PDB-6fpy: Inter-alpha-inhibitor heavy chain 1, wild type

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6fpy

タイトル

Inter-alpha-inhibitor heavy chain 1, wild type

要素

Inter-alpha-trypsin inhibitor heavy chain H1

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / Extracellular Matrix / Sugar-binding / Adhesion.

機能・相同性

機能・相同性情報

hyaluronan metabolic process / hyaluronic acid binding / serine-type endopeptidase inhibitor activity / : / carbohydrate binding / blood microparticle / calcium ion binding / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.339 Å

データ登録者

Briggs, D.C. / Day, A.J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Inter-alpha-inhibitor heavy chain-1 has an integrin-like 3D structure mediating immune regulatory activities and matrix stabilization during ovulation
著者: Briggs, D.C. / Langford-Smith, A.W.W. / Birchenough, H.L. / Jowitt, T.A. / Kielty, C.M. / Enghild, J.J. / Baldock, C. / Milner, C.M. / Day, A.J.

履歴

登録	2018年2月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年2月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年7月17日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2020年3月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn Item: _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6fpy.cif.gz	687.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6fpy.ent.gz	578.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6fpy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6fpy_validation.pdf.gz	461.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6fpy_full_validation.pdf.gz	472.5 KB	表示
XML形式データ	6fpy_validation.xml.gz	51.7 KB	表示
CIF形式データ	6fpy_validation.cif.gz	67.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fp/6fpy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fp/6fpy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6fpzC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6fpz-2 6fpz-1 3iv7-d 6o1g-d 1kw2-1 3r0u-d 4dhz-d 3hhc-d 5xyt-d 3f3z-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (5) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (3) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Inter-alpha-trypsin inhibitor heavy chain H1

B: Inter-alpha-trypsin inhibitor heavy chain H1

ヘテロ分子

148 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Inter-alpha-trypsin inhibitor heavy chain H1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Gel filtration of ITIH1 under these conditions in monomeric
74.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Inter-alpha-trypsin inhibitor heavy chain H1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
74.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	158.767, 158.767, 65.371
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	77
Space group name H-M	P4₂

#1: タンパク質	Inter-alpha-trypsin inhibitor heavy chain H1 / Inter-alpha-inhibitor heavy chain 1 / Inter-alpha-trypsin inhibitor complex component III / Serum- ...Inter-alpha-inhibitor heavy chain 1 / Inter-alpha-trypsin inhibitor complex component III / Serum-derived hyaluronan-associated protein / SHAP 分子量: 73939.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITIH1, IGHEP1 / プラスミド: pET-45b+ / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / Variant (発現宿主): SHuffle / 参照: UniProt: P19827
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 345 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.85 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: 100mM HEPES, pH 7.5, 100mM Sodium acetate, 10% PEG8K, 20% Glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9282 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年4月27日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9282 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.34→79.38 Å / Num. obs: 69124 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 37.46 Å² / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.144 / R_pim(I) all: 0.06 / R_rim(I) all: 0.157 / Net I/σ(I): 8 / Num. measured all: 455822 / Scaling rejects: 437

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.34-2.4	6.7	1.11	33758	5063	0.496	0.464	1.205	1.8	100
10.46-79.38	6.9	0.051	5835	846	0.998	0.021	0.056	23.2	99.8

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
XDS		データ削減
Aimless	0.5.32	データスケーリング
SOLVE		位相決定
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.339→79.383 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.2 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2612	3194	5.02 %
R_work	0.2313	60417	-
obs	0.2328	63611	91.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 193.48 Å² / B_iso mean: 54.4274 Å² / B_iso min: 21.74 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.339→79.383 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9307	0	82	345	9734
B_iso mean	-	-	70.19	41.55	-
残基数	-	-	-	-	1199

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 23

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.3393-2.3743	0.4073	131	0.3868	2431	2562	87
2.3743-2.4114	0.4423	131	0.3809	2501	2632	88
2.4114-2.4509	0.3567	125	0.3697	2507	2632	88
2.4509-2.4932	0.3677	135	0.3637	2522	2657	90
2.4932-2.5385	0.3838	139	0.3569	2504	2643	88
2.5385-2.5873	0.3369	133	0.3564	2482	2615	89
2.5873-2.6401	0.4184	132	0.3426	2534	2666	88
2.6401-2.6976	0.3606	145	0.3268	2548	2693	91
2.6976-2.7603	0.3968	134	0.3205	2584	2718	91
2.7603-2.8293	0.3593	141	0.3196	2559	2700	90
2.8293-2.9058	0.3861	126	0.2907	2573	2699	91
2.9058-2.9914	0.3353	128	0.2982	2609	2737	91
2.9914-3.0879	0.2764	132	0.2672	2623	2755	92
3.0879-3.1983	0.2977	146	0.2698	2616	2762	92
3.1983-3.3263	0.299	143	0.2468	2656	2799	93
3.3263-3.4777	0.2576	151	0.2298	2653	2804	93
3.4777-3.6611	0.2211	149	0.2001	2680	2829	94
3.6611-3.8904	0.2155	148	0.1993	2684	2832	94
3.8904-4.1908	0.211	150	0.1686	2728	2878	95
4.1908-4.6125	0.173	136	0.1502	2766	2902	96
4.6125-5.2798	0.1933	133	0.1532	2827	2960	97
5.2798-6.6515	0.2299	157	0.1996	2867	3024	98
6.6515-79.4292	0.1956	149	0.1961	2963	3112	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6757	-0.4422	0.2578	1.9626	-0.8078	1.2894	-0.063	-0.229	-0.1463	0.4646	0.2844	0.2123	-0.0804	-0.047	-0.1513	0.389	0.0877	0.0707	0.3834	0.085	0.3793	46.5673	82.0572	2.3919
2	2.6051	-0.6689	0.1094	1.6053	-0.2372	1.1402	0.0069	0.0124	-0.2152	-0.1749	0.0326	0.1985	-0.01	-0.0393	-0.0354	0.2907	0.0191	0.0504	0.2286	0.0546	0.3564	32.0128	94.0085	-22.6619
3	0.4974	0.1698	-0.0683	2.7719	-1.4104	2.3668	0.0242	-0.1465	-0.3056	-0.1172	0.1712	0.064	0.2565	-0.119	-0.241	0.3003	0.0542	-0.0153	0.2852	0.0859	0.4955	45.4331	69.0766	-11.3148
4	1.8272	0.3123	-0.633	0.9773	0.2505	2.2523	0.1696	-0.4049	0.1592	0.2625	-0.0589	0.1911	-0.1246	-0.0658	-0.1621	0.4064	-0.0377	0.0372	0.3099	-0.0394	0.3176	-2.9483	34.9446	0.432
5	1.7075	0.4165	-1.1373	0.4787	-0.4499	3.2039	0.2561	-0.6292	0.0189	0.157	-0.0787	-0.1325	-0.1889	0.7237	-0.1487	0.3677	-0.0747	-0.0458	0.4948	-0.0416	0.3325	17.1424	28.918	-1.1323
6	2.4579	1.3943	-0.1015	3.9729	-0.0273	1.023	-0.0526	0.231	0.4523	-0.1246	0.0103	0.1483	-0.1845	0.1781	0.0478	0.3899	-0.1079	-0.0284	0.3869	0.0316	0.3631	20.1523	51.2541	-26.1581
7	2.7473	-0.1378	-0.6015	3.3011	-0.4405	3.5365	-0.1135	0.0704	-0.6475	-0.1774	-0.0075	-0.1202	0.5577	0.2594	0.048	0.4132	0.0103	0.0458	0.2978	-0.1185	0.4509	16.7878	17.6407	-24.5935
8	3.2886	-0.2203	-1.8116	1.2146	0.1615	3.6229	0.1045	0.1279	0.1616	0.0259	0.1237	0.2298	-0.2033	-0.2027	-0.2673	0.3005	-0.0479	-0.0273	0.2627	0.004	0.3724	-6.3527	34.4821	-13.8538

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 45 through 290 )	A	45 - 290
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 291 through 556 )	A	291 - 556
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 557 through 652 )	A	557 - 652
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 45 through 174 )	B	45 - 174
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 175 through 290 )	B	175 - 290
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 291 through 508 )	B	291 - 508
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 509 through 556 )	B	509 - 556
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 557 through 652 )	B	557 - 652

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関連情報:EMDBヘッダ

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