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- PDB-5w1a: The first X-ray crystal structure of an insect muscle myosin. Dro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w1a
タイトルThe first X-ray crystal structure of an insect muscle myosin. Drosophila melanogaster, skeletal muscle myosin II, an embryonic isoform, subfragment-1
要素
  • Myosin heavy chain, muscle
  • Myosin light chain alkali
キーワードMOTOR PROTEIN / skeletal muscle myosin II / embryonic isoform / subfragment-1 / indirect flight muscle / insect
機能・相同性
機能・相同性情報


myosin filament organization / flight / adult somatic muscle development / muscle thin filament assembly / regulation of myosin II filament assembly / polytene chromosome puff / epithelial cell migration, open tracheal system / border follicle cell migration / striated muscle myosin thick filament / myofibril assembly ...myosin filament organization / flight / adult somatic muscle development / muscle thin filament assembly / regulation of myosin II filament assembly / polytene chromosome puff / epithelial cell migration, open tracheal system / border follicle cell migration / striated muscle myosin thick filament / myofibril assembly / regulation of catalytic activity / muscle myosin complex / myosin filament / locomotion / muscle cell differentiation / myosin II complex / A band / structural constituent of muscle / sarcomere organization / muscle organ development / microfilament motor activity / myosin heavy chain binding / mesoderm development / enzyme regulator activity / muscle contraction / sarcomere / actin filament binding / calmodulin binding / protein stabilization / calcium ion binding / protein homodimerization activity / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #60 / DNA repair protein XRCC4-like, C-terminal / Myosin tail / Myosin tail / Myosin N-terminal SH3-like domain / Myosin S1 fragment, N-terminal / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) ...Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #60 / DNA repair protein XRCC4-like, C-terminal / Myosin tail / Myosin tail / Myosin N-terminal SH3-like domain / Myosin S1 fragment, N-terminal / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / IQ motif profile. / Kinesin motor domain superfamily / EF-hand / : / Recoverin; domain 1 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / Myosin heavy chain, muscle / Myosin light chain alkali
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.227 Å
データ登録者Caldwell, J.T. / Bernstein, S.I. / Huxford, T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM032443 米国
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2019
タイトル: X-ray crystallographic and molecular dynamic analyses of Drosophila melanogaster embryonic muscle myosin define domains responsible for isoform-specific properties.
著者: Caldwell, J.T. / Mermelstein, D.J. / Walker, R.C. / Bernstein, S.I. / Huxford, T.
履歴
登録2017年6月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2018年6月6日ID: 4QBD
改定 1.02018年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myosin heavy chain, muscle
B: Myosin light chain alkali
C: Myosin heavy chain, muscle
D: Myosin light chain alkali
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)219,80114
ポリマ－218,8064
非ポリマー99510
水19,1501063
1
A: Myosin heavy chain, muscle
B: Myosin light chain alkali
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,9628
ポリマ－109,4032
非ポリマー5596
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5380 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area43180 Å2
手法PISA
2
C: Myosin heavy chain, muscle
D: Myosin light chain alkali
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,8386
ポリマ－109,4032
非ポリマー4354
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4970 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area43360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.554, 148.582, 148.734
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Myosin heavy chain, muscle


分子量: 91851.023 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 1-810 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
組織: indirect flight muscle / 遺伝子: Mhc, CG17927
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
組織 (発現宿主): indirect flight muscle / 参照: UniProt: P05661
#2: タンパク質 Myosin light chain alkali


分子量: 17551.939 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
組織: indirect flight muscle / 遺伝子: Mlc1, MLC-ALK, CG5596
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
組織 (発現宿主): indirect flight muscle / 参照: UniProt: P06742

-
非ポリマー , 4種, 1073分子

#3: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C6H5O7
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1063 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.1
詳細: 81% (0.1 M (0.03 M Citric acid, 0.07 BIS-TRIS propane, pH 7.1), 22% w/v PEG 3350), 9% Hampton Research Slice pH screen condition F9 (1.0 M TRIS hydrochloride, pH 8.1), and 10% Hampton ...詳細: 81% (0.1 M (0.03 M Citric acid, 0.07 BIS-TRIS propane, pH 7.1), 22% w/v PEG 3350), 9% Hampton Research Slice pH screen condition F9 (1.0 M TRIS hydrochloride, pH 8.1), and 10% Hampton Research Silver Bullet Bio screen condition E11 (0.2% w/v 1,2-Diaminocyclohexane sulfate, 0.2% w/v Diloxanide furoate, 0.2% w/v Fumaric acid, 0.2% w/v Spermine, 0.2% w/v Sulfaguanidine, 0.02 M HEPES sodium pH 6.8)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.227→148.73 Å / Num. obs: 116714 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.48 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.116 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 2.23→2.31 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Rsym value: 0.454 / % possible all: 97.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2666)精密化
XDSNECATデータ削減
XDSNECATデータスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.227→105.117 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2197 5842 5.01 %5% randomly selected prior to any refinement
Rwork0.1784 ---
obs0.1805 116624 98.83 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.227→105.117 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14970 0 66 1063 16099
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00315347
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.49520649
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.0789349
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042215
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042701
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2272-2.25250.2951750.24433419359491
2.2525-2.2790.27311940.23853661385599
2.279-2.30680.23872160.22343624384098
2.3068-2.3360.28561950.22063616381199
2.336-2.36670.262050.216136973902100
2.3667-2.39920.24642030.209236803883100
2.3992-2.43350.27061940.209436763870100
2.4335-2.46980.25952080.203836823890100
2.4698-2.50840.23891980.20236873885100
2.5084-2.54950.28251960.200836793875100
2.5495-2.59350.27322050.197237333938100
2.5935-2.64060.23362050.196436573862100
2.6406-2.69140.24841810.192837063887100
2.6914-2.74640.23121780.192237263904100
2.7464-2.80610.23991870.19033628381598
2.8061-2.87140.241670.1923674384199
2.8714-2.94320.23361860.19237083894100
2.9432-3.02280.22682190.190437263945100
3.0228-3.11170.24991870.18637003887100
3.1117-3.21220.21981940.181437063900100
3.2122-3.3270.24681950.18493719391499
3.327-3.46020.2241960.17523718391499
3.4602-3.61770.23911820.16883723390599
3.6177-3.80840.19461930.16183609380297
3.8084-4.0470.15551830.147137573940100
4.047-4.35950.15581770.14063767394499
4.3595-4.79820.18321990.13243764396399
4.7982-5.49250.16822120.15043642385497
5.4925-6.91980.2282060.18853817402399
6.9198-105.23430.22282060.19033881408797

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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