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- PDB-6fxj: Structure of coproheme decarboxylase from Listeria monocytogenes ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fxj
タイトルStructure of coproheme decarboxylase from Listeria monocytogenes in complex with iron coproporphyrin III
要素Putative heme-dependent peroxidase lmo2113
キーワードOXIDOREDUCTASE / coproheme binding / coproheme decarboxylase / pentamer
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrogen peroxide-dependent heme synthase / heme biosynthetic process / peroxidase activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Apc35880; domain 1 / Coproheme decarboxylase / Heme-dependent peroxidase ChdC/CLD / Chlorite dismutase / Dimeric alpha-beta barrel / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FEC / N-PROPANOL / Coproheme decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.79 Å
データ登録者Hofbauer, S. / Pfanzagl, V. / Mlynek, G.
資金援助 オーストリア, 1件
組織認可番号国
Austrian Science FundP29099 オーストリア
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2019
タイトル: Redox Cofactor Rotates during Its Stepwise Decarboxylation: Molecular Mechanism of Conversion of Coproheme to Hemeb.
著者: Milazzo, L. / Gabler, T. / Puhringer, D. / Jandova, Z. / Maresch, D. / Michlits, H. / Pfanzagl, V. / Djinovic-Carugo, K. / Oostenbrink, C. / Furtmuller, P.G. / Obinger, C. / Smulevich, G. / Hofbauer, S.
履歴
登録2018年3月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative heme-dependent peroxidase lmo2113
B: Putative heme-dependent peroxidase lmo2113
C: Putative heme-dependent peroxidase lmo2113
D: Putative heme-dependent peroxidase lmo2113
E: Putative heme-dependent peroxidase lmo2113
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,75428
ポリマ－144,4145
非ポリマー4,34023
水19,8171100
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26460 Å2
ΔGint-214 kcal/mol
Surface area46800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.870, 129.110, 77.920
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.960, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質
Putative heme-dependent peroxidase lmo2113 / UPF0447 protein lmo2113


分子量: 28882.723 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
遺伝子: lmo2113
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q8Y5F1, 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ

-
非ポリマー , 5種, 1123分子

#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物
ChemComp-FEC / 1,3,5,8-TETRAMETHYL-PORPHINE-2,4,6,7-TETRAPROPIONIC ACID FERROUS COMPLEX / FE-COPROPORPHYRIN III


分子量: 708.538 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H36FeN4O8 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-POL / N-PROPANOL / 1-PROPONOL / プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.27 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5 20 %(w/v) PEG 4000 10 % (v/v) 2-propanol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→48.8903165232 Å / Num. obs: 134739 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.134 / Rpim(I) all: 0.083 / Rrim(I) all: 0.159 / Net I/σ(I): 6.98
反射 シェル解像度: 1.79→1.85 Å / Rmerge(I) obs: 1.147 / Rpim(I) all: 0.708 / Rrim(I) all: 1.351

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_2719精密化
PHENIXdev_2719精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5LOQ

5loq


解像度: 1.79→48.8903165232 Å / SU ML: 0.239057785055 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.3369955031 / 位相誤差: 26.1144393289
Rfactor反射数%反射
Rfree0.213684989744 2005 1.48891298213 %
Rwork0.186452998275 --
obs0.186861158096 134662 96.905628877 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 35.8545003487 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.79→48.8903165232 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9878 0 293 1100 11271
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0046621727123510630
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.66913880824514438
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04394215128011460
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004023424538081858
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.30284422656242
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.79-1.83480.3944679387611410.3709647050349313X-RAY DIFFRACTION95.678575043
1.8348-1.88440.3777067693971410.3291007216379372X-RAY DIFFRACTION95.8778472082
1.8844-1.93980.2987874597891450.2983154138239337X-RAY DIFFRACTION95.7681042319
1.9398-2.00240.3004814295761410.2672391545479382X-RAY DIFFRACTION96.1822038178
2.0024-2.0740.2911265825741400.254640909499395X-RAY DIFFRACTION96.5471850952
2.074-2.15710.2810799722531450.2393415711889432X-RAY DIFFRACTION96.464544722
2.1571-2.25520.2362157201751430.2231022311329427X-RAY DIFFRACTION96.9408427877
2.2552-2.37410.2066024845691440.2000904416539428X-RAY DIFFRACTION96.7064053344
2.3741-2.52290.24277798211430.1896906341199567X-RAY DIFFRACTION97.4703874724
2.5229-2.71760.2087486620971440.179178929779516X-RAY DIFFRACTION97.5659024341
2.7176-2.99110.1939037128111450.175909975259598X-RAY DIFFRACTION97.9688285571
2.9911-3.42380.1878195674071460.158046878779589X-RAY DIFFRACTION98.0362537764
3.4238-4.31320.1614160482821400.1310164730579622X-RAY DIFFRACTION97.7372847417
4.3132-48.90850.1663142711151470.1470905506719679X-RAY DIFFRACTION97.7225261064
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -9.64585622529 Å / Origin y: 22.4026104877 Å / Origin z: 98.3199789043 Å
111213212223313233
T0.174805205457 Å2-0.00245873368745 Å2-0.0127015646602 Å2-0.29883392272 Å2-0.016472606896 Å2--0.206053446204 Å2
L0.34085694451 °20.0312532343587 °2-0.0325295952002 °2-0.171486788258 °2-0.00213273679013 °2--0.379109172604 °2
S0.00644713242618 Å °-0.0700737940048 Å °0.0420110219459 Å °0.00404835610941 Å °-0.0142448217878 Å °0.0104113536552 Å °0.0278999112824 Å °0.00266045512942 Å °0.00684369326834 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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