PDB-6fq0: Crystal structure of the CsuC-CsuA/B chaperone-subunit preassembl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6fq0

タイトル

Crystal structure of the CsuC-CsuA/B chaperone-subunit preassembly complex of the archaic chaperone-usher Csu pili of Acinetobacter baumannii

要素

CsuA/B,CsuA/B
CsuC

キーワード

CELL ADHESION / Ig-like fold / beta sandwich / donor-strand complementation

機能・相同性

機能・相同性情報

cell wall organization / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter baumannii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Pakharukova, N.A. / Tuitilla, M. / Paavilainen, S. / Zavialov, A.V.

資金援助

フィンランド, 3件

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Archaic and alternative chaperones preserve pilin folding energy by providing incomplete structural information.
著者: Pakharukova, N. / McKenna, S. / Tuittila, M. / Paavilainen, S. / Malmi, H. / Xu, Y. / Parilova, O. / Matthews, S. / Zavialov, A.V.

履歴

登録	2018年2月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年9月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年10月3日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2018年11月14日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6fq0.cif.gz	273.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6fq0.ent.gz	222 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6fq0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6fq0_validation.pdf.gz	449.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6fq0_full_validation.pdf.gz	456.5 KB	表示
XML形式データ	6fq0_validation.xml.gz	26.1 KB	表示
CIF形式データ	6fq0_validation.cif.gz	36.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fq/6fq0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fq/6fq0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6fm5C 6fqaC 5d6h C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6tod-1 3tw0-3 4qmg-1 5b3z-4 3r7t-d 5b3z-1 4qmg-4 6ldm-d 1u74-2 5i2x-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CsuC

B: CsuA/B,CsuA/B

C: CsuC

D: CsuA/B,CsuA/B

85.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CsuC

B: CsuA/B,CsuA/B

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
42.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: CsuC

D: CsuA/B,CsuA/B

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	111.419, 111.419, 167.745
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 1 through 207 or resid 216 through 239))
2	1	(chain C and (resid 1 through 96 or resid 108 through 182 or resid 195 through 239))
1	2	(chain B and (resid 9 through 83 or resid 85 or resid 89 through 152))
2	2	chain D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ALA	ALA	ILE	ILE	(chain A and (resid 1 through 207 or resid 216 through 239))	A	A	1 - 207	1 - 207
1	2	1	ALA	ALA	MET	MET	(chain A and (resid 1 through 207 or resid 216 through 239))	A	A	216 - 239	216 - 239
2	1	1	ALA	ALA	PRO	PRO	(chain C and (resid 1 through 96 or resid 108 through 182 or resid 195 through 239))	C	C	1 - 96	1 - 96
2	2	1	SER	SER	LYS	LYS	(chain C and (resid 1 through 96 or resid 108 through 182 or resid 195 through 239))	C	C	108 - 182	108 - 182
2	3	1	GLY	GLY	MET	MET	(chain C and (resid 1 through 96 or resid 108 through 182 or resid 195 through 239))	C	C	195 - 239	195 - 239
1	1	2	HIS	HIS	LYS	LYS	(chain B and (resid 9 through 83 or resid 85 or resid 89 through 152))	B	B	9 - 83	9 - 83
1	2	2	THR	THR	THR	THR	(chain B and (resid 9 through 83 or resid 85 or resid 89 through 152))	B	B	85	85
1	3	2	ASP	ASP	PHE	PHE	(chain B and (resid 9 through 83 or resid 85 or resid 89 through 152))	B	B	89 - 152	89 - 152
2	1	2	HIS	HIS	PHE	PHE	chain D	D	D	9 - 152	9 - 152

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	CsuC 分子量: 27004.684 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 遺伝子: csuC / プラスミド: pET101 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): AI / 参照: UniProt: Q6XBY4
#2: タンパク質	CsuA/B,CsuA/B 分子量: 15930.395 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 遺伝子: csuA/B / プラスミド: pET101 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): AI / 参照: UniProt: Q6XBY7
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.29 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M sodium malate, 15% PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9677 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月16日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9677 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.5→83.641 Å / Num. all: 24003 / Num. obs: 24003 / % possible obs: 89.3 % / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 41.48 Å² / R_pim(I) all: 0.026 / R_rim(I) all: 0.049 / R_sym value: 0.041 / Net I/av σ(I): 14.9 / Net I/σ(I): 20.2 / Num. measured all: 79742

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.5-2.64	3.1	0.245	3	11009	3555	0.158	0.293	0.245	5	90.2
2.64-2.8	3.4	0.158	4.7	11645	3430	0.098	0.186	0.158	7.8	92.3
2.8-2.99	3.4	0.107	6.8	10940	3195	0.066	0.127	0.107	11.2	91.7
2.99-3.23	3.4	0.067	10.6	10004	2934	0.042	0.08	0.067	16.4	90.7
3.23-3.54	3.4	0.05	14.2	9106	2670	0.031	0.059	0.05	22.5	89.2
3.54-3.95	3.3	0.035	19.6	7926	2383	0.022	0.042	0.035	30	88
3.95-4.56	3.1	0.027	23.4	6441	2047	0.017	0.033	0.027	36	86.4
4.56-5.59	3.2	0.024	27.1	5495	1738	0.015	0.029	0.024	38.8	85.3
5.59-7.91	3.5	0.027	24.5	4703	1335	0.016	0.031	0.027	36.7	86.7
7.91-55.71	3.5	0.021	27.6	2473	716	0.013	0.025	0.021	48.3	84.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
SCALA	3.3.20	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.5→55.709 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 26.34 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2393	1236	5.15 %
R_work	0.1894	22766	-
obs	0.192	24002	89.27 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 135.85 Å² / B_iso mean: 49.7438 Å² / B_iso min: 17.56 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.5→55.709 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5133	0	0	181	5314
B_iso mean	-	-	-	46.23	-
残基数	-	-	-	-	668

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	1930	X-RAY DIFFRACTION	5.757	TORSIONAL
1	2	C	1930	X-RAY DIFFRACTION	5.757	TORSIONAL
2	1	B	1073	X-RAY DIFFRACTION	5.757	TORSIONAL
2	2	D	1073	X-RAY DIFFRACTION	5.757	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.5001-2.6002	0.3143	128	0.246	2558	2686	89
2.6002-2.7185	0.2625	123	0.2162	2638	2761	92
2.7185-2.8618	0.307	165	0.2198	2595	2760	92
2.8618-3.0411	0.2923	139	0.2182	2592	2731	91
3.0411-3.2759	0.3079	127	0.2106	2575	2702	91
3.2759-3.6055	0.2348	137	0.1909	2490	2627	89
3.6055-4.1271	0.198	140	0.1651	2478	2618	88
4.1271-5.1992	0.17	134	0.144	2403	2537	85
5.1992-55.7233	0.2515	143	0.2041	2437	2580	86

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.0396	1.3942	-0.4328	3.0963	-1.0359	3.3164	-0.1411	0.0342	0.1291	0.2232	0.0964	0.0916	-0.357	-0.2474	0.039	0.2694	0.0118	-0.017	0.2382	0.0138	0.1974	-38.0491	19.0038	-8.8167
2	2.6879	0.531	-0.9517	1.6732	0.1307	3.9425	-0.2347	0.1104	-0.3889	0.0476	0.0894	-0.4398	-0.0428	0.6685	0.1263	0.3284	-0.0507	0.0354	0.3291	0.0438	0.3704	-17.6158	14.6477	-8.8375
3	1.7989	0.3114	-0.3051	3.3753	0.1752	4.1306	0.1512	-0.1381	0.1561	0.5225	-0.1972	-0.1413	-0.6758	-0.1642	0.005	0.5188	-0.0019	-0.0414	0.2012	0.0041	0.3195	-33.8893	15.3305	15.3997
4	3.9551	-1.2435	0.5959	3.0511	-1.2332	3.5856	-0.1352	0.0737	-0.3015	-0.1446	0.1222	0.1312	0.3995	-0.2913	-0.0027	0.2795	-0.0118	0.0097	0.2321	-0.0076	0.2364	-38.0563	-18.9898	30.2959
5	2.4238	0.0844	0.903	1.0959	0.2388	4.1385	-0.2406	-0.0572	0.3083	-0.0704	0.0409	-0.2732	-0.0676	0.7444	0.1889	0.358	0.0553	-0.031	0.3576	0.0257	0.4133	-17.9763	-14.3039	30.4489
6	1.6855	-0.5484	0.2665	2.753	0.1112	4.3623	0.2325	0.1987	-0.1412	-0.5203	-0.2361	-0.1494	0.705	-0.2329	0.0047	0.5642	0.0203	0.0491	0.2391	0.0051	0.2963	-33.7562	-15.2429	5.8927

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 96 )	A	1 - 96
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 108 through 239 )	A	108 - 239
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 8 through 152 )	B	8 - 152
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'C' and (resid 1 through 96 )	C	1 - 96
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'C' and (resid 108 through 239 )	C	108 - 239
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'D' and (resid 9 through 152 )	D	9 - 152

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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