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- PDB-6foq: The crystal structure of EncM complexed with dioxygen under 15 ba... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6foq
タイトルThe crystal structure of EncM complexed with dioxygen under 15 bar of oxygen pressure.
要素Putative FAD-dependent oxygenase EncM
キーワードFLAVOPROTEIN / monooxygenase / flavin-N5-oxide / FAD / EncM / oxygenating species / oxygen binding
機能・相同性
機能・相同性情報


FAD binding / oxidoreductase activity / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 3 - #20 / Berberine/berberine-like / Berberine and berberine like / Oxygen oxidoreductase covalent FAD-binding site / Oxygen oxidoreductases covalent FAD-binding site. / Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 3 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase, domain 2 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 2 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 - #10 ...: / Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 3 - #20 / Berberine/berberine-like / Berberine and berberine like / Oxygen oxidoreductase covalent FAD-binding site / Oxygen oxidoreductases covalent FAD-binding site. / Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 3 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase, domain 2 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 2 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 - #10 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 / FAD linked oxidase, N-terminal / FAD binding domain / FAD-binding, type PCMH, subdomain 1 / FAD-binding domain, PCMH-type / PCMH-type FAD-binding domain profile. / FAD-binding, type PCMH, subdomain 2 / FAD-binding, type PCMH-like superfamily / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / OXYGEN MOLECULE / Putative FAD-dependent oxygenase EncM
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces maritimus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.386 Å
データ登録者Saleem-Batcha, R. / Teufel, R.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationTE 931/2-1 ドイツ
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Enzymatic control of dioxygen binding and functionalization of the flavin cofactor.
著者: Saleem-Batcha, R. / Stull, F. / Sanders, J.N. / Moore, B.S. / Palfey, B.A. / Houk, K.N. / Teufel, R.
履歴
登録2018年2月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02024年1月17日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative FAD-dependent oxygenase EncM
B: Putative FAD-dependent oxygenase EncM
C: Putative FAD-dependent oxygenase EncM
D: Putative FAD-dependent oxygenase EncM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)203,69616
ポリマ－200,2974
非ポリマー3,39812
水33,3281850
1
A: Putative FAD-dependent oxygenase EncM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,9244
ポリマ－50,0741
非ポリマー8503
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Putative FAD-dependent oxygenase EncM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,9244
ポリマ－50,0741
非ポリマー8503
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Putative FAD-dependent oxygenase EncM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,9244
ポリマ－50,0741
非ポリマー8503
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Putative FAD-dependent oxygenase EncM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,9244
ポリマ－50,0741
非ポリマー8503
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)163.824, 175.153, 131.916
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number21
Space group name H-MC222
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z
#8: -x+1/2,-y+1/2,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-959-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Putative FAD-dependent oxygenase EncM


分子量: 50074.371 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces maritimus (バクテリア)
遺伝子: encM / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KHK2
#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシド


分子量: 31.999 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1850 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.65 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.7
詳細: 0.1M HEPES-Na (pH 7.5), 0.2M calcium acetate, 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, Sitting drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.386→48.484 Å / Num. obs: 359223 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 18.1381001681 Å2 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 1.39→48.48 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11rc1_2513: ???)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4XLO

4xlo


解像度: 1.386→48.484 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.82 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2123 17904 4.99 %
Rwork0.1922 --
obs0.1932 358921 94.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.386→48.484 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13920 0 228 1850 15998
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01114534
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.22719839
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.5775119
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1142155
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0092579
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3858-1.40150.31032060.30133951X-RAY DIFFRACTION33
1.4015-1.4180.31544610.29658478X-RAY DIFFRACTION71
1.418-1.43530.32485470.293510137X-RAY DIFFRACTION85
1.4353-1.45350.29485730.285210554X-RAY DIFFRACTION89
1.4535-1.47260.30865840.271611080X-RAY DIFFRACTION92
1.4726-1.49280.27875900.264411412X-RAY DIFFRACTION95
1.4928-1.51410.28496460.254611700X-RAY DIFFRACTION98
1.5141-1.53670.2745990.245512015X-RAY DIFFRACTION100
1.5367-1.56070.26836170.237611863X-RAY DIFFRACTION100
1.5607-1.58630.27356370.23211890X-RAY DIFFRACTION100
1.5863-1.61370.23886500.225411936X-RAY DIFFRACTION100
1.6137-1.6430.26246390.223911986X-RAY DIFFRACTION100
1.643-1.67460.25866190.222711917X-RAY DIFFRACTION100
1.6746-1.70880.25416000.222911985X-RAY DIFFRACTION99
1.7088-1.7460.2395990.219411876X-RAY DIFFRACTION99
1.746-1.78660.24466140.214511991X-RAY DIFFRACTION100
1.7866-1.83130.24676010.215911949X-RAY DIFFRACTION100
1.8313-1.88080.21896170.210212026X-RAY DIFFRACTION100
1.8808-1.93610.24126410.209511964X-RAY DIFFRACTION100
1.9361-1.99860.22796500.208611913X-RAY DIFFRACTION99
1.9986-2.070.22546650.206811868X-RAY DIFFRACTION99
2.07-2.15290.21396550.196111937X-RAY DIFFRACTION99
2.1529-2.25090.22836620.187611904X-RAY DIFFRACTION99
2.2509-2.36960.20866130.191711950X-RAY DIFFRACTION99
2.3696-2.5180.20646590.186411748X-RAY DIFFRACTION98
2.518-2.71240.2135180.190511854X-RAY DIFFRACTION97
2.7124-2.98540.20476140.183511829X-RAY DIFFRACTION97
2.9854-3.41730.19236210.176311729X-RAY DIFFRACTION96
3.4173-4.3050.16985770.156611690X-RAY DIFFRACTION95
4.305-48.51380.17176300.164211885X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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