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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6fso | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of TGT in complex with methyl({[5-(pyridin-3-yloxy)furan-2-yl]methyl})amine | |||||||||
![]() | Queuine tRNA-ribosyltransferase | |||||||||
![]() | TRANSFERASE / TGT / TRNA / GUANINE EXCHANGE ENZYME / PROTEIN INTERFACE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase / tRNA wobble guanine modification / tRNA-guanosine(34) queuine transglycosylase activity / tRNA-guanine transglycosylation / queuosine biosynthetic process / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Hassaan, E. / Heine, A. / Klebe, G. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Fragments as Novel Starting Points for tRNA-Guanine Transglycosylase Inhibitors Found by Alternative Screening Strategies. 著者: Hassaan, E. / Eriksson, P.O. / Geschwindner, S. / Heine, A. / Klebe, G. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 220.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 176.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 482.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 483.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 41763.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 31821 / ZM4 / CP4 / 遺伝子: tgt, ZMO0363 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P28720, tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase |
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-非ポリマー , 8種, 261分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/F63.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
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![](data/chem/img/DMS.gif)
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![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||||||||||||
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#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-DMS / | #5: 化合物 | ChemComp-F63 / | #6: 化合物 | ChemComp-PG4 / | #7: 化合物 | ChemComp-ACT / | #8: 化合物 | ChemComp-PGE / | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.9 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 13% PEG 8000, 100mM MES, 1mM DTT, 10% DMSO |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.449→43.289 Å / Num. obs: 68288 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 2.68 % / Rmerge(I) obs: 0.035 / Net I/σ(I): 9.82 |
反射 シェル | 解像度: 1.449→1.54 Å |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4LBU 解像度: 1.449→43.289 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.01 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.449→43.289 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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