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- PDB-5j9m: tRNA guanine Transglycosylase (TGT) in co-crystallized complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5j9m
タイトルtRNA guanine Transglycosylase (TGT) in co-crystallized complex with 2-(methylamino)-1H-benzo[d]imidazole-5-carboxamide
要素Queuine tRNA-ribosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Benzimidazole-derivatives / shigellosis / TRANSFERASE INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase / tRNA wobble guanine modification / tRNA-guanosine(34) queuine transglycosylase activity / : / tRNA queuosine(34) biosynthetic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Queuine tRNA-ribosyltransferase-like / : / tRNA-guanine transglycosylase / tRNA-guanine(15) transglycosylase-like / Queuine tRNA-ribosyltransferase-like / Queuine tRNA-ribosyltransferase / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-(methylamino)-1H-benzimidazole-5-carboxamide / Queuine tRNA-ribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Zymomonas mobilis subsp. mobilis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.33 Å
データ登録者Ehrmann, F.R. / Heine, A. / Klebe, G.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Benzimidazole-based Inhibitors as a Novel Scaffold to Inhibit Z.mobilis TGT and Study Protein Flexibility and the Contributions of Active Site Residues to Binding Affinity of lin-Benzopurines.
著者: Ehrmann, F.R. / Hohn, C. / Heine, A. / Diederich, F. / Klebe, G.
履歴
登録2016年4月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_high

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Queuine tRNA-ribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4637
ポリマ－42,9261
非ポリマー5376
水7,152397
1
A: Queuine tRNA-ribosyltransferase
ヘテロ分子

A: Queuine tRNA-ribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,92614
ポリマ－85,8512
非ポリマー1,07512
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area5010 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area25520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.971, 64.946, 70.662
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.30, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-521-

HOH

21A-868-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Queuine tRNA-ribosyltransferase / Guanine insertion enzyme / tRNA-guanine transglycosylase


分子量: 42925.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Zymomonas mobilis subsp. mobilis (strain ATCC 31821 / ZM4 / CP4) (バクテリア)
株: ATCC 31821 / ZM4 / CP4 / 遺伝子: tgt, ZMO0363 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P28720, tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase

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非ポリマー , 6種, 403分子

#2: 化合物 ChemComp-6HD / 2-(methylamino)-1H-benzimidazole-5-carboxamide


分子量: 190.202 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H10N4O
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 397 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.01 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 13% PEG 8000,100mM MES, 1mM DTT, 10% DMSO

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.3 / 波長: 0.895 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.895 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.33→45.21 Å / Num. obs: 93288 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/av σ(I): 14.3 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 1.33→1.41 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.489 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1-2155_1492: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1P0D

1p0d


解像度: 1.33→45.21 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 15.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1571 4662 5 %
Rwork0.1294 --
obs0.1308 93249 99.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.33→45.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2836 0 32 397 3265
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053114
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8084219
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.3521176
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071439
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005586
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.33-1.3440.27961450.24432754X-RAY DIFFRACTION93
1.344-1.35980.26711570.22212980X-RAY DIFFRACTION100
1.3598-1.37640.231530.20872917X-RAY DIFFRACTION100
1.3764-1.39380.23241570.19622969X-RAY DIFFRACTION100
1.3938-1.41220.23251570.1892977X-RAY DIFFRACTION100
1.4122-1.43150.20971560.18742969X-RAY DIFFRACTION100
1.4315-1.4520.2331520.17142893X-RAY DIFFRACTION100
1.452-1.47360.1941580.16253001X-RAY DIFFRACTION100
1.4736-1.49670.18161550.14292947X-RAY DIFFRACTION100
1.4967-1.52120.19031550.13572938X-RAY DIFFRACTION100
1.5212-1.54740.16721570.13022983X-RAY DIFFRACTION100
1.5474-1.57560.14151550.12362950X-RAY DIFFRACTION100
1.5756-1.60590.15451560.11242970X-RAY DIFFRACTION100
1.6059-1.63870.14221550.11152941X-RAY DIFFRACTION100
1.6387-1.67430.13631560.1082966X-RAY DIFFRACTION100
1.6743-1.71330.15071570.11352987X-RAY DIFFRACTION100
1.7133-1.75610.14811580.10762987X-RAY DIFFRACTION100
1.7561-1.80360.14311560.10822966X-RAY DIFFRACTION100
1.8036-1.85670.14661550.10732945X-RAY DIFFRACTION100
1.8567-1.91660.13231570.11272981X-RAY DIFFRACTION100
1.9166-1.98510.13921540.11652930X-RAY DIFFRACTION99
1.9851-2.06460.15151560.11472975X-RAY DIFFRACTION99
2.0646-2.15850.13451560.11242960X-RAY DIFFRACTION99
2.1585-2.27230.14851550.1212946X-RAY DIFFRACTION99
2.2723-2.41470.17251570.12352986X-RAY DIFFRACTION99
2.4147-2.60110.15021550.13322942X-RAY DIFFRACTION99
2.6011-2.86280.1531560.13072968X-RAY DIFFRACTION99
2.8628-3.2770.15741570.1312973X-RAY DIFFRACTION99
3.277-4.12820.13111560.11732970X-RAY DIFFRACTION99
4.1282-45.23660.15941530.14042916X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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