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- PDB-6fys: Structure of single domain antibody SD83 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fys
タイトルStructure of single domain antibody SD83
要素Single domain antibody SD83
キーワードVIRAL PROTEIN / Influenza / single domain antibody / hemagglutinin
生物種Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Laursen, N.S. / Wilson, I.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R56 AI117675 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R56 AI127371 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2018
タイトル: Universal protection against influenza infection by a multidomain antibody to influenza hemagglutinin.
著者: Nick S Laursen / Robert H E Friesen / Xueyong Zhu / Mandy Jongeneelen / Sven Blokland / Jan Vermond / Alida van Eijgen / Chan Tang / Harry van Diepen / Galina Obmolova / Marijn van der Neut ...著者: Nick S Laursen / Robert H E Friesen / Xueyong Zhu / Mandy Jongeneelen / Sven Blokland / Jan Vermond / Alida van Eijgen / Chan Tang / Harry van Diepen / Galina Obmolova / Marijn van der Neut Kolfschoten / David Zuijdgeest / Roel Straetemans / Ryan M B Hoffman / Travis Nieusma / Jesper Pallesen / Hannah L Turner / Steffen M Bernard / Andrew B Ward / Jinquan Luo / Leo L M Poon / Anna P Tretiakova / James M Wilson / Maria P Limberis / Ronald Vogels / Boerries Brandenburg / Joost A Kolkman / Ian A Wilson /
要旨: Broadly neutralizing antibodies against highly variable pathogens have stimulated the design of vaccines and therapeutics. We report the use of diverse camelid single-domain antibodies to influenza ...Broadly neutralizing antibodies against highly variable pathogens have stimulated the design of vaccines and therapeutics. We report the use of diverse camelid single-domain antibodies to influenza virus hemagglutinin to generate multidomain antibodies with impressive breadth and potency. Multidomain antibody MD3606 protects mice against influenza A and B infection when administered intravenously or expressed locally from a recombinant adeno-associated virus vector. Crystal and single-particle electron microscopy structures of these antibodies with hemagglutinins from influenza A and B viruses reveal binding to highly conserved epitopes. Collectively, our findings demonstrate that multidomain antibodies targeting multiple epitopes exhibit enhanced virus cross-reactivity and potency. In combination with adeno-associated virus-mediated gene delivery, they may provide an effective strategy to prevent infection with influenza virus and other highly variable pathogens.
履歴
登録2018年3月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22022年3月30日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Single domain antibody SD83
A: Single domain antibody SD83
B: Single domain antibody SD83
D: Single domain antibody SD83
E: Single domain antibody SD83
F: Single domain antibody SD83
G: Single domain antibody SD83
H: Single domain antibody SD83
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,00813
ポリマ－110,6988
非ポリマー3105
水3,675204
1
C: Single domain antibody SD83


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8371
ポリマ－13,8371
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Single domain antibody SD83


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8371
ポリマ－13,8371
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
B: Single domain antibody SD83


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8371
ポリマ－13,8371
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Single domain antibody SD83
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8992
ポリマ－13,8371
非ポリマー621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Single domain antibody SD83


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8371
ポリマ－13,8371
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Single domain antibody SD83
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8992
ポリマ－13,8371
非ポリマー621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Single domain antibody SD83


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8371
ポリマ－13,8371
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Single domain antibody SD83
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0234
ポリマ－13,8371
非ポリマー1863
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.960, 85.700, 103.780
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.96, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体
Single domain antibody SD83


分子量: 13837.263 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.01 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M potassium formate, 14% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→40 Å / Num. obs: 74300 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 12.5 % / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.03 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 4.6 % / Num. unique obs: 7351 / CC1/2: 0.89 / Rpim(I) all: 0.33 / Rsym value: 0.63 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2614: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→37.446 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2311 1999 2.69 %
Rwork0.201 --
obs0.2018 74233 98.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→37.446 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7583 0 20 204 7807
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0077814
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.87810609
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8844520
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051169
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051354
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.050.33471350.27545125X-RAY DIFFRACTION99
2.05-2.10540.33081500.28045079X-RAY DIFFRACTION97
2.1054-2.16740.31831440.25765139X-RAY DIFFRACTION99
2.1674-2.23730.31961260.24625172X-RAY DIFFRACTION98
2.2373-2.31730.30241430.24985093X-RAY DIFFRACTION97
2.3173-2.410.29531460.23615053X-RAY DIFFRACTION97
2.41-2.51970.3011360.22235207X-RAY DIFFRACTION99
2.5197-2.65250.26371480.22315224X-RAY DIFFRACTION99
2.6525-2.81860.29241440.22195184X-RAY DIFFRACTION99
2.8186-3.03620.29831480.22645171X-RAY DIFFRACTION98
3.0362-3.34150.26261410.20765152X-RAY DIFFRACTION98
3.3415-3.82470.19911440.18945108X-RAY DIFFRACTION97
3.8247-4.81710.16711410.15655252X-RAY DIFFRACTION99
4.8171-37.45250.17741530.1795275X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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