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Yorodumi- PDB-6mfm: Structure of thiamine-monophosphate kinase from Acinetobacter bau... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6mfm | |||||||||
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Title | Structure of thiamine-monophosphate kinase from Acinetobacter baumannii in complex with adenosine diphosphate (ADP) and thiamine diphosphate (TPP), orthorhombic crystal form | |||||||||
Components | Thiamine-monophosphate kinase | |||||||||
Keywords | TRANSFERASE / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | |||||||||
Function / homology | Function and homology information thiamine-phosphate kinase / thiamine-phosphate kinase activity / thiamine diphosphate biosynthetic process / thiamine biosynthetic process / phosphorylation / magnesium ion binding / ATP binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Acinetobacter baumannii (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9 Å | |||||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | |||||||||
Citation | Journal: Sci Rep / Year: 2019 Title: Crystal structures of thiamine monophosphate kinase from Acinetobacter baumannii in complex with substrates and products. Authors: Sullivan, A.H. / Dranow, D.M. / Horanyi, P.S. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. / Abendroth, J. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6mfm.cif.gz | 265.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6mfm.ent.gz | 209.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6mfm.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mf/6mfm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mf/6mfm | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5cc8SC 5cm7C 5dd7C S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 34359.992 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Acinetobacter baumannii (bacteria) / Gene: thiL, ABUW_0092, CBI29_03781 / Plasmid: AcbaC.17905.a.B1 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: A0A0D5YC82, thiamine-phosphate kinase |
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-Non-polymers , 5 types, 468 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-MG / #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-NA / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.2 Å3/Da / Density % sol: 44 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: Microlytics MCSG1 scrren, B1: 20% PEG 4000, 600mM NaCl, 100mM MES/NaOH: AnphA.17905.a.B1.PW37686 at 30mg/ml, 5mM each MgCl2, ADO and TPP: cryo: 20% EG, 5mM MgCl2/ADP/TPP: tray 264489b1, puck ute6-14 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / Wavelength: 1.5418 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU SATURN 944+ / Detector: CCD / Date: Jun 24, 2015 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.9→41.34 Å / Num. obs: 48167 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 5.284 % / Biso Wilson estimate: 29.655 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rrim(I) all: 0.053 / Χ2: 0.935 / Net I/σ(I): 25.46 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 5cc8 Resolution: 1.9→41.34 Å / SU ML: 0.21 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 20.84
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 79.67 Å2 / Biso mean: 28.4197 Å2 / Biso min: 9.11 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.9→41.34 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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