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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6fsu | ||||||
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タイトル | Crystal structure of E.coli BamA beta-barrel with a C-terminal extension | ||||||
![]() | Outer membrane protein assembly factor BamA | ||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() Bam protein complex / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / protein insertion into membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zahn, M. / Hartmann, J.-B. / Hiller, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Sequence-Specific Solution NMR Assignments of the beta-Barrel Insertase BamA to Monitor Its Conformational Ensemble at the Atomic Level. 著者: Hartmann, J.B. / Zahn, M. / Burmann, I.M. / Bibow, S. / Hiller, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 316.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 259 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 303.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 316 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 29.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4n75S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: _ / Auth seq-ID: 412 - 819 / Label seq-ID: 13 - 420
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47029.902 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.7 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 22 % (w/v) PEG 400, 0.07 M NaCl, 0.05 M sodium citrate pH 4.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→66.84 Å / Num. obs: 34607 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.4 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.156 / Rpim(I) all: 0.111 / Net I/σ(I): 7.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.72 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 1.072 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 4151 / CC1/2: 0.647 / Rpim(I) all: 0.768 / % possible all: 99.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4N75 解像度: 2.6→66.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 35.924 / SU ML: 0.335 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.626 / ESU R Free: 0.343 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 45.603 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.6→66.84 Å
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拘束条件 |
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