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万見
- PDB-6fur: F11 T-Cell Receptor Recognising PKYVKQNTLKLAT Peptide Presented b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fur
タイトルF11 T-Cell Receptor Recognising PKYVKQNTLKLAT Peptide Presented by HLA-DR*0101
要素(Human F11 T-Cell ...) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / T Cell Receptor / Human Leukocyte Antigen / Influenza Epitope / Haemagglutinin / 3D Structure
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.73 Å
データ登録者Rizkallah, P.J. / Cole, D.K.
引用ジャーナル: Front Immunol / 年: 2018
タイトル: In Silicoand Structural Analyses Demonstrate That Intrinsic Protein Motions Guide T Cell Receptor Complementarity Determining Region Loop Flexibility.
著者: Holland, C.J. / MacLachlan, B.J. / Bianchi, V. / Hesketh, S.J. / Morgan, R. / Vickery, O. / Bulek, A.M. / Fuller, A. / Godkin, A. / Sewell, A.K. / Rizkallah, P.J. / Wells, S. / Cole, D.K.
履歴
登録2018年2月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.name / _citation.journal_volume ..._chem_comp.name / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Human F11 T-Cell Receptor alpha chain
B: Human F11 T-Cell Receptor
C: Human F11 T-Cell Receptor alpha chain
D: Human F11 T-Cell Receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,13340
ポリマ－99,2934
非ポリマー2,84136
水11,476637
1
A: Human F11 T-Cell Receptor alpha chain
B: Human F11 T-Cell Receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,73915
ポリマ－49,6462
非ポリマー1,09313
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6680 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area21250 Å2
手法PISA
2
C: Human F11 T-Cell Receptor alpha chain
D: Human F11 T-Cell Receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,39425
ポリマ－49,6462
非ポリマー1,74823
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9010 Å2
ΔGint-86 kcal/mol
Surface area21320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.650, 114.860, 85.330
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.01, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12B
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERAA1 - 2021 - 202
21SERSERCC1 - 2021 - 202
12ASPASPBB1 - 2401 - 240
22ASPASPDD1 - 2401 - 240

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
Human F11 T-Cell ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Human F11 T-Cell Receptor alpha chain


分子量: 22438.043 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質 Human F11 T-Cell Receptor


分子量: 27208.246 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 4種, 673分子

#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 637 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.79 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.2 M NH4 SO4, 0.1 M MES, 25% PEG 4K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→46.34 Å / Num. obs: 96229 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rrim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 1.73→1.77 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.656 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 7382 / CC1/2: 0.663 / Rrim(I) all: 0.777 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
xia2データ削減
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6EH6

6eh6


解像度: 1.73→46.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 5.772 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.119 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22563 4819 5 %RANDOM
Rwork0.18921 ---
obs0.19101 91379 94.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 26.356 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.45 Å2-0 Å2-0.27 Å2
2---0.5 Å2-0 Å2
3---0.96 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.73→46.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6990 0 173 637 7800
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0197444
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026541
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9011.95310100
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.059315272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5595917
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.18324.499349
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.581151192
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.8851538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1240.21098
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0218262
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021524
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1251.593605
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1251.5893604
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8462.3764522
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.8472.3774523
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5411.8863839
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.5341.8873839
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.3282.7185572
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.77820.0277987
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.77920.0327988
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A117280.11
12C117280.11
21B153600.09
22D153600.09
LS精密化 シェル解像度: 1.73→1.775 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 369 -
Rwork0.265 7003 -
obs--98.57 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2224-0.50341.13791.2422-0.06495.65850.03730.10280.1048-0.1859-0.0487-0.08010.04730.06830.01140.03220.00690.01060.01510.01430.015321.80544.6656-3.3788
22.68010.11790.08113.9883-1.15582.2702-0.0629-0.17020.12690.30550.14510.2982-0.0064-0.1808-0.08220.04810.02070.00910.0482-0.00540.033814.892210.934429.5748
32.53170.2008-1.86920.9637-0.42494.08290.00750.06540.1297-0.1698-0.05140.07480.0601-0.01090.04390.03090.0086-0.01050.02480.00280.02080.832415.2864-8.5179
45.2584-0.42341.67541.39280.01461.2873-0.0456-0.04460.22610.0932-0.0109-0.16750.0222-0.06420.05650.0091-0.0008-0.00970.0050.00130.02846.912523.363121.1212
51.2320.369-1.06941.12880.11715.60780.0225-0.1006-0.07930.1589-0.0389-0.0402-0.10140.13890.01630.028-0.0038-0.0020.03620.01750.010620.9309-6.023346.7803
63.65990.17680.01113.9295-1.05022.50770.01010.1807-0.1647-0.17030.16060.32160.0139-0.1765-0.17070.0147-0.0153-0.00880.04140.00180.041515.3952-12.528213.4908
72.0926-0.32431.83920.9054-0.91864.39180.0178-0.0405-0.12890.1326-0.0460.10490.0313-0.04720.02830.0282-0.00750.02340.0218-0.00340.0353-0.1326-17.017351.3743
84.77780.1689-1.42821.3352-0.05441.1866-0.0246-0.0667-0.237-0.0015-0.0024-0.0578-0.0094-0.02550.0270.0126-0.0035-0.00360.00770.0070.01957.3227-25.101521.3203
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 113
2X-RAY DIFFRACTION2A114 - 215
3X-RAY DIFFRACTION3B0 - 114
4X-RAY DIFFRACTION4B115 - 250
5X-RAY DIFFRACTION5C0 - 113
6X-RAY DIFFRACTION6C114 - 215
7X-RAY DIFFRACTION7D0 - 114
8X-RAY DIFFRACTION8D115 - 250

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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