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- PDB-6foz: The crystal structure of P.fluorescens Kynurenine 3-monooxygenase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6foz
タイトルThe crystal structure of P.fluorescens Kynurenine 3-monooxygenase (KMO) in complex with competitive inhibitor No. 13
要素Kynurenine 3-monooxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


kynurenine 3-monooxygenase / kynurenine 3-monooxygenase activity / kynurenine metabolic process / anthranilate metabolic process / NAD(P)H oxidase H2O2-forming activity / quinolinate biosynthetic process / 'de novo' NAD+ biosynthetic process from L-tryptophan / L-tryptophan catabolic process / NAD+ metabolic process / FAD binding
類似検索 - 分子機能
Kynurenine 3-monooxygenase / FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-(3,4-dichlorophenyl)furan-2-carboxylic acid / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Kynurenine 3-monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Levy, C.W. / Leys, D.
資金援助 英国, 4件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/P009042/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/R000093/1 英国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilEP/J020192/1 英国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/N00373X/1 英国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2019
タイトル: A brain-permeable inhibitor of the neurodegenerative disease target kynurenine 3-monooxygenase prevents accumulation of neurotoxic metabolites.
著者: Zhang, S. / Sakuma, M. / Deora, G.S. / Levy, C.W. / Klausing, A. / Breda, C. / Read, K.D. / Edlin, C.D. / Ross, B.P. / Wright Muelas, M. / Day, P.J. / O'Hagan, S. / Kell, D.B. / Schwarcz, R. ...著者: Zhang, S. / Sakuma, M. / Deora, G.S. / Levy, C.W. / Klausing, A. / Breda, C. / Read, K.D. / Edlin, C.D. / Ross, B.P. / Wright Muelas, M. / Day, P.J. / O'Hagan, S. / Kell, D.B. / Schwarcz, R. / Leys, D. / Heyes, D.J. / Giorgini, F. / Scrutton, N.S.
履歴
登録2018年2月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kynurenine 3-monooxygenase
B: Kynurenine 3-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,3026
ポリマ－101,2172
非ポリマー2,0854
水3,351186
1
A: Kynurenine 3-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,6513
ポリマ－50,6081
非ポリマー1,0432
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Kynurenine 3-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,6513
ポリマ－50,6081
非ポリマー1,0432
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.540, 52.190, 136.210
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.530, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALAALAALA(chain 'A' and (resid 6 through 18 or resid 20...AA6 - 176 - 17
12LEULEUARGARG(chain 'A' and (resid 6 through 18 or resid 20...AA20 - 7120 - 71
13VALVALTYRTYR(chain 'A' and (resid 6 through 18 or resid 20...AA73 - 9773 - 97
14ASPASPARGARG(chain 'A' and (resid 6 through 18 or resid 20...AA100 - 110100 - 110
15ARGARGASNASN(chain 'A' and (resid 6 through 18 or resid 20...AA112 - 114112 - 114
16ILEILEARGARG(chain 'A' and (resid 6 through 18 or resid 20...AA116 - 141116 - 141
17ARGARGASPASP(chain 'A' and (resid 6 through 18 or resid 20...AA143 - 165143 - 165
18ASNASNLEULEU(chain 'A' and (resid 6 through 18 or resid 20...AA168 - 195168 - 195
19ILEILEPROPRO(chain 'A' and (resid 6 through 18 or resid 20...AA197 - 226197 - 226
110LEULEUPROPRO(chain 'A' and (resid 6 through 18 or resid 20...AA228 - 243228 - 243
111SERSERSERSER(chain 'A' and (resid 6 through 18 or resid 20...AA249 - 373249 - 373
112TYRTYRCYSCYS(chain 'A' and (resid 6 through 18 or resid 20...AA381 - 452381 - 452
213ALAALAALAALA(chain 'B' and (resid 6 through 18 or resid 20...BB6 - 176 - 17
214LEULEUARGARG(chain 'B' and (resid 6 through 18 or resid 20...BB20 - 7120 - 71
215VALVALTYRTYR(chain 'B' and (resid 6 through 18 or resid 20...BB73 - 9773 - 97
216ASPASPARGARG(chain 'B' and (resid 6 through 18 or resid 20...BB100 - 110100 - 110
217ARGARGASNASN(chain 'B' and (resid 6 through 18 or resid 20...BB112 - 114112 - 114
218ILEILEARGARG(chain 'B' and (resid 6 through 18 or resid 20...BB116 - 141116 - 141
219ARGARGASPASP(chain 'B' and (resid 6 through 18 or resid 20...BB143 - 165143 - 165
220ASNASNLEULEU(chain 'B' and (resid 6 through 18 or resid 20...BB168 - 195168 - 195
221ILEILEPROPRO(chain 'B' and (resid 6 through 18 or resid 20...BB197 - 226197 - 226
222LEULEUPROPRO(chain 'B' and (resid 6 through 18 or resid 20...BB228 - 243228 - 243
223SERSERSERSER(chain 'B' and (resid 6 through 18 or resid 20...BB249 - 373249 - 373
224TYRTYRCYSCYS(chain 'B' and (resid 6 through 18 or resid 20...BB381 - 452381 - 452

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要素

#1: タンパク質 Kynurenine 3-monooxygenase / PfKMO / Kynurenine 3-hydroxylase


分子量: 50608.324 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 遺伝子: kmo, qbsG / プラスミド: pET17b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q84HF5, kynurenine 3-monooxygenase
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-E0H / 5-(3,4-dichlorophenyl)furan-2-carboxylic acid


分子量: 257.070 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H6Cl2O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.4 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M sodium cacodylate pH6.5, 18 % w/v PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年1月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→66.89 Å / Num. obs: 51820 / % possible obs: 99.19 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 37.24 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.06293 / Rpim(I) all: 0.04113 / Rrim(I) all: 0.07543 / Net I/σ(I): 12.94
反射 シェル解像度: 2.15→2.227 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.601 / Mean I/σ(I) obs: 2.02 / Num. unique obs: 5188 / CC1/2: 0.723 / Rpim(I) all: 0.3853 / % possible all: 99.81

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER1.13_2998位相決定
PHENIX1.13_2998精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Inhouse

解像度: 2.15→66.89 Å / SU ML: 0.2462 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.0105
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2286 2467 4.76 %Random selection
Rwork0.1989 ---
obs0.2003 51799 99.2 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 57.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→66.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6797 0 138 186 7121
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0037183
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.62259786
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04061074
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00351294
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2054266
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.15-2.190.30871210.27462750X-RAY DIFFRACTION99.86
2.19-2.240.27731300.2752731X-RAY DIFFRACTION99.48
2.24-2.280.3291150.29982671X-RAY DIFFRACTION96.4
2.28-2.340.29831490.24432687X-RAY DIFFRACTION99.26
2.34-2.40.25391530.23912734X-RAY DIFFRACTION99.83
2.4-2.460.23861250.22732745X-RAY DIFFRACTION99.97
2.46-2.530.23431270.21972738X-RAY DIFFRACTION99.83
2.53-2.620.26981470.22112760X-RAY DIFFRACTION99.93
2.62-2.710.2751490.2232677X-RAY DIFFRACTION98.88
2.71-2.820.25851150.21422778X-RAY DIFFRACTION99.72
2.82-2.950.22921360.20372729X-RAY DIFFRACTION99.76
2.95-3.10.26151480.20442758X-RAY DIFFRACTION99.66
3.1-3.30.22931550.20032734X-RAY DIFFRACTION99.45
3.3-3.550.19071210.17982715X-RAY DIFFRACTION98.23
3.55-3.910.21370.1742722X-RAY DIFFRACTION97.78
3.91-4.470.19441370.16252746X-RAY DIFFRACTION98.87
4.47-5.630.20451570.17142772X-RAY DIFFRACTION99.36
5.63-66.920.22511450.20612885X-RAY DIFFRACTION99.34
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.97661082198-0.9664627362-0.1695171122144.150048068821.461876450861.792760147930.01067778419620.3096548396340.0855634421835-0.159832659421-0.00584027747797-0.146151560356-0.0645775859273-0.0359362434613-0.004155763571230.262675713405-0.02800460174120.006363671628030.2654023837030.0517178907120.168282379932-41.956362813224.2415650148-197.421756221
22.24425925417-1.23841807055-0.04119770381763.68589464233-0.07078210512411.66720423682-0.09422263518530.0896112926229-0.1616637568820.231170360168-0.01639979326760.113863507593-0.01419140914940.08536932578140.09508080755780.206693489287-0.0455100527685-0.008877751864410.2560571248330.01181570246410.228283305205-43.22836418621.1612142863-191.554515984
32.67181855965-0.534596756604-0.606712357680.6818527370020.1963312428751.08972485603-0.0965897377344-0.208809094853-0.0845408829770.1956897333590.0685030051363-0.0563382993304-0.04693876020040.03113640600250.03548225659310.3234630036690.00552287208213-0.002719957726280.2274017814540.04361031491590.270004354764-47.384927624.2211449182-178.99253141
43.33973914057-1.693023687750.3936494351616.092582423590.1361410203632.73188841169-0.719541102771-0.5794745569270.309678050934-0.1584120274660.2675591697880.728495175649-1.7332723737-1.069314855660.3694787532621.332748429940.328958445081-0.2920974266510.8456818196920.05748879393170.642034195621-40.116892310246.0457095166-174.367379428
54.59397434348-0.4547932678880.7441562480694.081858597674.08159035775.84940041337-0.354184758876-1.097946813520.567967776952-0.2838076427030.141721431758-0.0144106323874-2.00151229896-0.2911603255160.2641430405471.187754617350.133893727654-0.1956369875340.651112755740.06319405665320.508613449738-34.720348204348.8009694385-166.678796465
61.58590322416-0.5127062249021.856475165124.80432321582-0.97714924622.449684805450.0485093742249-0.098439823167-0.1230735688340.0831959667385-0.00428260464716-0.0484021788283-0.003697127943-0.0535011073648-0.04722337311470.2035317921350.01307352016210.02029924265040.176354835758-0.009603663701650.196633876512-87.223714204-3.87506813661-133.14480988
72.490493060732.14196835031-0.987064490552.78088264668-0.9600113818631.923988613160.117213278006-0.02570033057810.04550756623440.19814849601-0.100274294329-0.00632624808959-0.2945862088190.00474328269914-0.06495307830350.2178134734220.0622227029680.007592559933860.261248627354-0.0109187432880.28434556222-82.87510108798.08743841452-139.167370032
82.895616651421.01963573308-0.8642137002561.65369645143-0.332797201070.972206735243-0.08116529055650.441997912405-0.275033287972-0.1848722142490.104091798647-0.115745482470.0617272333676-0.1715092665780.008561877784940.3077239176460.0292464997127-0.02303147575170.321361279231-0.05790858336020.280861224873-83.527056462-1.33837685937-149.880119937
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 6 through 80 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 81 through 169 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 170 through 372 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 373 through 412 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 413 through 455 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 7 through 57 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 58 through 138 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 139 through 371 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 372 through 412 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 413 through 452 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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