PDB-5sw3: Crystal Structure of TGT in complex with 3-Pyridinecarboxylic aci...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5sw3

タイトル

Crystal Structure of TGT in complex with 3-Pyridinecarboxylic acid, 6-(dimethylamino)

要素

Queuine tRNA-ribosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / TGT / TRNA / GUANINE EXCHANGE ENZYME / PROTEIN INTERFACE

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase / tRNA-guanosine(34) queuine transglycosylase activity / tRNA queuosine(34) biosynthetic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Zymomonas mobilis subsp. mobilis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.38 Å

データ登録者

Hassaan, E. / Heine, A. / Klebe, G.

引用

ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2020
タイトル: Fragments as Novel Starting Points for tRNA-Guanine Transglycosylase Inhibitors Found by Alternative Screening Strategies.
著者: Hassaan, E. / Eriksson, P.O. / Geschwindner, S. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2016年8月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年7月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年3月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_high

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5sw3.cif.gz	221.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5sw3.ent.gz	179 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5sw3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sw/5sw3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sw/5sw3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5n6fC 5utiC 5utjC 5v3cC 6fsoC 4lbuS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6rkq-1 4q8u-1 5n6f-1 6yh2-1 1r5y-1 3c2y-1 4dxx-1 6yfw-1 1p0d-1 2qii-1 1p0e-1 1f3e-1 5j9m-1 1s39-1 4gcx-1 4puj-1 1pud-2 1n2v-1 3gc4-1 1p0b-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Queuine tRNA-ribosyltransferase

ヘテロ分子

42.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Queuine tRNA-ribosyltransferase

ヘテロ分子

A: Queuine tRNA-ribosyltransferase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
85.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.027, 64.071, 70.453
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.82, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Queuine tRNA-ribosyltransferase / Guanine insertion enzyme / tRNA-guanine transglycosylase 分子量: 41763.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Zymomonas mobilis subsp. mobilis (strain ATCC 31821 / ZM4 / CP4) (バクテリア) 遺伝子: tgt, ZMO0363 / プラスミド: PPR-IBA2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): CODONPLUS 参照: UniProt: P28720, tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase

#1: タンパク質

Queuine tRNA-ribosyltransferase / Guanine insertion enzyme / tRNA-guanine transglycosylase

分子量: 41763.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Zymomonas mobilis subsp. mobilis (strain ATCC 31821 / ZM4 / CP4) (バクテリア)
遺伝子: tgt, ZMO0363 / プラスミド: PPR-IBA2 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): CODONPLUS
参照: UniProt: P28720, tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase

-
非ポリマー , 6種, 231分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-46L / 6-(dimethylamino)pyridine-3-carboxylic acid / 6-(ジメチルアミノ)-3-ピリジンカルボン酸分子量: 166.177 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀N₂O₂
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 223 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.8 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 13% PEG 8000, 100MM MES, 1MM DTT, 10% DMSO,

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年1月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.38→44.46 Å / Num. obs: 81197 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.7 % / R_sym value: 0.06 / Net I/σ(I): 12.4
反射シェル	解像度: 1.38→1.46 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 2.47 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4LBU

4lbu

解像度: 1.38→44.46 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 13.98 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.162	4060	5 %
R_work	0.1332	-	-
obs	0.1346	81188	99.66 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.38→44.46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2827	0	57	223	3107

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3002
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.944	4055
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.388	1125
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	429
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	553

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3788-1.395	0.2385	133	0.2192	2529	X-RAY DIFFRACTION	96
1.395-1.412	0.2432	140	0.1926	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
1.412-1.4299	0.2251	139	0.1864	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4299-1.4487	0.2359	139	0.1731	2632	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4487-1.4686	0.2039	139	0.1632	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4686-1.4895	0.1987	142	0.1536	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4895-1.5118	0.1765	139	0.1469	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5118-1.5354	0.1881	139	0.1442	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5354-1.5606	0.1732	141	0.1327	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5606-1.5875	0.1489	137	0.1255	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5875-1.6164	0.1238	141	0.11	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6164-1.6474	0.172	140	0.1096	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6474-1.6811	0.1558	142	0.1111	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6811-1.7176	0.1354	139	0.1114	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7176-1.7576	0.1476	138	0.1113	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7576-1.8015	0.157	140	0.1054	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8015-1.8502	0.1469	141	0.1117	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8502-1.9047	0.1305	140	0.1132	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9047-1.9662	0.1579	140	0.1149	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9662-2.0364	0.1651	141	0.1125	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0364-2.118	0.1619	139	0.1135	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
2.118-2.2144	0.1407	142	0.1103	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2144-2.3311	0.1311	139	0.1109	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3311-2.4772	0.1425	141	0.118	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4772-2.6684	0.1599	140	0.127	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6684-2.9369	0.1613	141	0.1363	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9369-3.3617	0.149	142	0.147	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3617-4.2349	0.1659	141	0.1438	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2349-44.4829	0.1883	145	0.1651	2744	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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