PDB-6fsp: Crystal structure of APRT from Thermus thermophilus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6fsp

タイトル

Crystal structure of APRT from Thermus thermophilus

要素

PRPP-binding protein, adenine/guanine phosphoribosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

glycosyltransferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermus thermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Timofeev, V.I. / Sinitsyna, E.V. / Kostromina, M.A. / Muravieva, T.I. / Makarov, D.A. / Mikheeva, O.O. / Kuranova, I.P. / Esipov, R.S.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of APRT from Thermus thermophilus
著者: Timofeev, V.I. / Sinitsyna, E.V. / Kostromina, M.A. / Muravieva, T.I. / Makarov, D.A. / Mikheeva, O.O. / Kuranova, I.P. / Esipov, R.S.

履歴

登録	2018年2月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年3月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6fsp.cif.gz	384.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6fsp.ent.gz	320.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6fsp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fs/6fsp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fs/6fsp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5i73-1 6s7f-1 6z9d-1 6awo-1 6z9b-1 5i75-1 7jv9-d 6awn-1 2ak4-4 3tt1-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#151 - 2012年7月ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: PRPP-binding protein, adenine/guanine phosphoribosyltransferase

B: PRPP-binding protein, adenine/guanine phosphoribosyltransferase

C: PRPP-binding protein, adenine/guanine phosphoribosyltransferase

D: PRPP-binding protein, adenine/guanine phosphoribosyltransferase

E: PRPP-binding protein, adenine/guanine phosphoribosyltransferase

F: PRPP-binding protein, adenine/guanine phosphoribosyltransferase

111 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.860, 82.160, 91.390
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.58, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	PRPP-binding protein, adenine/guanine phosphoribosyltransferase 分子量: 18425.527 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現詳細: TYPVEIAGVRRELPIVQVGPGVAVALLNLLGDTELTEAAAEALAKRLPPEVEVLVTPEVKAVPLAHALSRITGKPYVVARKTEKPYMINPVSRQVLSITTGKPQLLVLDGADIPRVRGKKVAIVDDVVSTGSTLAGLRELIESVGGEVVAVLAVFTEGTPRQDVVALGHLP 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) 遺伝子: TtJL18_0431 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: H9ZPT0, UniProt: Q5SHW6*PLUS

#1: タンパク質

PRPP-binding protein, adenine/guanine phosphoribosyltransferase

分子量: 18425.527 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: TYPVEIAGVRRELPIVQVGPGVAVALLNLLGDTELTEAAAEALAKRLPPEVEVLVTPEVKAVPLAHALSRITGKPYVVARKTEKPYMINPVSRQVLSITTGKPQLLVLDGADIPRVRGKKVAIVDDVVSTGSTLAGLRELIESVGGEVVAVLAVFTEGTPRQDVVALGHLP
由来: (組換発現)

Thermus thermophilus (バクテリア)
遺伝子: TtJL18_0431 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: H9ZPT0, UniProt: Q5SHW6*PLUS

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.2 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: liquid diffusion / 詳細: SA 25%

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.8 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→20 Å / Num. obs: 25557 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 3.4 % / Net I/σ(I): 15.24
反射シェル	解像度: 2.7→2.77 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0189	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 2.7→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.85 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.77 / SU B: 50.631 / SU ML: 0.483 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.556 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27118	1354	5 %	RANDOM
R_work	0.24812	-	-	-
obs	0.23567	25506	96.21 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.147 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.3 Å²	0 Å²	-0.43 Å²
2-	-	-0.77 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.6 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.7→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7731	0	0	0	7731

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	7849
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	8071
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.754	2.017	10734
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.177	3	18626
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	10.921	5	1033
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.785	23.333	255
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	23.576	15	1329
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.906	15	65
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.112	0.2	1373
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	8542
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1355
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.082	3.483	4150
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.083	3.484	4149
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.688	5.217	5177
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.687	5.217	5178
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.364	3.628	3699
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.364	3.627	3700
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.492	5.403	5558
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.52	63.87	29672
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	8.52	63.869	29672
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.769 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.43	87	-
R_work	0.297	1880	-
obs	-	-	98.01 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1172	0.3908	-1.0004	0.5682	0.3369	2.1203	-0.0106	0.1761	0.0833	0.0522	0.034	0.0167	0.1352	-0.1618	-0.0234	0.0502	0.0619	-0.014	0.1377	-0.0171	0.0738	55.657	-0.9793	122.5783
2	0.2993	-0.1843	-0.5834	0.2864	0.4273	1.1845	0.0501	-0.0799	0.0308	0.0224	0.0466	-0.0437	-0.0593	0.2111	-0.0967	0.06	0.0413	-0.0088	0.1788	-0.0753	0.0551	66.1127	7.4096	140.3621
3	1.5646	-0.8131	-0.3306	0.7779	-0.0868	0.7636	-0.0107	0.2269	0.2841	-0.0992	-0.0378	-0.092	0.0189	-0.0533	0.0485	0.0383	-0.0214	-0.0327	0.2224	0.1195	0.1196	85.3823	4.2747	92.514
4	1.7467	-0.3299	-0.1025	0.8828	0.1803	1.1155	-0.1238	-0.0294	0.1658	-0.0435	0.1121	-0.0297	0.0325	-0.0976	0.0117	0.0323	0.0042	0.0102	0.0867	0.0147	0.0432	91.8702	-6.8597	110.8439
5	0.3462	0.1412	-0.616	1.4145	-0.0576	1.6442	-0.0854	0.0528	-0.1824	0.0188	-0.0966	0.145	0.0241	-0.0746	0.1819	0.0568	-0.0448	0.0841	0.0971	-0.0256	0.2001	37.9309	-12.6901	158.9589
6	1.1366	-0.1756	-0.7928	0.8068	-0.2134	0.7001	0.0275	-0.008	0.0096	0.0951	0.0261	0.1325	-0.0478	-0.0132	-0.0537	0.0837	-0.0484	0.0654	0.1012	-0.0091	0.0635	32.5576	7.6749	166.4345

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 175
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 175
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	3 - 173
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	2 - 175
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	2 - 175
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	2 - 173

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関連情報:EMDBヘッダ

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