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- PDB-6fp1: The crystal structure of P.fluorescens Kynurenine 3-monooxygenase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fp1
タイトルThe crystal structure of P.fluorescens Kynurenine 3-monooxygenase (KMO) in complex with competitive inhibitor No. 1
要素Kynurenine 3-monooxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


kynurenine 3-monooxygenase / kynurenine 3-monooxygenase activity / kynurenine metabolic process / quinolinate biosynthetic process / anthranilate metabolic process / NAD(P)H oxidase H2O2-forming activity / 'de novo' NAD biosynthetic process from tryptophan / tryptophan catabolic process / NAD metabolic process / FAD binding
類似検索 - 分子機能
Kynurenine 3-monooxygenase / FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-E0Q / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Kynurenine 3-monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Levy, C.W. / Leys, D.
資金援助 英国, 4件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/P009042/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/R000093/1 英国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilEP/J020192/1 英国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/N00373X/1 英国
引用
ジャーナル: Commun Biol / 年: 2019
タイトル: A brain-permeable inhibitor of the neurodegenerative disease target kynurenine 3-monooxygenase prevents accumulation of neurotoxic metabolites.
著者: Zhang, S. / Sakuma, M. / Deora, G.S. / Levy, C.W. / Klausing, A. / Breda, C. / Read, K.D. / Edlin, C.D. / Ross, B.P. / Wright Muelas, M. / Day, P.J. / O'Hagan, S. / Kell, D.B. / Schwarcz, R. ...著者: Zhang, S. / Sakuma, M. / Deora, G.S. / Levy, C.W. / Klausing, A. / Breda, C. / Read, K.D. / Edlin, C.D. / Ross, B.P. / Wright Muelas, M. / Day, P.J. / O'Hagan, S. / Kell, D.B. / Schwarcz, R. / Leys, D. / Heyes, D.J. / Giorgini, F. / Scrutton, N.S.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2012
タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine.
著者: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2010
タイトル: PHENIX: a comprehensive Python-based system for macromolecular structure solution.
著者: Paul D Adams / Pavel V Afonine / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Ian W Davis / Nathaniel Echols / Jeffrey J Headd / Li-Wei Hung / Gary J Kapral / Ralf W Grosse-Kunstleve / Airlie J McCoy ...著者: Paul D Adams / Pavel V Afonine / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Ian W Davis / Nathaniel Echols / Jeffrey J Headd / Li-Wei Hung / Gary J Kapral / Ralf W Grosse-Kunstleve / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / Robert Oeffner / Randy J Read / David C Richardson / Jane S Richardson / Thomas C Terwilliger / Peter H Zwart /
要旨: Macromolecular X-ray crystallography is routinely applied to understand biological processes at a molecular level. However, significant time and effort are still required to solve and complete many ...Macromolecular X-ray crystallography is routinely applied to understand biological processes at a molecular level. However, significant time and effort are still required to solve and complete many of these structures because of the need for manual interpretation of complex numerical data using many software packages and the repeated use of interactive three-dimensional graphics. PHENIX has been developed to provide a comprehensive system for macromolecular crystallographic structure solution with an emphasis on the automation of all procedures. This has relied on the development of algorithms that minimize or eliminate subjective input, the development of algorithms that automate procedures that are traditionally performed by hand and, finally, the development of a framework that allows a tight integration between the algorithms.
履歴
登録2018年2月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kynurenine 3-monooxygenase
B: Kynurenine 3-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,92913
ポリマ－101,2172
非ポリマー2,71211
水7,458414
1
A: Kynurenine 3-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8055
ポリマ－50,6081
非ポリマー1,1974
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Kynurenine 3-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1238
ポリマ－50,6081
非ポリマー1,5157
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.080, 52.920, 137.460
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.080, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Kynurenine 3-monooxygenase / PfKMO / Kynurenine 3-hydroxylase


分子量: 50608.324 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 遺伝子: kmo, qbsG / プラスミド: pET17b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q84HF5, kynurenine 3-monooxygenase

-
非ポリマー , 5種, 425分子

#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-E0Q / 2-(6-chloranyl-5,7-dimethyl-3-oxidanylidene-1,4-benzoxazin-4-yl)ethanoic acid


分子量: 269.681 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H12ClNO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 414 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.98 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M sodium cacodylate pH6.5, 18 % w/v PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9282 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9282 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→19.98 Å / Num. obs: 69338 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 26.98 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rpim(I) all: 0.05139 / Net I/σ(I): 11.07
反射 シェル解像度: 1.97→2.04 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.83 / Mean I/σ(I) obs: 1.54 / Num. unique obs: 6912 / CC1/2: 0.583 / Rpim(I) all: 0.5305 / % possible all: 99.08

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Inhouse

解像度: 1.97→19.98 Å / SU ML: 0.215 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 22.7774
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2124 2012 2.9 %Random selection
Rwork0.1824 ---
obs0.1833 69315 98.32 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.97→19.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6875 0 179 416 7470
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00567337
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.79479989
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04471095
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00521314
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1054387
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.97-2.020.33481440.2894808X-RAY DIFFRACTION99.14
2.02-2.070.27531380.26164755X-RAY DIFFRACTION98.83
2.07-2.130.24221430.24094720X-RAY DIFFRACTION97.57
2.13-2.20.23761470.21374813X-RAY DIFFRACTION98.2
2.2-2.280.23661390.21064837X-RAY DIFFRACTION99.6
2.28-2.370.26771440.19684821X-RAY DIFFRACTION99.36
2.37-2.480.23161500.19114829X-RAY DIFFRACTION99.48
2.48-2.610.20871370.17594829X-RAY DIFFRACTION98.51
2.61-2.780.20831420.17874763X-RAY DIFFRACTION97.26
2.78-2.990.22871430.18124799X-RAY DIFFRACTION98.92
2.99-3.290.20681430.18794868X-RAY DIFFRACTION98.56
3.29-3.760.21611490.16054805X-RAY DIFFRACTION98.06
3.76-4.730.16661440.14084769X-RAY DIFFRACTION96.56
4.73-19.980.18331490.17624887X-RAY DIFFRACTION96.64
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8958888262-0.01120864553240.1545428322970.7116420873940.1879110646880.762308713264-0.0337354596353-0.0231244485714-0.01618127535230.1349302766030.00515209163727-0.00531421284281-0.0636201417771-0.06133241403340.03533994165340.2054456287750.0074637808933-0.01001059871690.1738835134970.04440738419670.16595777477132.24641590893.0679447897482.4518912277
21.354356555670.161196896520.2080251558350.7464287556090.1939061821730.949620650386-0.03557815065570.125807029805-0.0995637027244-0.1326396784380.0639055121101-0.0433041424384-0.06090407744230.123271296369-0.01848160403060.1542057179610.02037182313090.004609428751810.138164425823-0.02474340918610.16511240313759.7767656477-21.6075397496117.404475728
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 7 through 456)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 7 through 457)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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