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- PDB-5dd7: Structure of thiamine-monophosphate kinase from Acinetobacter bau... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5dd7 | ||||||
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Title | Structure of thiamine-monophosphate kinase from Acinetobacter baumannii in complex with AMPPNP and thiamine-monophosphate | ||||||
![]() | Thiamine-monophosphate kinase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
Function / homology | ![]() thiamine-phosphate kinase / thiamine-phosphate kinase activity / thiamine diphosphate biosynthetic process / thiamine biosynthetic process / phosphorylation / magnesium ion binding / ATP binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structures of thiamine monophosphate kinase from Acinetobacter baumannii in complex with substrates and products. Authors: Sullivan, A.H. / Dranow, D.M. / Horanyi, P.S. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. / Abendroth, J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 267.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 210.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.5 MB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 1.5 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 28.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 42.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5cc8C ![]() 5cm7C ![]() 6mfmC ![]() 5d9u C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 34959.656 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 6 types, 513 molecules ![](data/chem/img/ANP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/TPS.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/TPS.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-MG / #4: Chemical | ChemComp-K / #5: Chemical | #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.17 Å3/Da / Density % sol: 43 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: Microlytic MGCS G4 optimization screen: 19% PEG 3350, 200mM KNa-tartrate, 100mM HEPES/NaOH pH 7.75; AcbaC.17905.a.B1.PW37686 at 30mg/ml with 5mM MgCl2/ANP, then over night soak with in ...Details: Microlytic MGCS G4 optimization screen: 19% PEG 3350, 200mM KNa-tartrate, 100mM HEPES/NaOH pH 7.75; AcbaC.17905.a.B1.PW37686 at 30mg/ml with 5mM MgCl2/ANP, then over night soak with in reservoir solution with 5mM MgCl2/ANP/TMP; cryo: soak solution with 20% EG; tray 264486e7, puck RUX3-7 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-225 / Detector: CCD / Date: Aug 7, 2015 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Diamond [111] / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.7→50 Å / Num. all: 66411 / Num. obs: 66088 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 18.91 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rrim(I) all: 0.058 / Χ2: 0.95 / Net I/σ(I): 22.56 / Num. measured all: 407322 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5d9u ![]() 5d9u Resolution: 1.7→39.41 Å / SU ML: 0.13 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 16.02 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 77.83 Å2 / Biso mean: 26.7195 Å2 / Biso min: 10.37 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.7→39.41 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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