PDB-6fr6: HA1.7 Human T-Cell Receptor specific for Influenza virus epitope ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6fr6

タイトル

HA1.7 Human T-Cell Receptor specific for Influenza virus epitope PKYVKQNTLKLAT presented by Human Leukocyte Antigen HLA-DR0101

要素

Human T-Cell Receptor Alpha Chain
Human T-cell Receptor Beta Chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Human T Cell Receptor / Human Leukocute Antigen / Influenza Haemagglutinin epitope / 3D structure / MHC Class II

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.98 Å

データ登録者

Rizkallah, P.J. / Cole, D.K.

引用

ジャーナル: Front Immunol / 年: 2018
タイトル: In Silicoand Structural Analyses Demonstrate That Intrinsic Protein Motions Guide T Cell Receptor Complementarity Determining Region Loop Flexibility.
著者: Holland, C.J. / MacLachlan, B.J. / Bianchi, V. / Hesketh, S.J. / Morgan, R. / Vickery, O. / Bulek, A.M. / Fuller, A. / Godkin, A. / Sewell, A.K. / Rizkallah, P.J. / Wells, S. / Cole, D.K.

履歴

登録	2018年2月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年4月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年5月9日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6fr6.cif.gz	192.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6fr6.ent.gz	153.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6fr6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6fr6_validation.pdf.gz	450.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6fr6_full_validation.pdf.gz	458.4 KB	表示
XML形式データ	6fr6_validation.xml.gz	18 KB	表示
CIF形式データ	6fr6_validation.cif.gz	24 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fr/6fr6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fr/6fr6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6eh4C 6eh5C 6eh6C 6eh7C 6eh8SC 6eh9C 6fr3C 6fr4C 6fr5C 6fr7C 6fr8C 6fr9C 6fraC 6frbC 6frcC 6fumC 6funC 6fuoC 6fupC 6fuqC 6furC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6fun-d 5d5m-4 6eh9-d 6fur-1 2eyt-1 6fum-d 4zdh-d 4nqd-3 6fup-d 6fr8-d 6fr4-d 6frb-d 6eh8-d 4jfh-d 2cde-3 6fuo-d 4nqc-4 6dfq-1 6fuq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Human T-Cell Receptor Alpha Chain

B: Human T-cell Receptor Beta Chain

ヘテロ分子

50.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.000, 50.240, 73.170
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.31, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Human T-Cell Receptor Alpha Chain 分子量: 22362.955 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質	Human T-cell Receptor Beta Chain 分子量: 27534.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.22 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 20% PEG 8K, 0.1 M Tris, 0.2M NH4SO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年1月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.98→36.52 Å / Num. obs: 10488 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.096 / R_rim(I) all: 0.132 / Net I/σ(I): 11.6
反射シェル	解像度: 2.98→3.06 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 782 / R_rim(I) all: 0.736 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0189	精密化
XDS		データ削減
xia2		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6EH8

6eh8

解像度: 2.98→36.52 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.926 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.816 / SU B: 55.355 / SU ML: 0.452 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.544 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29906	502	4.8 %	RANDOM
R_work	0.20074	-	-	-
obs	0.20545	9958	98.79 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 57.738 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.32 Å²	-0 Å²	1.11 Å²
2-	-	-1.4 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.98→36.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3508	0	10	19	3537

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.019	3628
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	3205
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.957	1.943	4928
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.11	3	7474
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.944	5	445
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.396	24.269	171
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.569	15	600
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.624	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.108	0.2	535
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	4041
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	762
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.616	1.97	1777
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.616	1.97	1776
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.096	2.954	2220
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.096	2.954	2221
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.583	2.047	1851
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.504	2.012	1844
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.891	3.003	2696
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	2.97	22.23	3844
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	2.97	22.232	3845
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.982→3.059 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.319	39	-
R_work	0.274	736	-
obs	-	-	99.49 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.8541	0.0088	-0.9395	4.0537	-0.0406	6.2347	-0.0704	-0.3137	0.1659	0.2064	0.1398	0.0448	-0.1594	0.0504	-0.0695	0.1092	0.0123	0.0737	0.0259	-0.0142	0.1013	-1.2838	4.2499	36.5163
2	12.1685	-2.1283	-0.1368	6.2611	0.1362	2.8616	-0.134	0.3123	-0.3602	-0.1857	0.2445	-0.4654	0.1416	0.4322	-0.1105	0.6052	-0.0437	0.1132	0.6898	-0.0657	0.0775	18.6399	2.0627	6.9295
3	6.6229	-2.3597	-2.5153	3.8041	1.2082	3.7271	-0.2396	-0.1104	0.0952	0.4908	0.2317	-0.4463	0.2571	1.0843	0.0079	0.3163	0.0421	-0.0406	0.5171	0.0079	0.0628	19.0351	8.7508	47.4915
4	3.5983	0.1821	1.8888	2.7742	0.697	7.2837	-0.204	0.1998	0.1587	-0.1759	0.2379	-0.4072	-0.4882	1.0695	-0.0339	0.3827	-0.175	0.1681	0.7131	-0.0618	0.1361	27.2527	11.8742	17.671

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 113
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	114 - 201
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	2 - 114
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	115 - 242

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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