PDB-6fpf: Structure of the Ustilago maydis chorismate mutase 1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6fpf

タイトル

Structure of the Ustilago maydis chorismate mutase 1

要素

Chromosome 16, whole genome shotgun sequence

キーワード

CELL INVASION / Chorismate / Zea mays / smut disease

機能・相同性

機能・相同性情報

effector-mediated suppression of host salicylic acid-mediated innate immune signaling / host apoplast / chorismate metabolic process / chorismate mutase / chorismate mutase activity / host cell cytosol / aromatic amino acid family biosynthetic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Ustilago maydis (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Altegoer, F. / Steinchen, W. / Bange, G.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2019
タイトル: A kiwellin disarms the metabolic activity of a secreted fungal virulence factor.
著者: Han, X. / Altegoer, F. / Steinchen, W. / Binnebesel, L. / Schuhmacher, J. / Glatter, T. / Giammarinaro, P.I. / Djamei, A. / Rensing, S.A. / Reissmann, S. / Kahmann, R. / Bange, G.

履歴

登録	2018年2月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年1月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年1月30日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2019年2月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6fpf.cif.gz	420.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6fpf.ent.gz	356.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6fpf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6fpf_validation.pdf.gz	462.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6fpf_full_validation.pdf.gz	486.8 KB	表示
XML形式データ	6fpf_validation.xml.gz	48.5 KB	表示
CIF形式データ	6fpf_validation.cif.gz	70.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fp/6fpf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fp/6fpf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6fpgC 6h3pC 6hjwC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2w8b-1 3g1z-d 4ega-1 5dd7-d 5j5a-1 7kco-d 2w8b-3 5j59-1 2w8b-2 4py2-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Chromosome 16, whole genome shotgun sequence

C: Chromosome 16, whole genome shotgun sequence

D: Chromosome 16, whole genome shotgun sequence

E: Chromosome 16, whole genome shotgun sequence

ヘテロ分子

124 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Chromosome 16, whole genome shotgun sequence

C: Chromosome 16, whole genome shotgun sequence

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology, All known homologs are dimeric, gel filtration, The protein migrates with the apparent molecular weight of a homodimer
62.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Chromosome 16, whole genome shotgun sequence

E: Chromosome 16, whole genome shotgun sequence

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.768, 83.478, 186.732
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	C
1	2	A
2	2	D
1	3	A
2	3	E
1	4	C
2	4	D
1	5	C
2	5	E
1	6	D
2	6	E

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	1	A	31 - 284
2	1	1	1	C	31 - 284
1	1	2	1	A	29 - 285
2	1	2	1	D	29 - 285
1	1	3	1	A	30 - 284
2	1	3	1	E	30 - 284
1	1	4	1	C	31 - 284
2	1	4	1	D	31 - 284
1	1	5	1	C	31 - 284
2	1	5	1	E	31 - 284
1	1	6	1	D	30 - 284
2	1	6	1	E	30 - 284

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Chromosome 16, whole genome shotgun sequence 分子量: 31060.238 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Ustilago maydis (strain 521 / FGSC 9021) (菌類) 遺伝子: UMAG_05731 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0D1DWQ2
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 835 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.62 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M MES pH 5.0, 20 % (v/v) PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.987 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.895→50.01 Å / Num. all: 102814 / Num. obs: 63072 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 11.1
反射シェル	解像度: 1.895→1.963 Å / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.773 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 9715 / CC_1/2: 0.71 / % possible all: 90.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0189	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.2→49.74 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 7.2 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.2 / ESU R Free: 0.171 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2029	3375	5.1 %	RANDOM
R_work	0.15539	-	-	-
obs	0.15775	63072	99.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.874 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.12 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.85 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.73 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.2→49.74 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8071	0	1	837	8909

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.03	0.019	8288
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	7833
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.419	1.971	11293
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.259	3	18176
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.689	5	1035
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.528	23.777	376
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.744	15	1429
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.426	15	73
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.157	0.2	1335
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.021	9146
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1611
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.755	2.546	4131
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.753	2.545	4130
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.047	3.789	5169
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.047	3.791	5170
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.918	3.1	4157
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.917	3.102	4158
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.216	4.441	6125
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.057	32.23	9756
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.991	31.622	9513
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: tight thermal / Weight position: 0.87

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	2018	5.21
2	2	A	2039	4.03
3	3	A	2021	6.42
4	4	C	2015	5.9
5	5	C	2013	4.9
6	6	D	2012	6.45

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.232	257	-
R_work	0.156	4585	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2969	0.1219	0.0948	0.6059	0.067	0.8708	-0.0126	0.0535	0.0068	-0.0978	0.038	-0.0172	-0.0044	0.0084	-0.0255	0.0347	0.0029	0.0216	0.0165	0.0024	0.0344	2.2895	21.6005	36.1585
2	0.548	-0.0338	-0.3116	0.7445	-0.1086	0.8676	0.0127	-0.1038	-0.0294	0.1386	0.0161	-0.0424	0.0273	-0.0327	-0.0287	0.0592	-0.0022	-0.0015	0.0393	0.0102	0.0175	-1.5577	14.0563	69.2257
3	0.4244	-0.0258	-0.1679	0.3387	-0.064	0.9596	-0.001	0.0544	0.0097	-0.0707	-0.0221	0.0443	-0.0486	0.0351	0.0231	0.0386	0.0024	-0.0015	0.013	-0.004	0.0403	42.3899	23.7935	36.4028
4	0.6341	0.0907	0.3026	0.9395	0.3148	1.7134	0.0051	-0.1693	-0.0188	0.1984	-0.0091	0.0282	0.0869	-0.0729	0.004	0.0605	0.0062	0.0238	0.0466	0.0095	0.0187	41.5617	16.2047	69.4793

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	29 - 285
2	X-RAY DIFFRACTION	2	C	31 - 285
3	X-RAY DIFFRACTION	3	D	29 - 285
4	X-RAY DIFFRACTION	4	E	30 - 285

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