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万見
- PDB-6fra: F11 T-Cell Receptor Recognising PKYVKQNTLKLAT Peptide Presented b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fra
タイトルF11 T-Cell Receptor Recognising PKYVKQNTLKLAT Peptide Presented by HLA-DR*0101
要素
  • Human T-Cell Receptor F11 alpha Chain
  • Human T-Cell Receptor F11 beta Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / T Cell Receptor / Human Leukocyte Antigen / Influenza Epitope / Haemagglutinin / 3D Structure
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.73 Å
データ登録者Rizkallah, P.J. / Cole, D.K.
引用ジャーナル: Front Immunol / 年: 2018
タイトル: In Silicoand Structural Analyses Demonstrate That Intrinsic Protein Motions Guide T Cell Receptor Complementarity Determining Region Loop Flexibility.
著者: Holland, C.J. / MacLachlan, B.J. / Bianchi, V. / Hesketh, S.J. / Morgan, R. / Vickery, O. / Bulek, A.M. / Fuller, A. / Godkin, A. / Sewell, A.K. / Rizkallah, P.J. / Wells, S. / Cole, D.K.
履歴
登録2018年2月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.name / _citation.journal_volume ..._chem_comp.name / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Human T-Cell Receptor F11 alpha Chain
B: Human T-Cell Receptor F11 beta Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,63417
ポリマ－49,5332
非ポリマー1,10115
水2,378132
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7050 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area21220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.710, 114.630, 50.660
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Human T-Cell Receptor F11 alpha Chain


分子量: 22324.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質 Human T-Cell Receptor F11 beta Chain


分子量: 27208.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.04 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 30% PEG 8K, 0.1M MES, 0.2M Na Acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→47.64 Å / Num. obs: 52808 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rrim(I) all: 0.065 / Net I/σ(I): 19.2
反射 シェル解像度: 1.73→1.78 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.783 / Num. unique obs: 3853 / Rrim(I) all: 0.847 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
XDSデータ削減
UCSD-systemデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6EH6

6eh6


解像度: 1.73→47.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 5.081 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.116 / ESU R Free: 0.117 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24339 2690 5.1 %RANDOM
Rwork0.2034 ---
obs0.20545 50066 99.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 29.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.52 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.6 Å20 Å2
3----2.12 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.73→47.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3487 0 65 132 3684
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0193664
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023338
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0381.9514974
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9553.0037695
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.9145452
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.45224.335173
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.39915591
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3871520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1360.2538
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0214152
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02862
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.731→1.776 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 211 -
Rwork0.264 3631 -
obs--99.97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.42770.157-0.94671.07260.30491.34610.01430.0878-0.05910.0066-0.02380.0982-0.1111-0.14740.00950.05050.0335-0.02050.0279-0.00410.1351-24.93415.3475-21.8653
23.0699-1.6204-0.41054.21911.03924.384-0.157-0.28460.00910.23570.2255-0.1773-0.20630.2366-0.06840.0503-0.00350.00840.0413-0.01650.17818.040111.5736-15.3847
33.7735-0.19821.76580.7686-0.17071.73830.0563-0.00740.01940.0793-0.05250.0943-0.0948-0.0707-0.00390.10560.02460.0220.03650.00050.1512-30.135916.0594-0.7856
41.5817-0.5109-2.29462.07591.75746.63850.1890.02590.0128-0.4027-0.0526-0.0334-0.694-0.0002-0.13640.13750.0031-0.02870.0047-0.01040.1534-0.253824.2544-7.4198
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 113
2X-RAY DIFFRACTION2A114 - 206
3X-RAY DIFFRACTION3B1 - 114
4X-RAY DIFFRACTION4B115 - 242

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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