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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6fun | ||||||
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タイトル | F11 T-Cell Receptor Recognising PKYVKQNTLKLAT Peptide Presented by HLA-DR*0101 | ||||||
要素 | (Human F11 T-Cell Receptor ...) x 2 | ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM / T Cell Receptor / Human Leukocyte Antigen / Influenza Epitope / Haemagglutinin / 3D Structure | ||||||
機能・相同性 | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.58 Å | ||||||
データ登録者 | Rizkallah, P.J. / Cole, D.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Front Immunol / 年: 2018 タイトル: In Silicoand Structural Analyses Demonstrate That Intrinsic Protein Motions Guide T Cell Receptor Complementarity Determining Region Loop Flexibility. 著者: Holland, C.J. / MacLachlan, B.J. / Bianchi, V. / Hesketh, S.J. / Morgan, R. / Vickery, O. / Bulek, A.M. / Fuller, A. / Godkin, A. / Sewell, A.K. / Rizkallah, P.J. / Wells, S. / Cole, D.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6fun.cif.gz | 204.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6fun.ent.gz | 163 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6fun.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6fun_validation.pdf.gz | 471.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6fun_full_validation.pdf.gz | 478.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6fun_validation.xml.gz | 24 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6fun_validation.cif.gz | 34.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fu/6fun ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fu/6fun | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6eh4C 6eh5C 6eh6SC 6eh7C 6eh8C 6eh9C 6fr3C 6fr4C 6fr5C 6fr6C 6fr7C 6fr8C 6fr9C 6fraC 6frbC 6frcC 6fumC 6fuoC 6fupC 6fuqC 6furC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-Human F11 T-Cell Receptor ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 22438.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
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#2: タンパク質 | 分子量: 27208.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
-非ポリマー , 4種, 405分子
#3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-GOL / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.84 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M Na Malonate, 20% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.92 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.58→46.37 Å / Num. obs: 69019 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Rrim(I) all: 0.045 / Net I/σ(I): 23.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.58→1.62 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.654 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 5006 / CC1/2: 0.841 / Rrim(I) all: 0.707 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6EH6 解像度: 1.58→46.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 3.085 / SU ML: 0.055 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.08 / ESU R Free: 0.083 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.652 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.58→46.37 Å
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拘束条件 |
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