.0456	-0.0582	-0.1476	0.0405	0.1965	-0.2071	0.0858	0.32	-0.0089	0.0505	0.4739	0.0165	0.275	44.3312	36.1317	20.981

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	B	-2 - 6
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	7 - 19
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	20 - 28
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	29 - 52
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	53 - 68
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	69 - 82
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	83 - 92
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	93 - 112
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	113 - 119
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	120 - 129
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	130 - 156
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	157 - 178
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	179 - 197
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	198 - 214
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	215 - 225
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	226 - 237
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	238 - 258
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	259 - 291
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	292 - 303
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	304 - 323
21	X-RAY DIFFRACTION	21	J	4 - 21
22	X-RAY DIFFRACTION	22	J	22 - 28
23	X-RAY DIFFRACTION	23	J	29 - 38
24	X-RAY DIFFRACTION	24	J	39 - 56
25	X-RAY DIFFRACTION	25	J	57 - 65
26	X-RAY DIFFRACTION	26	J	66 - 78
27	X-RAY DIFFRACTION	27	J	79 - 87
28	X-RAY DIFFRACTION	28	J	88 - 93
29	X-RAY DIFFRACTION	29	J	94 - 118
30	X-RAY DIFFRACTION	30	J	119 - 135
31	X-RAY DIFFRACTION	31	J	136 - 149
32	X-RAY DIFFRACTION	32	J	150 - 171
33	X-RAY DIFFRACTION	33	J	172 - 192
34	X-RAY DIFFRACTION	34	J	193 - 209
35	X-RAY DIFFRACTION	35	J	210 - 229
36	X-RAY DIFFRACTION	36	J	230 - 235
37	X-RAY DIFFRACTION	37	J	236 - 266
38	X-RAY DIFFRACTION	38	J	267 - 285
39	X-RAY DIFFRACTION	39	J	286 - 290
40	X-RAY DIFFRACTION	40	J	291 - 318

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
Hydrogen peroxide-inducible genes ... , 2種, 2分子 JB

-
非ポリマー , 6種, 297分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-Hydrogen peroxide-inducible genes ... , 2種, 2分子 JB

-非ポリマー , 6種, 297分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
Hydrogen peroxide-inducible genes ... , 2種, 2分子 JB

-
非ポリマー , 6種, 297分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)