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万見
- PDB-6fsa: Beta-Cardiac myosin post-rigor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fsa
タイトルBeta-Cardiac myosin post-rigor
要素
  • Myosin light chain 3
  • Myosin-7
キーワードMOTOR PROTEIN / myosin / hypertrophic cardiomyopathy
機能・相同性
機能・相同性情報


myosin filament / adult heart development / muscle filament sliding / myosin II complex / microfilament motor activity / myofibril / cardiac muscle contraction / sarcomere / actin filament binding / calmodulin binding ...myosin filament / adult heart development / muscle filament sliding / myosin II complex / microfilament motor activity / myofibril / cardiac muscle contraction / sarcomere / actin filament binding / calmodulin binding / calcium ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Myosin VI head, motor domain, U50 subdomain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #60 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #530 / DNA repair protein XRCC4-like, C-terminal / Myosin tail / Myosin tail / Myosin N-terminal SH3-like domain / Myosin S1 fragment, N-terminal / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. ...Myosin VI head, motor domain, U50 subdomain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #60 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #530 / DNA repair protein XRCC4-like, C-terminal / Myosin tail / Myosin tail / Myosin N-terminal SH3-like domain / Myosin S1 fragment, N-terminal / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / IQ motif profile. / Kinesin motor domain superfamily / : / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / FORMIC ACID / Myosin light chain 3 / Myosin-7
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.33 Å
データ登録者Robert-Paganin, J. / Auguin, D. / Houdusse, A.
資金援助 フランス, 3件
組織認可番号国
AFM (Association Francaise contre les Myopathies)18423 フランス
AFM (Association Francaise contre les Myopathies)17235 フランス
FRM (Fondation Pour la recherche medicale en France)DBI20141231319 フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Hypertrophic cardiomyopathy disease results from disparate impairments of cardiac myosin function and auto-inhibition.
著者: Robert-Paganin, J. / Auguin, D. / Houdusse, A.
履歴
登録2018年2月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / diffrn_radiation_wavelength / Item: _citation.title
改定 1.22019年8月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myosin-7
B: Myosin-7
D: Myosin light chain 3
H: Myosin light chain 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)492,40615
ポリマ－491,1484
非ポリマー1,25711
水13,944774
1
A: Myosin-7
D: Myosin light chain 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)246,1807
ポリマ－245,5742
非ポリマー6065
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4560 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area42990 Å2
手法PISA
2
B: Myosin-7
H: Myosin light chain 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)246,2268
ポリマ－245,5742
非ポリマー6526
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4360 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area41240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.118, 94.319, 125.411
Angle α, β, γ (deg.)104.76, 92.34, 100.06
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ABDH

#1: タンパク質 Myosin-7 / Myosin heavy chain 7 / Myosin heavy chain slow isoform / MyHC-slow / Myosin heavy chain / cardiac ...Myosin heavy chain 7 / Myosin heavy chain slow isoform / MyHC-slow / Myosin heavy chain / cardiac muscle beta isoform / MyHC-beta


分子量: 223606.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q9BE39
#2: タンパク質 Myosin light chain 3 / Myosin light chain 1 / slow-twitch muscle B/ventricular isoform / MLC1SB


分子量: 21968.023 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P85100

-
非ポリマー , 5種, 785分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 774 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 12.5% PEG mix MMW (2k, 3350, 4k, 5k MME), 10% glycerol, 7.5% Sodium Tacsimate pH 6.0, 0.5 mM TCEP

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8729 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8729 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.33→47.97 Å / Num. obs: 100862 / % possible obs: 98.46 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 49.36 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rrim(I) all: 0.1605 / Net I/σ(I): 7.76
反射 シェル解像度: 2.33→2.413 Å / Num. unique obs: 10032 / % possible all: 97.87

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4P7H

4p7h


解像度: 2.33→47.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9326 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9081 / SU R Cruickshank DPI: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.273 / SU Rfree Blow DPI: 0.204 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.208
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2269 4907 4.87 %RANDOM
Rwork0.1895 ---
obs0.1913 100842 98.37 %-
原子変位パラメータBiso mean: 67.63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.5664 Å26.0433 Å24.3181 Å2
2--4.4779 Å2-2.1449 Å2
3----3.9114 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.314 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.33→47.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14633 0 79 774 15486
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0115038HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1220298HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5333SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes414HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2184HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it15038HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.88
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.59
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1959SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact17579SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.33→2.39 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2571 401 5.37 %
Rwork0.2244 7060 -
all0.2262 7461 -
obs--96.23 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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